RNA ligase of bacteriophage RM 378

ABSTRACT

A novel bacteriophage RM 378 of  Rhodothermus marinus , the nucleic acids of its genome, nucleic acids comprising nucleotide sequences of open reading frames (ORFs) of its genome, and polypeptides encoded by the nucleic acids, are described.

RELATED APPLICATIONS

This application is a Divisional of U.S. application Ser. No. 09/585,858, filed Jun. 1, 2000, now U.S. Pat. No. 6,492,161 B1, which claims the benefit of U.S. Provisional Application No. 60/137,120, filed Jun. 2, 1999, now abandoned, the entire teachings of which are incorporated herein by reference. Five separate divisional applications are being filed concurrently herewith.

BACKGROUND OF THE INVENTION

The use of thermophilic enzymes has revolutionized the field of recombinant DNA technology. Polymerases (DNA and RNA), ligases, exonucleases, reverse transcriptases, polynucleotide kinases and lysozymes, as well as many other thermophilic enzymes, are of great importance in the research industry today. In addition, thermophilic enzymes are also used in commercial settings (e.g., proteases and lipases used in washing powder, hydrolidic enzymes used in bleaching). Identification of new thermophilic enzymes will facilitate continued DNA research as well as assist in improving commercial enzyme-based products.

SUMMARY OF THE INVENTION

This invention pertains to a novel bacteriophage of Rhodothermus marinus, bacteriophage RM 378, which can be isolated from its native environment or can be recombinantly produced. The invention additionally pertains to the nucleic acids of the genome of bacteriophage RM 378 as deposited, as well as to the nucleic acids of a portion of the genome of bacteriophage RM 378 as shown in FIG. 1; to isolated nucleic acid molecules containing a nucleotide sequence of an open reading frame (or more than one open reading frame) of the genome of bacteriophage RM 378, such as an open reading frame as set forth in FIG. 2; to isolated nucleic acid molecules encoding a polypeptide obtainable from bacteriophage RM 378 or an active derivative or fragment of the polypeptide (e.g., a DNA polymerase, such as a DNA polymerase lacking exonuclease domains; a 3′-5′ exonuclease, such as a 3′-5′ exonuclease lacking DNA polymerase domain; a 5′-3′ exonuclease (RNase H); a DNA helicase; or an RNA ligase); to DNA constructs containing the isolated nucleic acid molecule operatively linked to a regulatory sequence; and also to host cells comprising the DNA constructs. The invention further pertains to isolated polypeptides encoded by these nucleic acids, as well as active derivatives or fragments of the polypeptides.

Because the host organism of the RM 378 bacteriophage is a thermophile, the enzymes and proteins of the RM 378 bacteriophage are expected to be significantly more thermostable than those of other (e.g., mesophilic) bacteriophages, such as the T4 bacteriophage of Escherichia coli. The enhanced stability of the enzymes and proteins of RM 378 bacteriophage allows their use under temperature conditions which would be prohibitive for other enzymes, thereby increasing the range of conditions which can be employed not only in DNA research but also in commercial settings.

BRIEF DESCRIPTION OF THE DRAWINGS

FIGS. 1A-1Q2 are a depiction of the nucleic acid sequence (SEQ ID NO:1) of the genome of bacteriophage RM 378.

FIGS. 2A-2C delineate the open reading frames (ORFs) in the genome of bacteriophage RM 378.

FIGS. 3A-3W depict a sequence alignment of the predicted gene products of ORF056e and ORF632e and sequences of DNA polymerases of family B. The sequence marked RM378 (SEQ ID NO:36) is the combined sequences of the gene products of ORF056e and ORF632e in bacteriophage RM378. The end of one sequence and the beginning of another is indicated. Other sequences are: Vaccinia virus (strain Copenhagen) DNA polymerase (DPOL_VACCC) (SEQ ID NO:2); Vaccinia virus (strain WR) DNA polymerase (DPOL_VACCV) (SEQ ID NO:3); Variola virus DNA polymerase (DPOL_VARV) (SEQ ID NO:4); Fowlpox virus DNA polymerase (DPOL_FOWPV) (SEQ ID NO:5); Bos taurus (Bovine) DNA polymerase delta catalytic chain (DPOD_BOVIN) (SEQ ID NO:6); Human DNA polymerase delta catalytic chain (DPOD_HUMAN) (SEQ ID NO:7); Candida albicans (Yeast) DNA polymerase delta large chain (DPOD_CANAL) (SEQ ID NO:8); Saccharomyces cerevisiae DNA polymerase delta large chain (DPOD_YEAST) (SEQ ID NO:9); Schizosaccharomyces pombe DNA polymerase delta large chain (DPOD_SCHPO) (SEQ ID NO:10); Plasmodium falciparum DNA polymerase delta catalytic chain (DPOD_PLAFK) (SEQ ID NO:11); Chlorella virus NY-2A DNA polymerase (DPOL_CHVN2) (SEQ ID NO:12); Paramecium bursaria chlorella virus 1 DNA polymerase (DPOL_CHVP1) (SEQ ID NO:13); Epstein-barr virus (strain B95-8) DNA polymerase (DPOL_EBV) (SEQ ID NO:14); Herpesvirus saimiri (strain 11) DNA polymerase (DPOL_HSVSA) (SEQ ID NO:15); Herpes simplex virus (type 1/strain 17) DNA polymerase (DPOL_HSV11) (SEQ ID NO:16); Herpes simplex virus (type 2/strain 186) DNA polymerase (DPOL_HSV21) (SEQ ID NO:17); Equine herpesvirus type 1 (strain Ab4p) (EHV-1) DNA polymerase (DPOL_HSVEB) (SEQ ID NO:18); Varicella-zoster virus (strain Dumas) (VZV) DNA polymerase (DPOL_VZVD) (SEQ ID NO:19); Human cytomegalovirus (strain AD169) DNA polymerase (DPOL_HCMVA) (SEQ ID NO:20); Murine cytomegalovirus (strain Smith) DNA polymerase (DPOL_MCMVS) (SEQ ID NO:21); Herpes simplex virus (type 6/strain Uganda-1102) DNA polymerase (DPOL_HSV6U) (SEQ ID NO:22); Human DNA polymerase alpha catalytic subunit (DPOA_HUMAN) (SEQ ID NO:23); Mouse DNA polymerase alpha catalytic subunit (DPOA_MOUSE) (SEQ ID NO:24); Drosophila melanogaster DNA polymerase alpha catalytic subunit (DPOA_DROME) (SEQ ID NO:25); Schizosaccharomyces pombe DNA polymerase alpha catalytic subunit (DPOA_SCHPO) (SEQ ID NO:26); Saccharomyces cerevisiae DNA polymerase alpha catalytic subunit (DPOA_YEAST) (SEQ ID NO:27); Trypanosoma brucei DNA polymerase alpha catalytic subunit (DPOA_TRYBB) (SEQ ID NO:28); Autographa californica nuclear polyhedrosis virus DNA polymerase (DPOL_NPVAC) (SEQ ID NO:29); Lymantria dispar multicapsid nuclear polyhedrosis virus DNA polymerase (DPOL_NPVLD) (SEQ ID NO:30); Saccharomyces cerevisiae DNA polymerase zeta catalytic subunit (DPOZ_YEAST) (SEQ ID NO:31); Pyrococcus woesei DNA polymerase (DPOL_PYRFU) (SEQ ID NO:32);. Sulfolobus solfataricus DNA polymerase I (DPO1_SULSO) (SEQ ID NO:33); Escherichia coli DNA polymerase II (DPO2_ECOLI) (SEQ ID NO:34); Desilforococcus strain Tok DNA polymerase (Dpol_Dtok) (SEQ ID NO:35); and bacteriophage RB69 DNA polymerase (RB69) (SEQ ID NO:37). Most of the sequences are partial as found in the Protein Families Data Base of Alignments and HMMs (Sanger Institute), family DNA_pol_B, accession no. PF00136.

FIG. 4 depicts a sequence alignment of the predicted gene product of ORF739f from bacteriophage RM378 (ORF-739f) (SEQ ID NO:40), Autographa californica nucleopolyhedrovirus putative bifunctional polynucleotide kinase and RNA ligase (ACNV-RNAlig) (SEQ ID NO:38); and bacteriophage T4 RNA ligase (T4-RNAlig) (SEQ ID NO:39).

FIG. 5 depicts a sequence alignment of the predicted gene product of ORF1218a from bacteriophage RM378 (ORF-1218a) (SEQ ID NO:43) with proteins or domains with 5′-3′ exonuclease activity, including: Escherichia coli DNA polymerase I (Ecoli-polI) (SEQ ID NO:41), Thermus aquaticus DNA polymerase I (Taq-polI) (SEQ ID NO:42), bacteriophage T4 ribonuclease H (T4-RNaseH) (SEQ ID NO:44) and bacteriophage T7 gene6 exonuclease (T7-gp6exo) (SEQ ID NO:45). Conservation of acidic residues mainly clustered at the proposed active site are seen.

FIGS. 6A-6B depict a sequence alignment of the predicted gene product of ORF1293b (SEQ ID NO:55) from bacteriophage RM378 (ORF1293b) with sequences of replicative DNA helicases of the DnaB family, including: Escherichia coli (DnaB-Ecoli) (SEQ ID NO:46), Haemophilus influenza (DnaB-Hinflu) (SEQ ID NO:47), Chlamydomonas trachomatis (DnaB-Ctracho) (SEQ ID NO:48), Bacillus stearothermophilus (DnaB-Bstearo) (SEQ ID NO:49), Halobacter pylori (DnaB-Hpylor) (SEQ ID NO:50), Mycoplasma genitalium (DnaB-Mgenital) (SEQ ID NO:51), Borrelia burgdorferi (DnaB-Bburgdor) (SEQ ID NO:52), bacteriophage T4 gene 41 (T4-gp41) (SEQ ID NO:53), bacteriophage T7 gene 4 (T7-gp4) (SEQ ID NO:54) (from the Protein Families Data Base of Alignments and HMMS (Sanger Institute), family DnaB, accession no. PF00772). The sequences have been truncated at the N-termini, and conserved sequence motifs are indicated.

FIGS. 7A-7B depict the nucleic acid sequence of open reading frame ORF 056e (nucleotides 21993-23042 of the genome) (SEQ ID NO:56) with flanking sequences, and the putative encoded polypeptide (SEQ ID NO:57) which displays amino acid sequence similarity to polymerase 3′-5′ exonucleases.

FIGS. 8A-8B depict the nucleic acid sequence of open reading frame ORF 632e (nucleotides 79584-81152 of the genome) (SEQ ID NO:58) with flanking sequences, and the putative encoded polypeptide (SEQ ID NO:59) which displays amino acid sequence similarity to polymerases.

FIGS. 9A-9B depict the nucleic acid sequence of open reading frame ORF 739f (nucleotides 90291-91607 of the genome) (SEQ ID NO:60) with flanking sequences, and the putative encoded polypeptide (SEQ ID NO:40) which displays amino acid sequence similarity to RNA ligase.

FIGS. 10A-10B depict the nucleic acid sequence of open reading frame ORF 1218a (nucleotides 8212-9168 of the genome) (SEQ ID NO:61) with flanking sequences, and the putative encoded polypeptide (SEQ ID NO:43) which displays amino acid sequence similarity to 5′-3′ exonuclease of DNA polymerase I and T4 RNase H.

FIGS. 11A-11B depict the nucleic acid sequence of open reading frame ORF 1293b (nucleotides 15785-17035 of the genome) (SEQ ID NO:62) with flanking sequences, and the putative encoded polypeptide (SEQ ID NO:55) which displays amino acid sequence similarity to T4 DNA helicase.

DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION

The present invention relates to a bacteriophage, the nucleic acid sequence of the bacteriophage genome as well as portions of the nucleic acid sequence of the bacteriophage genome (e.g., a portion containing an open reading frame), and proteins encoded by the nucleic acid sequences, as well as nucleic acid constructs comprising portions of the nucleic acid sequence of the bacteriophage genome, and host cells comprising such nucleic acid constructs. As described herein, Applicants have isolated and characterized a novel bacteriophage active against the slightly halophilic, thermophilic eubacterium Rhodothermus marinus. The bacteriophage, RM 378, is a member of the Myoviridae family, with an A2 morphology. RM 378, which is completely stable up to about 65° C., appears to consist of approximately 16 proteins with one major protein of molecular weight of 61,000 daltons. RM 378 can be replicated in Rhodothermus marinus species ITI 378.

Rhodothermus Marinus ITI 378

Accordingly, one embodiment of the invention is the bacterium, Rhodothermus marinus species ITI 378. Rhodothermus marinus, and particularly species ITI 378, can be cultured in a suitable medium, such as medium 162 for Thermus as described by Degryse et al. (Arch. Microbiol. 117:189-196 (1978)), with {fraction (1/10)} buffer and with 1% NaCl. Rhodothermus marinus species ITI 378 can be used in replication of bacteriophage RM 378, as described herein, or in replication or identification of other bacteriophages, particularly thermophilic bacteriophages. Rhodothermus marinus species ITI 378 can also used in the study of the relationship between the bacteriophages and their host cells (e.g., between bacteriophage RM 378 and Rhodothermus marinus species ITI 378).

Bacteriophage RM 378

Another embodiment of the invention is isolated RM 378 bacteriophage. “Isolated” RM 378 bacteriophage refers to bacteriophage that has been separated, partially or totally, from its native environment (e.g., separated from Rhodothermus marinus host cells) (“native bacteriophage”), and also refers to bacteriophage that has been chemically synthesized or recombinantly produced (“recombinant bacteriophage”). A bacteriophage that has been “recombinantly produced” refers to a bacteriophage that has been manufactured using recombinant DNA technology, such as by inserting the bacteriophage genome into an appropriate host cell (e.g., by introducing the genome itself into a host cell, or by incorporating the genome into a vector, which is then introduced into the host cell).

Isolated bacteriophage RM 378 can be used in the study of the relationship between the bacteriophages and their host cells (e.g., Rhodothermus marinus, such as Rhodothermus marinus species ITI 378). Isolated bacteriophage RM 378 can also be used as a vector to deliver nucleic acids to a host cell; that is, the bacteriophage can be modified to deliver nucleic acids comprising a gene from an organism other than the bacteriophage (a “foreign” gene). For example, nucleic acids encoding a polypeptide (e.g., an enzyme or pharmaceutical peptide) can be inserted into the genome of bacteriophage RM 378, using standard techniques. The resultant modified bacteriophage can be then used to infect host cells, and the protein encoded by the foreign nucleic acids can then be produced.

Bacteriophage RM 378 can be produced by inoculating appropriate host cells with the bacteriophage. Representative host cells in which the bacteriophage can replicate include Rhodothermus marinus, particularly species isolated in a location that is geographically similar to the location where bacteriophage RM 378 was isolated (e.g., northwest Iceland). In a preferred embodiment, the host cell is Rhodothermus marinus species ITI 378. The host cells are cultured in a suitable medium (e.g., medium 162 for Thermus as described by Degryse et al., Arch. Microbiol. 117:189-196 (1978), with {fraction (1/10)} buffer and with 1% NaCl). In addition, the host cells are cultured under conditions suitable for replication of the bacteriophage. For example, in a preferred embodiment, the host cells are cultured at a temperature of at least approximately 50° C. In a more preferred embodiment, the host cells are cultured at a temperature between about 50° C. and about 80° C. The bacteriophage can also be stored in a cell lysate at about 4° C.

Nucleic Acids of the Invention

Another embodiment of the invention pertains to isolated nucleic acid sequences obtainable from the genome of bacteriophage RM 378. As described herein, approximately 130 kB of the genome of bacteriophage RM 378 have been sequenced. The sequence of this 130 kB is set forth in FIG. 1. There are at least approximately 200 open reading frames (ORFs) in the sequence; of these, at least approximately 120 putatively encode a polypeptide of 100 amino acids in length or longer. These 120 are set forth in FIG. 2. FIG. 2 sets forth the locus of each ORF; the start and stop nucleotides in the sequence of each ORF; the number of nucleotides in the ORF, and the expected number of amino acids encoded therein; the direction of the ORF; the identity of the putative protein encoded therein; the protein identified by a BLAST search as being the closest match to the putative protein; the percentage identity at the amino acid level of the putative protein (based on partial sequence similarity; the overall similarity is lower); the organism from which the closest matching protein is derived; and other information relating to the ORFs.

The invention thus pertains to isolated nucleic acid sequence of the genome (“isolated genomic DNA”) of the bacteriophage RM 378 that has been deposited with the Deutsche Sammlung Von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH (DSMZ) as described below. The invention also pertains to isolated nucleic acid sequence of the genome of bacteriophage RM 378 as is shown in FIG. 1 (SEQ ID NO:1).

The invention additionally pertains to isolated nucleic acid molecules comprising the nucleotide sequences of each of the ORFs described above or fragments thereof, as well as nucleic acid molecules comprising nucleotide sequences of more than one of the ORFs described above or fragments of more than one of the ORFs. The nucleic acid molecules of the invention can be DNA, or can also be RNA, for example, mRNA. DNA molecules can be double-stranded or single-stranded; single stranded RNA or DNA can be either the coding, or sense, strand or the non-coding, or antisense, strand. Preferably, the nucleic acid molecule comprises at least about 100 nucleotides, more preferably at least about 150 nucleotides, and even more preferably at least about 200 nucleotides. The nucleotide sequence can be only that which encodes at least a fragment of the amino acid sequence of a polypeptide; alternatively, the nucleotide sequence can include at least a fragment of a coding sequence along with additional non-coding sequences such as non-coding 3′ and 5′ sequences (including regulatory sequences, for example).

In certain preferred embodiments, the nucleotide sequence comprises one of the following ORFs: ORF 056e, 632e, 739f, 1218a, 1293b. For example, the nucleotide sequence can consist essentially of one of the ORFs and its flanking sequences, such as are shown in FIGS. 7-11 (e.g., ORF 056e (SEQ ID NO:56), 632e (SEQ ID NO:58), 739f (SEQ ID NO:60), 1218a (SEQ ID NO:61), 1293b (SEQ ID NO:62)).

Additionally, the nucleotide sequence(s) can be fused to a marker sequence, for example, a sequence which encodes a polypeptide to assist in isolation or purification of the polypeptide. Representative sequences include, but are not limited to, those which encode a glutathione-S-transferase (GST) fusion protein. In one embodiment, the nucleotide sequence contains a single ORF in its entirety (e.g., encoding a polypeptide, as described below); or contains a nucleotide sequence encoding an active derivative or active fragment of the polypeptide; or encodes a polypeptide which has substantial sequence identity to the polypeptides described herein. In a preferred embodiment, the nucleic acid encodes a polymerase (e.g., DNA polymerase); DNA polymerase accessory protein; dsDNA binding protein; deoxyriboncleotide-3-phosphatase; DNA topoisomerase; DNA helicase; an exonuclease (e.g., 3′-5′ exonuclease, 5′-3′ exonuclease (RNase H)); RNA ligase; site-specific RNase inhibitor of protease; endonuclease; exonuclease; mobility nuclease; reverse transcriptase; single-stranded binding protein; endolysin; lysozyme; helicase; alpha-glucosyltransferase; or thymidine kinase, as described herein. In a particularly preferred embodiment, the nucleic acid encodes a DNA polymerase, 3′-5′ exonuclease, 5′-3 exonuclease (RNase H), DNA helicase or RNA ligase. In another particularly preferred embodiment, the nucleic acid encodes a DNA polymerase that lacks exonuclease domains, or a 3′-5′ exonuclease that lacks DNA polymerase domain, as described below.

The nucleic acid molecules of the invention are “isolated;” as used herein, an “isolated” nucleic acid molecule or nucleotide sequence is intended to mean a nucleic acid molecule or nucleotide sequence which is not flanked by nucleotide sequences which normally (in nature) flank the gene or nucleotide sequence (as in genomic sequences) and/or has been completely or partially purified from other transcribed sequences (e.g., as in an RNA library). For example, an isolated nucleic acid of the invention may be substantially isolated with respect to the complex cellular milieu in which it naturally occurs. In some instances, the isolated material will form part of a composition (for example, a crude extract containing other substances), buffer system or reagent mix. In other circumstance, the material may be purified to essential homogeneity, for example as determined by PAGE or column chromatography such as HPLC. Thus, an isolated nucleic acid molecule or nucleotide sequence can include a nucleic acid molecule or nucleotide sequence which is synthesized chemically or by recombinant means. Therefore, recombinant DNA contained in a vector are included in the definition of “isolated” as used herein. Also, isolated nucleotide sequences include recombinant DNA molecules in heterologous organisms, as well as partially or substantially purified DNA molecules in solution. In vivo and in vitro RNA transcripts of the DNA molecules of the present invention are also encompassed by “isolated” nucleotide sequences.

The present invention also pertains to nucleotide sequences which are not necessarily found in nature but which encode the polypeptides described below. Thus, DNA molecules which comprise a sequence which is different from the naturally-occurring nucleotide sequence but which, due to the degeneracy of the genetic code, encode the polypeptides of the present invention are the subject of this invention. The invention also encompasses variations of the nucleotide sequences of the invention, such as those encoding active fragments or active derivatives of the polypeptides as described below. Such variations can be naturally-occurring, or non-naturally-occurring, such as those induced by various mutagens and mutagenic processes. Intended variations include, but are not limited to, addition, deletion and substitution of one or more nucleotides which can result in conservative or non-conservative amino acid changes, including additions and deletions. Preferably, the nucleotide or amino acid variations are silent or conserved; that is, they do not alter the characteristics or activity of the encoded polypeptide.

The invention described herein also relates to fragments of the isolated nucleic acid molecules described herein. The term “fragment” is intended to encompass a portion of a nucleotide sequence described herein which is from at least about 25 contiguous nucleotides to at least about 50 contiguous nucleotides or longer in length; such fragments are useful as probes and also as primers. Particularly preferred primers and probes selectively hybridize to the nucleic acid molecule encoding the polypeptides described herein. For example, fragments which encode polypeptides that retain activity, as described below, are particularly useful.

The invention also pertains to nucleic acid molecules which hybridize under high stringency hybridization conditions, such as for selective hybridization, to a nucleotide sequence described herein (e.g., nucleic acid molecules which specifically hybridize to a nucleotide sequence encoding polypeptides described herein, and, optionally, have an activity of the polypeptide). Hybridization probes are oligonucleotides which bind in a base-specific manner to a complementary strand of nucleic acid. Suitable probes include polypeptide nucleic acids, as described in (Nielsen et al., Science 254, 1497-1500 (1991)).

Such nucleic acid molecules can be detected and/or isolated by specific hybridization (e.g., under high stringency conditions). “Stringency conditions” for hybridization is a term of art which refers to the incubation and wash conditions, e.g., conditions of temperature and buffer concentration, which permit hybridization of a particular nucleic acid to a second nucleic acid; the first nucleic acid may be perfectly (i.e., 100%) complementary to the second, or the first and second may share some degree of complementarity which is less than perfect (e.g., 60%, 75%, 85%, 95%). For example, certain high stringency conditions can be used which distinguish perfectly complementary nucleic acids from those of less complementarity.

“High stringency conditions”, “moderate stringency conditions” and “low stringency conditions” for nucleic acid hybridizations are explained on pages 2.10.1-2.10.16 and pages 6.3.1-6 in Current Protocols in Molecular Biology (Ausubel, F. M. et al., “Current Protocols in Molecular Biology”, John Wiley & Sons, (1998)) the teachings of which are hereby incorporated by reference. The exact conditions which determine the stringency of hybridization depend not only on ionic strength (e.g., 0.2×SSC, 0.1×SSC), temperature (e.g., room temperature, 42° C., 68° C.) and the concentration of destabilizing agents such as formamide or denaturing agents such as SDS, but also on factors such as the length of the nucleic acid sequence, base composition, percent mismatch between hybridizing sequences and the frequency of occurrence of subsets of that sequence within other non-identical sequences. Thus, high, moderate or low stringency conditions can be determined empirically.

By varying hybridization conditions from a level of stringency at which no hybridization occurs to a level at which hybridization is first observed, conditions which will allow a given sequence to hybridize (e.g., selectively) with the most similar sequences in the sample can be determined.

Exemplary conditions are described in Krause, M. H. and S. A. Aaronson, Methods in Enzymology, 200:546-556 (1991). Also, in, Ausubel, et al., “Current Protocols in Molecular Biology”, John Wiley & Sons, (1998), which describes the determination of washing conditions for moderate or low stringency conditions. Washing is the step in which conditions are usually set so as to determine a minimum level of complementarity of the hybrids. Generally, starting from the lowest temperature at which only homologous hybridization occurs, each ° C. by which the final wash temperature is reduced (holding SSC concentration constant) allows an increase by 1% in the maximum extent of mismatching among the sequences that hybridize. Generally, doubling the concentration of SSC results in an increase in T_(m) of ˜17° C. Using these guidelines, the washing temperature can be determined empirically for high, moderate or low stringency, depending on the level of mismatch sought.

For example, a low stringency wash can comprise washing in a solution containing 0.2×SSC/0.1% SDS for 10 min at room temperature; a moderate stringency wash can comprise washing in a prewarmed solution (42° C.) solution containing 0.2×SSC/0.1% SDS for 15 min at 42° C.; and a high stringency wash can comprise washing in prewarmed (68° C.) solution containing 0.1×SSC/0.1% SDS for 15 min at 68° C. Furthermore, washes can be performed repeatedly or sequentially to obtain a desired result as known in the art.

Equivalent conditions can be determined by varying one or more of the parameters given as an example, as known in the art, while maintaining a similar degree of identity or similarity between the target nucleic acid molecule and the primer or probe used. Hybridizable nucleic acid molecules are useful as probes and primers, e.g., for diagnostic applications.

Such hybridizable nucleotide sequences are useful as probes and primers for diagnostic applications. As used herein, the term “primer” refers to a single-stranded oligonucleotide which acts as a point of initiation of template-directed DNA synthesis under appropriate conditions (e.g., in the presence of four different nucleoside triphosphates and an agent for polymerization, such as, DNA or RNA polymerase or reverse transcriptase) in an appropriate buffer and at a suitable temperature. The appropriate length of a primer depends on the intended use of the primer, but typically ranges from 15 to 30 nucleotides. Short primer molecules generally require cooler temperatures to form sufficiently stable hybrid complexes with the template. A primer need not reflect the exact sequence of the template, but must be sufficiently complementary to hybridize with a template. The term “primer site” refers to the area of the target DNA to which a primer hybridizes. The term “primer pair” refers to a set of primers including a 5′ (upstream) primer that hybridizes with the 5′ end of the DNA sequence to be amplified and a 3′ (downstream) primer that hybridizes with the complement of the 3′ end of the sequence to be amplified.

The invention also pertains to nucleotide sequences which have a substantial identity with the nucleotide sequences described herein; particularly preferred are nucleotide sequences which have at least about 10%, preferably at least about 20%, more preferably at least about 30%, more preferably at least about 40%, even more preferably at least about 50%, yet more preferably at least about 70%, still more preferably at least about 80%, and even more preferably at least about 90% identity, with nucleotide sequences described herein. Particularly preferred in this instance are nucleotide sequences encoding polypeptides having an activity of a polypeptide described herein. For example, in one embodiment, the nucleotide sequence encodes a DNA polymerase, 3′-5′ exonuclease, 5′-3′ exonuclease (RNase H), DNA helicase, or RNA ligase, as described below. In a preferred embodiment, the nucleotide encodes a DNA polymerase lacking exonuclease domains, or a 3′-5′ exonuclease lacking DNA polymerase domain, as described below.

To determine the percent identity of two nucleotide sequences, the sequences are aligned for optimal comparison purposes (e.g., gaps can be introduced in the sequence of a first nucleotide sequence). The nucleotides at corresponding nucleotide positions are then compared. When a position in the first sequence is occupied by the same nucleotide as the corresponding position in the second sequence, then the molecules are identical at that position. The percent identity between the two sequences is a function of the number of identical positions shared by the sequences (i.e., % identity=# of identical positions/total # of positions×100).

The determination of percent identity between two sequences can be accomplished using a mathematical algorithm. A preferred, non-limiting example of a mathematical algorithm utilized for the comparison of two sequences is the algorithm of Karlin et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:5873-5877 (1993). Such an algorithm is incorporated into the NBLAST program which can be used to identify sequences having the desired identity to nucleotide sequences of the invention. To obtain gapped alignments for comparison purposes, Gapped BLAST can be utilized as described in Altschul et al., Nucleic Acids Res, 25:3389-3402 (1997). When utilizing BLAST and Gapped BLAST programs, the default parameters of the respective programs (e.g., NBLAST) can be used. See the programs provided by National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health. In one embodiment, parameters for sequence comparison can be set at W=12. Parameters can also be varied (e.g., W=5 or W=20). The value “W” determines how many continuous nucleotides must be identical for the program to identify two sequences as containing regions of identity.

The invention also provides expression vectors containing a nucleic acid sequence encoding a polypeptide described herein (or an active derivative or fragment thereof), operably linked to at least one regulatory sequence. Many expression vectors are commercially available, and other suitable vectors can be readily prepared by the skilled artisan. “Operably linked” is intended to mean that the nucleotide sequence is linked to a regulatory sequence in a manner which allows expression of the nucleic acid sequence. Regulatory sequences are art-recognized and are selected to produce the polypeptide or active derivative or fragment thereof. Accordingly, the term “regulatory sequence” includes promoters, enhancers, and other expression control elements which are described in Goeddel, Gene Expression Technology: Methods in Enzymology 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1990). For example, the native regulatory sequences or regulatory sequences native to bacteriophage RM 378 can be employed. It should be understood that the design of the expression vector may depend on such factors as the choice of the host cell to be transformed and/or the type of polypeptide desired to be expressed. For instance, the polypeptides of the present invention can be produced by ligating the cloned gene, or a portion thereof, into a vector suitable for expression in an appropriate host cell (see, for example, Broach, et al., Experimental Manipulation of Gene Expression, ed. M. Inouye (Academic Press, 1983) p. 83; Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Ed., ed. Sambrook et al. (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989) Chapters 16 and 17). Typically, expression constructs will contain one or more selectable markers, including, but not limited to, the gene that encodes dihydrofolate reductase and the genes that confer resistance to neomycin, tetracycline, ampicillin, chloramphenicol, kanamycin and streptomycin resistance. Thus, prokaryotic and eukaryotic host cells transformed by the described expression vectors are also provided by this invention. For instance, cells which can be transformed with the vectors of the present invention include, but are not limited to, bacterial cells such as Rhodothermus marinus, E. coli (e.g., E. coli K12 strains), Streptomyces, Pseudomonas, Bacillus, Serratia marcescens and Salmonella typhimurium,. The host cells can be transformed by the described vectors by various methods (e.g., electroporation, transfection using calcium chloride, rubidium chloride, calcium phosphate, DEAE-dextran, or other substances; microprojectile bombardment; lipofection, infection where the vector is an infectious agent such as a retroviral genome, and other methods), depending on the type of cellular host. The nucleic acid molecules of the present invention can be produced, for example, by replication in such a host cell, as described above. Alternatively, the nucleic acid molecules can also be produced by chemical synthesis.

The isolated nucleic acid molecules and vectors of the invention are useful in the manufacture of the encoded polypeptide, as probes for isolating homologous sequences (e.g., from other bacteriophage species), as well as for detecting the presence of the bacteriophage in a culture of host cells.

The nucleotide sequences of the nucleic acid molecules described herein (e.g., a nucleic acid molecule comprising any of the open reading frames shown in FIG. 2, such as a nucleic acid molecule comprising the open reading frames depicted in FIGS. 7-11 (SEQ ID NO:56, 58, 60, 61 and 62, respectively)) can be amplified by methods known in the art. For example, this can be accomplished by e.g., PCR. See generally PCR Technology: Principles and Applications for DNA Amplification (ed. H. A. Erlich, Freeman Press, NY, N.Y., 1992); PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (eds. Innis, et al., Academic Press, San Diego, Calif., 1990); Mattila et al., Nucleic Acids Res. 19, 4967 (1991); Eckert et al., PCR Methods and Applications 1, 17 (1991); PCR (eds. McPherson et al., IRL Press, Oxford); and U.S. Pat. No. 4,683,202.

Other suitable amplification methods include the ligase chain reaction (LCR) (see Wu and Wallace, Genomics 4, 560 (1989), Landegren et al., Science 241, 1077 (1988), transcription amplification (Kwoh et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 1173 (1989)), and self-sustained sequence replication (Guatelli et al., Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 87, 1874 (1990)) and nucleic acid based sequence amplification (NASBA). The latter two amplification methods involve isothermal reactions based on isothermal transcription, which produce both single stranded RNA (ssRNA) and double stranded DNA (dsDNA) as the amplification products in a ratio of about 30 or 100 to 1, respectively.

The amplified DNA can be radiolabelled and used as a probe for screening a library or other suitable vector to identify homologous nucleotide sequences. Corresponding clones can be isolated, DNA can be obtained following in vivo excision, and the cloned insert can be sequenced in either or both orientations by art recognized methods, to identify the correct reading frame encoding a protein of the appropriate molecular weight. For example, the direct analysis of the nucleotide sequence of homologous nucleic acid molecules of the present invention can be accomplished using either the dideoxy chain termination method or the Maxam Gilbert method (see Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual (2nd Ed., CSHP, New York 1989); Zyskind et al., Recombinant DNA Laboratory Manual, (Acad. Press, 1988)). Using these or similar methods, the protein(s) and the DNA encoding the protein can be isolated, sequenced and further characterized.

Polypeptides of the Invention

The invention additionally relates to isolated polypeptides obtainable from the bacteriophage RM 378. The term, “polypeptide,” as used herein, includes proteins, enzymes, peptides, and gene products encoded by nucleic acids described herein. In one embodiment, the invention pertains to the polypeptides encoded by the ORFs as described above. In addition, as described in detail below, bacteriophage RM 378 is similar to the well-known E. coli bacteriophage T4. Thus, it is expected that bacteriophage RM 378 comprises additional polypeptides that are homologous to those found in bacteriophage T4.

For example, representative proteins expected to be encoded by genes of bacteriophage RM 378 include the following: DNA topoisomerase; exonuclease (e.g., 3′-5′ exonuclease, 5′-3′ exonuclease (RNase H)); helicase; enzymes related to DNA or RNA synthesis (e.g., dCTPase, dUTPase, dCDPase, dUDPase, GTPase, dGTPase, ATPase, dATPase); transposase; reverse transcriptase; polymerase (e.g., DNA polymerase, RNA polymerase); DNA polymerase accessory protein; DNA packaging protein; DNA topoisomerase; RNA polymerase binding protein; RNA polymerase sigma factor; site-specific RNase inhibitor of protease; recombinant protein; alpha-glucosyltransferase; mobility nuclease; endonuclease (e.g., endonuclease II, endonuclease V, endonuclease VII); inhibitor of Lon protease; thymidine kinase; site-specific RNase; N-glycosidase; endolysin; lysozyme; dNMP kinase; DNA ligase; deoxyribonucleotide-3′-phosphatase; ssDNA binding protein; dsDNA binding protein; and RNA ligase.

In a particularly preferred embodiment, the polypeptide is polymerase (e.g., DNA polymerase); DNA polymerase accessory protein; dsDNA binding protein; deoxyriboncleotide-3-phosphatase; DNA topoisomerase; RNA ligase; site-specific RNase inhibitor of protease; endonuclease; exonuclease (e.g., 3′-5′ exonuclease, 5′-3′ exonuclease (RNase H)); nobility nuclease; reverse transcriptase; single-stranded binding protein; enolysin; lysozyme; helicase; alpha-glucosyltransferase; or thymidine kinase. In an especially preferred embodiment, the polypeptide is a DNA polymerase, a 3′-5′ exonuclease, a 5′-3′ exonuclease (RNase H), a DNA helicase, or an RNA ligase, such as those shown in FIGS. 7-11 (e.g., for a DNA polymerase, SEQ ID NO:58; a 3′-5′ exonuclease, SEQ ID NO:56; a 5′-3′ exonuclease (RNase H) (SEQ ID NO:61); a DNA helicase (SEQ ID NO:62), or an RNA ligase (SEQ ID NO:60)). In a most preferred embodiment, the polypeptide is a DNA polymerase that lacks exonuclease domains, or a 3′-5′ exonuclease that lacks DNA polymerase domain, as described in the examples below. As used herein, the term, “lacking exonuclease domains,” indicates that the polypeptide does not contain an amino acid domain (e.g., a consecutive or closely spaced series of amino acids) homologous to domains where such exonuclease activity resides in other similar polymerases (such as polymerases in the same family); it does not refer to the presence of a non-functional domain homologous to domains where exonuclease activity resides. Similarly, the term, “lacking DNA polymerase domain,” indicates that the polypeptide does not contain an amino acid domain (e.g., a consecutive or closely spaced series of amino acids) homologous to domains where such DNA polymerase activity resides in other similar exonucleases (such as exonucleases in the same family); it does not refer to the presence of a non-functional domain homologous to domains where DNA polymerase activity resides.

These polypeptides can be used in a similar manner as the homologous polypeptides from bacteriophage T4; for example, polymerases and ligases of bacteriophage RM 378 can be used for amplification or manipulation of DNA and RNA sequences. The polymerases and ligases of bacteriophage RM 378, however, are expected to be much more thermostable than those of bacteriophage T4, because of the thermophilic nature of the host of bacteriophage RM 378 (in contrast with the mesophilic nature of E. coli, the host of bacteriophage T4).

The polypeptides of the invention can be partially or substantially purified (e.g., purified to homogeneity), and/or are substantially free of other polypeptides. According to the invention, the amino acid sequence of the polypeptide can be that of the naturally-occurring polypeptide or can comprise alterations therein. Polypeptides comprising alterations are referred to herein as “derivatives” of the native polypeptide. Such alterations include conservative or non-conservative amino acid substitutions, additions and deletions of one or more amino acids; however, such alterations should preserve at least one activity of the polypeptide, i.e., the altered or mutant polypeptide should be an active derivative of the naturally-occurring polypeptide. For example, the mutation(s) can preferably preserve the three dimensional configuration of the binding site of the native polypeptide, or can preferably preserve the activity of the polypeptide (e.g., if the polypeptide is a DNA polymerase, any mutations preferably preserve the ability of the enzyme to catalyze combination of nucleotide triphosphates to form a nucleic acid strand complementary to a nucleic acid template strand). The presence or absence of activity or activities of the polypeptide can be determined by various standard functional assays including, but not limited to, assays for binding activity or enzymatic activity.

Additionally included in the invention are active fragments of the polypeptides described herein, as well as fragments of the active derivatives described above. An “active fragment,” as referred to herein, is a portion of polypeptide (or a portion of an active derivative) that retains the polypeptide's activity, as described above.

Appropriate amino acid alterations can be made on the basis of several criteria, including hydrophobicity, basic or acidic character, charge, polarity, size, the presence or absence of a functional group (e.g., —SH or a glycosylation site), and aromatic character. Assignment of various amino acids to similar groups based on the properties above will be readily apparent to the skilled artisan; further appropriate amino acid changes can also be found in Bowie et al. (Science 247:1306-1310(1990)). For example, conservative amino acid replacements can be those that take place within a family of amino acids that are related in their side chains. Genetically encoded amino acids are generally divided into four families: (1) acidic=aspartate, glutamate; (2) basic=lysine, arginine, histidine; (3) nonpolar=alanine, valine, leucine, isoleucine, proline, phenylalanine, methionine, tryptophan; and (4) uncharged polar=glycine, asparagine, glutamine, cystine, serine, threonine, tyrosine. Phenylalanine, tryptophan and tyrosine are sometimes classified jointly as aromatic amino acids. For example, it is reasonable to expect that an isolated replacement of a leucine with an isoleucine or valine, an aspartate with a glutamate, a threonine with a serine or a similar conservative replacement of an amino acid with a structurally related amino acid will not have a major effect on activity or functionality.

The polypeptides of the invention can also be fusion polypeptides comprising all or a portion (e.g., an active fragment) of the native bacteriophage RM 378 polypeptide amino acid sequence fused to an additional component, with optional linker sequences. Additional components, such as radioisotopes and antigenic tags, can be selected to assist in the isolation or purification of the polypeptide or to extend the half life of the polypeptide; for example, a hexahistidine tag would permit ready purification by nickel chromatography. The fusion protein can contain, e.g., a glutathione-S-transferase (GST), thioredoxin (TRX) or maltose binding protein (MBP) component to facilitate purification; kits for expression and purification of such fusion proteins are commercially available. The polypeptides of the invention can also be tagged with an epitope and subsequently purified using antibody specific to the epitope using art recognized methods. Additionally, all or a portion of the polypeptide can be fused to carrier molecules, such as immunoglobulins, for many purposes, including increasing the valency of protein binding sites. For example, the polypeptide or a portion thereof can be linked to the Fc portion of an immunoglobulin; for example, such a fusion could be to the Fc portion of an IgG molecule to create a bivalent form of the protein.

Also included in the invention are polypeptides which are at least about 90% identical (i.e., polypeptides which have substantial sequence identity) to the polypeptides described herein. However, polypeptides exhibiting lower levels of identity are also useful, particular if they exhibit high, e.g., at least about 90%, identity over one or more particular domains of the polypeptide. For example, polypeptides sharing high degrees of identity over domains necessary for particular activities, such as binding or enzymatic activity, are included herein. Thus, polypeptides which are at least about 10%, preferably at least about 20%, more preferably at least about 30%, more preferably at least about 40%, even more preferably at least about 50%, yet more preferably at least about 70%, still more preferably at least about 80%, and even more preferably at least about 90% identity, are encompassed by the invention.

Polypeptides described herein can be isolated from naturally-occurring sources (e.g., isolated from host cells infected with bacteriophage RM 378). Alternatively, the polypeptides can be chemically synthesized or recombinantly produced. For example, PCR primers can be designed to amplify the ORFs from the start codon to stop codon, using DNA of RM378 or related bacteriophages or respective recombinant clones as a template. The primers can contain suitable restriction sites for an efficient cloning into a suitable expression vector. The PCR product can be digested with the appropriate restriction enzyme and ligated between the corresponding restriction sites in the vector (the same restriction sites, or restriction sites producing the same cohesive ends or blunt end restriction sites).

Polypeptides of the present invention can be used as a molecular weight marker on SDS-PAGE gels or on molecular sieve gel filtration columns using art-recognized methods. They are particularly useful for molecular weight markers for analysis of proteins from thermophilic organisms, as they will behave similarly (e.g., they will not denature as proteins from mesophilic organisms would).

The polypeptides of the present invention can be isolated or purified (e.g., to homogeneity) from cell culture (e.g., from culture of host cells infected with bacteriophage RM 378) by a variety of processes. These include, but are not limited to, anion or cation exchange chromatography, ethanol precipitation, affinity chromatography and high performance liquid chromatography (HPLC). The particular method used will depend upon the properties of the polypeptide; appropriate methods will be readily apparent to those skilled in the art. For example, with respect to protein or polypeptide identification, bands identified by gel analysis can be isolated and purified by HPLC, and the resulting purified protein can be sequenced. Alternatively, the purified protein can be enzymatically digested by methods known in the art to produce polypeptide fragments which can be sequenced. The sequencing can be performed, for example, by the methods of Wilm et al. (Nature 379(6564):466-469 (1996)). The protein maybe isolated by conventional means of protein biochemistry and purification to obtain a substantially pure product, i.e., 80, 95 or 99% free of cell component contaminants, as described in Jacoby, Methods in Enzymology Volume 104, Academic Press, New York (1984); Scopes, Protein Purification, Principles and Practice, 2nd Edition, Springer-Verlag, New York (1987); and Deutscher (ed), Guide to Protein Purification, Methods in Enzymology, Vol. 182 (1990).

The following Examples are offered for the purpose of illustrating the present invention and are not to be construed to limit the scope of this invention. The teachings of all references cited are hereby incorporated herein by reference in their entirety.

EXAMPLE 1 Isolation, Purification and Characterization of Bacteriophage

A. Materials and Methods

Bacterial Strains and Growth Media

The thermophilic, slightly halophilic eubacterium, Rhodothermus marinus was first isolated from shallow water submarine hot springs in Isafjardardjup in northwest Iceland (Alfredsson, G. A. et al., J. Gen. Microbiol. 134:299-306 (1988)). Since then Rhodothermus has also been isolated from two other areas in Iceland (Petursdottir et al., in prep.), from the Azores and the Bay of Naples in Italy (Nunes, O. C. et al, Syst. Appl. Microbiol. 15:92-97 (1992); Moreira, L. et al., Syst. Appl. Microbiol. 19:83-90 (1996)). Rhodothermus is distantly related to the group containing Flexibacter, Bacterioides and Cytophaga species (Anderson, O. S. and Fridjonsson, O. H., J. Bacteriol. 176:6165-6169 (1994)).

Strain ITI 378 (originally R-21) is one of the first Rhodothermus strains isolated from submarine hot springs in Isafjardardjup in northwest Iceland. The strain was grown at 65° C. in medium 162 for Thermus (Degryse et al., Arch. Microbiol. 117:189-196 (1978)), with {fraction (1/10)} the buffer and with 1% NaCl. Strain ITI 378 is phenotypically and phylogenetically similar (over 99% similarity in 16s rRNA sequence) to type strain DSM 4252.

Bacteriophage Isolation

A water sample with some sand and mud was collected from a hot spring (62° C.) appearing at low tide in Isafjardardjup at the same site as the bacterium was originally isolated. The same kind of samples were collected from the Blue Lagoon and the Salt factory on Reykjanes in southwest Iceland.

After mixing a sample in a Waring blender, the sample was filtered through a Buchner funnel, followed by centrifugation, before filtering the water through a 0.45 μm membrane. After centrifuging again, the sample was filtered through a sterile 0.2 μm membrane. This filtrate was used for infecting 18 different Rhodothermus strains (8 from Isafjardardjup in northwest Iceland, and 10 from Reykjanes in southwest Iceland). The sample (4 ml) was mixed with 5 ml of soft agar A (the above growth medium with 2% agar) and 1 ml of overnight culture of different Rhodothermus strains. After pouring the sample onto a thin layer agar plate, the plates were incubated for 1-2 days at 65° C. A single, well-isolated plaque was stabbed with a sterile Pasteur pipette and dissolved in 100 μl of 10 mM MgCl₂ solution (forming the plaque solution).

The bacteriophage is sensitive to freezing; it can be stored in a cell lysate at 4° C. (e.g., as described below under “Liquid Lysate”).

Plate Lysate

Overnight culture (0.9 ml) was mixed with 100 μl of the plaque solution and incubated for 15 minutes at 65° C. before adding 3 ml of soft agar B (same as A, but 1% agar and 10 mM MgCl₂). After mixing and pouring onto thin layer agar plates, the plates were incubated for 1-2 days at 65° C. To nearly totally lysed plates was added 1 ml of 10 mM MgCl₂, and after incubating at 4° C. for a few hours, the top layer was scraped off and put into a sterile tube. After adding 100 μl chloroform and mixing it, the sample was centrifuged and the supernatant collected. The sample was centrifuged again and filtered through a 0.2 μm filter; the filtrate was stored at 4° C. This lysate was used for testing host specificity.

Liquid Lysate

Liquid cultures were infected when they had reached an absorbance of 0.5 at 600 nm (expected to contain 2.5×10⁸ cells/ml). The phage ratio was 0.1 pfu/cell culture. The cultures were incubated at high shaking (300 rpm) and growth was followed by measuring absorbance at 600 nm. When lysis had occurred, chloroform was added to the cultures (10 μl/ml) and shaking continued for 1 hour. Cell debris was removed by centrifugation and titer estimation was performed on the supernatant. large-scale purification from 300 ml culture was undertaken for DNA isolation and for protein composition analysis, as well as for electron microcopy.

Bacteriophage Purification

For electron microscopy, the bacteriophages were precipitated using PEG 8000 (Sambrook, J. et al., Molecular Cloning, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1989) and resuspended in SM buffer (Sambrook, J. et al., Molecular Cloning, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1989) before loading on the top of CsCl (0.75 g/ml). This sample was centrifuged for 23 hours at 38,000 rpm in TY-64 rotor (Sorvall Ultracentrifuge). The layer of bacteriophage was collected using a syringe.

Protein Determination and DNA Isolation

Purified bacteriophage supernatant with a titer of approximately 10¹³ pfu/ml was boiled for 5 minutes in SDS and β-mercaptoethanol loading puffer according to the method of Laemmli (Laemmli, U. K., Nature 227:680-685 (1970)) using 10% polyacrylamide gel, and stained with Coomassie brilliant blue. Bio-Rad pre-stained low molecular weight standards (7.7-204 kDa) were used as size markers. Bacteriophage DNA was isolated from a purified phage lysate containing approximately 10¹³ pfu/ml using the Qiagen lambda kit (Catolog No. 12543, Qiagen) according to manufacturer's instructions.

Temperature and Chloroform Sensitivity

Bacteriophage RM 378 at approximately 10¹¹ pfu/ml was incubated for 30 minutes over a temperature range of 50-96° C. before the remaining bacteriophage titer was determined. The bacteriophage lysate at approximately 10¹¹ pfu/ml was mixed with an equal volume of chloroform, and incubated at room temperature. After 30 minutes, the remaining viable bacteriophage were titrated with strain ITI 378 as a host.

Determination of G+C Content

The mole percent guanine plus cytosine content of the bacteriophage was determined by CSM with HPLC according to Mesbah (Mesbah, M. U. et al., Int. J. Syst. Bacteriol. 39:159-167 (1989)).

Estimation of Genome Size

Bacteriophage DNA was digested individually with a variety of restriction endonucleases, and the fragments separated by electrophoresis on 0.5-0.8% (w/v) agarose gel. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) was also used for size estimation. Pulsed Field Certified Agarose from BioRad (Catalog No. 162-0137, Bio Rad) (1%) was used for the gel, and low-melt agarose (Catalog No. 162-0017, Bio Rad) (1%) for filling the wells when using marker plugs. Samples of 1.0 and 0.5 μg DNA were used and Bio Rad low range marker (#350) as well as λ-ladder (Catalog No. 170-3635, Bio Rad) was employed. The running buffer was 0.5×TBE (Sambrook, J. et al., Molecular Cloning, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1989). Bio Rad Pulsed Field Electrophoresis system (CHEF-DRIII) was used with an initial switch time of 60 seconds, final switch time of 60 seconds, 6 V/cm angle of 120° and 21 hour run time. Gels were stained with ethidium bromide and washed in distilled water for 3 hours before photographing under a UV light illuminator.

Electron Microscopy

The bacteriophage was stained with 2.5% phosphotungstic acid and the grids examined with a Philips EM 300 electron microscope. Bacteriophage samples from CsCl purification, as well as directly from a liquid lysed culture with titer of 10¹³ pfu/ml, were used for microscopy studies.

DNA Sequencing and Genome Analysis

The phage genome was sequenced using the “shot gun sequencing” technique (see, e.g., Fleischmann, R. D. et al., Science 269:496-512 (1995)). The sequences were aligned (Ewing, B., et al., Genome Research 8:175-185 (1998)); Ewing, B. and Green, P., Genome Research 8:186-194 (1998)). The consensus sequence of 130,480 bp was visualized with the program XBB-Tools (Sicheritz-Ponten, T., Department of Molecular Evolution, Uppsala, Sweden) for open reading frames (ORFs).

B. Results

Bacteriophage Isolation

The phage sample from the southwest area of Iceland, prepared as described above, infected 4 strains of Rhodothermus, all from Reykjanes in southwest Iceland. The phage sample from the northwest area of Iceland, prepared as described above, infected 7 strains of Rhodothermus, all from Isafjardardjup in northwest Iceland. Bacteriophages were isolated from two of the strains infected with the sample from the southwest, and from all 7 of the strains infected with the sample from the northwest. Of these, one of the bacteriophages from the sample from the northwest was isolated from strain ITI 378 and designated RM 378. The titer of this bacteriophage was estimated; in liquid culture it repeatedly gave titers of 5-8×10¹³ pfu/ml.

Attempts to isolate the bacteriophages from Rhodothermus by subjecting it to stress such as ultraviolet (UV) exposure did not succeed. Because such stress would have excised a prophage from the chromosome and have initiated a lytic response, the failed attempts suggest that Rhodothermus did not contain prophages.

Bacteriophage Morphology

Bacteriophage RM 378 is a tailed phage with a moderately elongated head. It is a T4-like phage, resembling the T4 phage of Escherichia coli both in morphology and genome size, and has a double-stranded DNA genome. RM 378 belongs to the Myoviridae family and has the A2 morphology (Ackermann, H. W., Arch. Virol. 124:201-209 (1992)). The bacteriophage head measures 85 nm on one side and 95 nm on the other. The tail is 150 nm in length, with a clear right-handed spiral to the tail sheath. The head/tail ratio is 0.63 and the total length is 245 nm.

Host Specificity and Infection

RM 378 concentrated bacteriophage was tested against 9 different Rhodothermus strains from the two different areas (Isafjardardjup in northwest Iceland, and Reykjanes in southwest Iceland). It infected 5 strains from the northwest, but no strains from the southwest. Thus, the bacteriophage infected only strains of Rhodothermus from the same geographical area from which the bacteriophage was isolated. It did not infect any of the 6 Thermus strains that were tested.

Growth of bacteria was followed at 65° C. in a liquid. Uninfected culture was used as control, and growth was followed until the control culture had reached stationary phase. Cell lysis started 9 hours after infection of the culture, and stationary phase in the control was reached about 14 hours after infection.

Stability of the Bacteriophage

Bacteriophage RM 378 was stable to 30 minutes exposure to chloroform, indicating that it probably does not contain lipids. Heat stability of the phage was tested at 50° C.-96° C. by incubating the phage concentrate for 30 minutes, followed by estimation of titer. There was no change of the titer up to 65° C., but at 70° C. and 80° C. a 100-fold drop in pfu/ml was measured. Linear decrease of the titer was observed up to 96° C., where it was 10,000 times lower after 30 minutes than in the starting solution. After 3 months of storage at 4° C. the titer dropped 100-fold (down to 10¹¹ pfu/ml). After 27 months of storage the titer had fallen from 10¹¹ pfu/ml to 10⁵ pfu/ml in a CsCl-purified sample.

Composition of Bacteriophage RM 378

Purified bacteriophage was subjected to SDS-PAGE analysis for examination of its protein composition. The phage was composed of at least 16 proteins with apparent molecular weights from 23-150 kDa. The five main bands were at 92, 61, 52, 50 and 26 kDa, and were in a ratio of 0.14:0.45:0.21:0.13:0.06. The major protein band of 61 kDa accounted for about 20% of the total protein; the five main bands together represented about 50% of total proteins.

The average G+C mol % of the RM 378 phage was 42.0±0.1. The DNA was digested with a variety of restriction enzymes (HindIII, XhoI, ClaI, AluI, NotI, SacI, PstI, BamHI, SmaI, SpeI, EcoRV). Three of the enzymes (NotI, SmaI, SpeI) did not cleave RM 378, and the rest resulted in multiple fragments. Because the addition of the fragment sizes resulted in a variable amount for the total genome size, the phage DNA was also run on PFGE, which estimated the size of the DNA to be about 150 kb.

Characteristics of the Bacteriophage

The RM 378 bacteriophage is a virulent bacteriophage following a lytic cycle of infection. Very high titer lysates of up to 10¹³ pfu/ml could be obtained, which indicated a large burst size of more than 100. Because no bacteriophages have been reported against this bacterial genus, RM 378 represents a new species.

Genome Analysis and Comparison to T4 Bacteriophage

The nucleic acid sequence of RM 378 is set forth in FIG. 1. The nucleic acid sequence of RM 378 contains at least 200 open reading frames (ORFs); see, for example, the ORFs described in FIG. 2. Of these, five were identified in more detail, as described in Example 2, including the ORFs expected to encode DNA polymerase, 3′-5′ exonuclease, 5′-3′ exonuclease, RNA ligase and DNA helicase.

RM 378 belongs in the T-even family, in that it is similar to bacteriophage T4 of Escherichia coli. Bacteriophage T4 of E. coli is a well-studied phage which, together with T2 and T6, belongs to the family of bacteriophages known as T-even phages. T-even phages are nearly identical not only in structure and composition, but also in properties. Several enzymes isolated from bacteriophage T4 are used in the field of recombinant DNA technology as well as in other commercial applications. For example, T4 DNA polymerase, T4 DNA ligase and T4 RNA ligase are frequently used in the research industry today.

The genome of RM 378 was aligned in a consensus sequence, and the open reading frames (ORFs) were analyzed and compared to the T4 bacteriophage genome. The overall genome arrangement seemed to be different and the overall similarity to known proteins was low. However, despite this apparently high genetic divergence, several structural and morphological features were highly conserved. Furthermore, homologs to proteins in T4 were identified in the RM 378 bacteriophage. These similarities are set forth in Table 1, below.

In view of the similarities between bacteriophage T4 and bacteriophage RM 378, it is reasonable to expect that bacteriophage RM 378 comprises genes that are homologous to those found in bacteriophage T4, and that these genes in bacteriophage RM 378 encode proteins and enzymes that correlate to those proteins and enzymes found in bacteriophage T4.

EXAMPLE 2 Detailed Analysis of Five Open Reading Frames (ORFs)

A. Selection of Reading Frames for Analysis

Five open reading frames (ORFs) of the numerous ORFs described above in the genome of bacteriophage RM378, have been further characterized and the corresponding genes cloned and expressed. The genes include a DNA polymerase, 3′-5′ exonuclease, 5′-3′-exonuclease (RNase H), replicative DNA helicase and RNA ligase. These genes were chosen as examples of the many valuable genes encoded by the bacteriophage genome. The corresponding polypeptide products of these genes are mainly components of the bacteriophage replication machinery and can be utilized in various molecular biology applications as evident by the current use of homologous counterparts from other sources. The sequences of the five ORFs show low similarity to sequences in public databases indicative of distant relationship to known proteins; however, probable homology to known sequences can be established by comparison with families of sequences showing overall sequence similarity as well as conservation of shorter regions, sequence motifs and functionally important residues, in some cases aided by three-dimensional structural information. The limited sequence similarity or these sequences to publicly available sequences suggests that these gene products have functional properties very different from corresponding proteins currently in use in molecular biology applications. Together with the presumed thermostability, the properties of these gene products render them valuable in various applications in molecular biology.

DNA Polymerase

DNA polymerases have evolved to accommodate the varied tasks required for replication and repair. DNA replication involves 1) local melting of the DNA duplex at an origin of the replication, 2) synthesis of a primer and Okazaki fragment, 3) DNA melting and unwinding at the replication fork, 4) extension of the primer on the leading strand and discontinuous synthesis of primers followed by extension of the lagging strand, 5) removal of RNA primers and 6) sealing of nicks. (Perler et al., Adv Protein Chem 48:377-435 (1996)).

The different types of DNA polymerases have been grouped into Families A, B, C and X corresponding to similarity with E. coli pol I, II and III and pol b respectively (Braithwaite, D. K. and Ito, J., Nucleic Acids Res. 21:787-802 (1993)). Each of these Families contains conserved sequence regions (Perler et al., Adv Protein Chem. 48:377-435 (1996); Blanco L., et al., Gene 100:27-38 (1991); Morrison A. et al., Proc Natl Acad Sci USA. 88:9473-9477 (1991)). Family B DNA polymerasese are also called Pol α Family DNA polymerases.

The DNA polymerases of family B type include bacteriophage T4 and bacteriophage RB69 DNA polymerase as well as archaeal polymerases and E. coli polymerase II. Polymerases of this type normally have two activities, the polymerase activity and the proofreading 3′-5′ exonuclease activity, found in different domains within the same polypeptide with the exonuclease domain being N-terminal to the polymerase domain (Steitz, T. A., J Biol Chem 274:17395-8 (1999); Kornberg, A. and Baker, T. A., DNA Replication, Freeman, N.Y. (1992); Brautigam, C. A. and Steitz, T. A., Curr.Opin.Struct.Biol. 8:45-63 (1998) ). Polymerases of family B have an overall domain architecture different from polymerases of family A and do not have a 5′-3′ exonuclease activity which is normally found in polymerases in family A. The determined structure of RB69 DNA polymerase is a representative structure of family B type polymerase and shows clearly the modular organization of the enzyme with separate domains (Wang, J. et al., Cell 89:1087-99 (1997), Protein data bank (PDB) accession code 1WAJ). The structure of the archaeal DNA polymerase from Desulfurococcus strain Tok was shown to have the same overall structure (Zhao, Y. et al., Structure Fold Des 7:1189-99 (1999), PDB accession code 1QQC). The alignment of polymerases in this family indicates the presence of several conserved region in the sequences with characteristic sequence motifs both belonging to both the exonuclease domain and the polymerase domain (Hopfner, K. P. et al., Proc Natl Acad Sci USA 96:3600-3605 (1999)).

Exonucleases

Besides the basic polymerization function, DNA polymerases may contain 5′-3′ and a 3′-5′ exonuclease activity. The 3′-5′ exonuclease activity is required for proofreading. In general the family B polymerases have 3′-5′ exonuclease activity, but not 5′-3′ exonuclease activity. If both exonucleases are present, the 5′-3′ exonuclease domain is at the N-terminal followed by the 3′-5′ exonuclease domain and the C-terminal polymerase domain. The structure of the polymerases can be defined further in terms of domain structure. The polymerase domain is thus composed of a number of smaller domains, often referred to as the palm, fingers and thumb, and although these parts are not homologous across families, they do show analogous structural features (Steitz, T. A., J Biol Chem 274:17395-8 (1999); Kornberg, A. & Baker, T. A., DNA Replication, Freeman, N.Y. (1992); Brautigam, C. A. & Steitz, T. A., Curr.Opin.Struct.Biol. 8:45-63 (1998)).

RNase H (Ribonuclease H), e.g. from bacteriophage T4, removes the RNA primers that initiate lagging strand fragments, during DNA replication of duplex DNA. The enzyme has a 5′-3′ exonuclease activity on double-stranded DNA and RNA-DNA duplexes. Further, T4 RNase H has a flap endonuclease activity that cuts preferentially on either side of the junction between single and double-stranded DNA in flap and fork DNA structures. Besides replication, T4 RNase H also plays a role in DNA repair and recombination. (Bhagwat, M., et al., J. Biol. Chem. 272:28531-28538 (1997); Bhagwat, M., et al. J. Biol. Chem. 272:28523-28530 (1997)).

T4 RNase H shows sequence similarity to other enzymes with a demonstrated role in removing RNA primers, including phage T7 gene 6 exonuclease, the 5 ′-3′ nuclease domain of E. coli DNA polymerase I, and human FEN-1 (flap endonuclease). These enzymes have 5′-3′-exonuclease activity on both RNA-DNA and DNA-DNA duplexes and most of them have a flap endonuclease activity that removes the 5-ssDNA tail of flap or fork structures. The T4 enzyme homologous to members of the RAD2 family of prokaryotic and eukaryotic replication and repair nucleases (Mueser T. C., et al., Cell. 85:1101-1112 (1996)).

RNase H is a part of the reverse transcriptase complex of various retroviruses. The HIV-1 RT associated ribonuclease H displays both endonuclease and 3′-5′ exonuclease activity (Ben-Artzi, H., et al., Nucleic Acids Res. 20:5115-5118 (1992); Schatz, O., et al., EMBO J. 4:1171-1176 (1990)).

In molecular biology, RNase H is applied to the replacement synthesis of the second strand of cDNA. The enzyme produces nicks and gaps in the mRNA strand of the cDNA:mRNA hybrid, creating a series of RNA primers that are used by the corresponding DNA polymerase during the synthesis of the second strand of cDNA (Sambrook, J., et al., Molecular cloning: a laboratory manual, 2nd ed. Cold Spring Harbour Laboratory Press (1989)). The RNase H of E. coli can promote the formation and cleavage of RNA-DNA hybrid between an RNA site and a base paired strand of a stable hairpin or duplex DNA at temperature below their Tm (Li. J., and R. M. Wartell, Biochemistry 37:5154-5161 (1998); Shibahara, S., et al., Nucleic Acids Res. 15:4403-4415 (1987)). Thus, the enzyme has been used for site-directed cleavage of RNA using chimeric DNA splints (presence of complementary chimeric oligonucleotides) (Inoue, H., et al., Nucleic Acids Symp Ser. 19:135-138 (1988)) or oligoribonucleotide capable of forming a stem and loop structure (Hosaka H., et al., J. Biol. Chem. 269: 20090-20094 (1994)).

DNA Helicase

DNA helicases use energy derived from hydrolysis of nucleoside triphosphate to catalyze the disruption of the hydrogen bonds that hold the two strands of double-stranded DNA together. The reaction results in the formation of the single-stranded DNA required as a template or reaction intermediate in DNA replication, repair or recombination (Matson, S. W., et al., BioEssays. 16:13-21 (1993)).

The bacteriophage T4 Gp41 is a highly processive replicative helicase (similar to the DNA B protein of E. coli) and has been shown to form hexamer in the presence of ATP (Dong, F., and P. H. von Hippel, J. Biol. Chem. 271:19625-19631 (1996)). The enzyme facilitates the unwinding of DNA helix ahead of the advancing DNA polymerase and accelerates the movement of the replication fork. It has been suggested that gp41 interacts with the polymerase holoenzyme at the replication fork (Schrock R. D. and B. Alberts, J. Biol. Chem. 271:16678-16682 (1996)). Gp41 has a 5′-3′ polarity and requires a single stranded region on the 5′ side of the duplex to be unwound. The ATP-activated helicase binds to a single gp61 primase molecule on appropriate DNA template (Morris, P. D., and K. D. Raney, Biochemistry. 38:5164-5171 (1999)) to reconstitute a stable primosome (Richardson, R. W. and N. G. Nossal, J. Biol. Chem. 264:4725-4731 (1989)). Although the gp41 alone does not form a stable complex with DNA template, this helicase by itself can carry out moderately processive ATP-driven translocation along single strand DNA (Dong, F., and P. H. von Hippel. J. Biol. Chem. 271:19625-19631 (1996)). The T4 gene 59 protein accelerates the loading of gp41 onto DNA, when it is covered with 32 protein (the T4 single strand binding protein), and stimulates the helicase activity to catalyze replication fork movement through a DNA double helix, even through a promoter-bound RNA polymerase molecule (Barry, J., and B. Alberts. J. Biol. Chem. 269:33063-33068 (1994); Tarumi, K., and T. Yonesaki, J Biol Chem. 270:2614-2619 (1995)). The T4 gp41 helicase has also been disclosed to participate in DNA recombination. Following exonuclease nicking of ds DNA and further expansion into a gap, gp41 creates a free 3′ end, which is required as a substrate by recombination proteins (RecA like) (Tarumi, K., and T. Yonesaki. J Biol Chem. 270:2614-2619 (1995)).

RNA Ligase

RNA ligase is abundant in T4-infected cells and has been purified in high yields. Bacteriophage T4 RNA ligase catalyzes the ATP-dependent ligation of a 5′-phosphoryl-terminated nucleic acid donor (i.e. RNA or DNA) to a 3′-hydroxyl-terminated nucleic acid acceptor. The reaction can be either intramolecular or intermolecular, i.e., the enzyme catalyzes the formation of circular DNA/RNA, linear DNA/RNA dimers, and RNA-DNA or DNA-RNA block co-polymers. The use of a 5′-phosphate, 3′-hydroxyl terminated acceptor and a 5′-phosphate, 3′-phosphate terminated donor limits the reaction to a unique product. Thus, the enzyme can be an important tool in the synthesis of DNA of defined sequence (Marie I., et al., Biochemistry 19:635-642 (1980), Sugion, A. et al., J. Biol. Chem. 252:1732-1738 (1977)).

The practical use of T4 RNA ligase has been demonstrated in many ways. Various ligation-anchored PCR amplification methods have been developed, where an anchor of defined sequence is directly ligated to single strand DNA (following primer extension, e.g. first strand cDNA). The PCR resultant product is amplified by using primers specific for both the DNA of interest and the anchor (Apte, A. N., and P. D. Siebert, BioTechniques. 15:890-893 (1993); Troutt, A. B., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89: 9823-9825 (1992); Zhang, X. H., and V. L. Chiang, Nucleic Acids Res. 24:990-991(1996)). Furthermore, T4 RNA ligase has been used in fluorescence-, isotope- or biotin-labeling of the 5′-end of single stranded DNA/RNA molecules (Kinoshita Y., et al., Nucleic Acid Res. 25: 3747-3748 (1997)), synthesis of circular hammer head ribozymes (Wang, L., and D. E. Ruffner. Nucleic Acids Res 26: 2502-2504 (1998)), synthesis of dinucleoside polyphosphates (Atencia, E. A., et al. Eur. J. Biochem. 261: 802-811 (1999)), and for the production of composite primers (Kaluz, S., et al., BioTechniques. 19: 182-186 (1995)).

B. DNA Polymerase Activity and 3′-5′ Exonuclease Activity are Found in Gene Products of Separate Genes in the Phage RM378 Genome

The predicted gene products of two open reading frames (ORF056e and ORF632e), which are widely separated in the genome of phage RM378, both showed similarity to family B type polymerases as shown below.

Identification of the ORF056e Gene Product as 3′-5 ′ Exonuclease

The predicted gene product of ORF056e (locus GP43a) was run against a sequence database (NCBI nr) in a similarity search using BLAST (Altschul, S. F. et al., J. Mol. Biol. 215:403-410 (1990)) (Table 2). Out of 64 hits with E value lower (better) than 1, all sequences were of DNA polymerases of family B type including DNA polymerase from bacteriophage RB69, archaeal DNA polymerases and E. coli polymerase II. Importantly, all these sequences are DNA polymerase sequences having the sequence characteristics of the DNA polymerase domain as well as the 3′-5′ exonuclease domain and are considerably longer (excluding partial sequences) than the predicted gene product of ORF056e which has a length of 349 residues. The similarity is restricted to the N-terminal halves of these sequences corresponding to the part of the protein where the 3′-5′ proofreading exonuclease domain is located.

Table 2 lists the 20 sequences with strongest similarity to the ORF056e sequence together with the length and E-value according to BLAST search. The sequence identity with the ORF056e sequence ranges from 21 to 27%. Of the 64 sequences identified in the sequence database, 34 are of viral origin and 15 of archaeal origin. Out of the twenty top scoring sequences, 16 are of viral origin.

Identification of the ORF632e Gene Product as DNA Polymerase

The sequence similarity program BLAST (Altschul, S. F. et al., J. Mol. Biol. 215:403-410 (1990)) was also used to identify potential homologues of the ORF632e (locus GP43b) gene product. The 100 sequences in the sequence database (NCBI nr) with the strongest similarity to the ORF632e sequence were all defined as DNA polymerase sequences. These sequences all had an E value lower than 10-5 and are considerably longer (excluding partial sequences) than the predicted gene product of ORF632e which has a length of 522 residues (Table 3). Sequence alignments between the ORF632e sequence and the sequences identified in the database shows that the similarity is restricted to a domain with the DNA polymerase activity as characterized by conserved sequence motifs such as DxxSLYPS (Hopfner, K. P. et al., Proc Natl Acad Sci USA 96:3600-3605 (1999)). In these sequences this domain is always preceded by a long N-terminal region where the 3′-5′ exonuclease activity normally is found. The corresponding N-terminal region is lacking in ORF362e which consists only of the DNA polymerase domain (family B type polymerases). The sequence motif DXXSLYPS (SEQ ID NO:63) in the ORF632e sequence is found very close to its N-terminus unlike its location in all the 100 analyzed sequences in the public database.

Table 3 lists the 20 sequences with strongest similarity to the ORF632e sequence together with the length and E-value according to a BLAST search. The sequence identity with the ORF632e sequence rages from 23 to 28% within aligned regions of 300 to 428 residues. The majority of these 20 sequences are of archaeal DNA polymerases of family B type.

The results of the similarity searches indicated that gene products of ORF056e and ORF632e correspond to the exonuclease domain and the polymerase domain of family B type polymerases, respectively. Partial alignment of sequences of a number of members of this family was obtained from the Protein Families Data Bases of Alignments and HMMs (Sanger Institute), accession number PF00136). The sequences of ORF056e and ORF632e could be combined as one continuous polypeptide and aligned to the previous set of sequences. The coordinates of the three-dimensional structures of DNA polymerases from bacteriophage RB69 (PDB ID 1WAJ), the archaea Thermococcus gorgonarius (PDB ID 1TGO) and the archaea Desulfurococcus strain Tok (PDB ID 1QQc) were structurally aligned and the sequence alignment produced from the structural alignment. The corresponding sequences were added to the previous alignment and the alignment adjusted, guided by the alignment from the structural superposition, mainly in regions which are less conserved. The resulting alignment, shown in FIG. 3, strongly supports the previous interpretation that 3′-5′ proofreading activity and DNA polymerase activity are found in two proteins encoded by separate genes in bacteriophage RM378. As seen in the alignment (FIG. 3), the major conserved regions in this protein family in the 5′-3′ exonuclease domain and in the polymerase domain are also conserved in the gene products of ORF056e and ORF632e, respectively. As defined by Hopfner et al. (Hopfner, K. P. et al., Proc Natl Acad Sci USA 96:3600-3605 (1999)), this includes regions exo I, -II and -III in the exonuclease domain and motifs A, -B and -C in the polymerase protein. Motif A corresponds to the DxxSLYPS motif mentioned above and includes an aspartic acid residue, involved in coordinating one of the two Mg2+ ions which are essential for the polymerase activity, and a tyrosine residue which stacks it side chain against an incoming nucleotide in the polymerase reaction. Another aspartic residue which also acts as Mg2+ ion ligand (motif C), and is essential for the catalytic mechanism, is also found in the sequence of ORF632e (D215). Inspection of the three-dimensional structure of bacteriophage RM69 DNA polymerase (PDB ID 1WAJ), with respect to the alignment, shows that the end of the ORF056e sequence and the beginning of the ORF632e sequence are found between the 3′-5′ exonuclease domain and the DNA polymerase domain.

The polymerase activity encoded by bacteriophage RM378 thus resides in an enzyme which is relatively short corresponding only to the polymerase domain of other members in this family and unlike those relatives does not have an 3′-5′ exonuclease domain. The 3′-5′ exonuclease is found as another protein encoded by a separate gene elsewhere in the genome. The natural form of DNA polymerase from Thermus aquaticus (Taq) also lacks the proofreading 3′-5′ exonuclease activity but this polymerase differs from the polymerase of RM378 in several aspects: i) it belong to a different family of polymerase (family A) which have a different general architecture, ii) the lack of 3′-5′ exonuclease activity is due to a non-functional domain since it still contains a structural domain homologous to a domain where this activity resides in other polymerase in this family, and iii) naturally occurring Taq has 5′-3′ exonuclease activity besides its polymerase activity (Kim, Y. et al., Nature 376:612-616 (1995)). Thus, the current protein is the only known example of a DNA polymerase which by nature lacks proofreading activity and the corresponding structural domain present in other polymerases of this type, and therefore represents the discovery of a unique compact type of DNA polymerase found in nature lacking both 3′-5′ and 5′-3′ exonuclease activity.

C. ORF739f Encodes an RNA Ligase

Several sequences of RNA ligases in a protein sequence database showed similarity to the ORF739f sequence (locus GP63) as identified in a similarity search using BLAST (Altschul, S. F. et al., J. Mol Biol. 215:403-410 (1990)). The top scoring sequences found in the BLAST search are show in Table 4. Only 3 sequences showed a score with E-avlue below 1.0. The two most significant and extensive similarities were found to the sequences of RNA ligases from Autographa californica nucleopolyhedrovirus and bacteriophage T4. The similarity to the third sequence, that of a DNA helicase, is much less extensive and has considerable higher E-value. The sequence identity between the ORF739f sequence and the two RNA ligase sequences is 23% over regions of 314 and 381 residues. A sequence alignment of these three sequences is shown in FIG. 4.

The site of covalent reaction with ATP (adenylation) has been located at residue K99 in bacteriophage T4 RNA ligase (Thogersen H C, et al., Eur J Biochem 147:325-9 (1985); Heaphy, S., Singh, M. and Gait, M. J., Biochemistry 26:1688-96 (1999)). A corresponding Lysine residue (K126) is also found in the sequence of ORF739f. An aspartic residue close to the adenylation site in T4 RNA ligase has also been implied as important for the catalytic mechanism (Heaphy, S., Singh, M. and Gait, M. J., Biochemistry 26:1688-96 (1999)). This residue is also conserved in ORF739f (D128). It has been suggested that the motif KX(D/N)G may be a signature element for covalent catalysis in nucleotidyl transfer (Cong, P., and Shuman, S., J Biol Chem 268:7256-60 (1993)). The conservation of these active site residues supports the interpretation of ORF739f gene product as RNA ligase having catalytic mechanism in common with other RNA ligases and involving covalent reaction with ATP.

Table 4 shows sequences with strongest similarity (E-value cutoff of 1.0) to the ORF739f sequence together with their length and E-value according to BLAST search.

D. Orf 1218a Encodes a Gene Product with 5′-3′ Exonuclease Activity

A BLAST search (Altschul, S. F. et al., J. Mol. Biol. 215:403-410 (1990)) identified about 60 sequences in the database (NCBI nr) with significant similarity (corresponding to E-value lower than 1) to the sequence of the predicted gene product of ORF 1218a (locus DAS). Almost all the identified sequences are of DNA polymerase I from bacterial species (DNA polymerase family A) and the similarity is restricted to the N-terminal halves of these sequences and the ORF 1218a sequence is much shorter, 318 residues, compared to the identified sequences which usually are between 800 and 900 residues (Table 5).

Structural and functional studies of DNA polymerases of this type (family A) have defined the different structural domains and how these correlate with the different activities of the enzyme. Polymerases of this type normally have a polymerase activity located in a C-terminal domain and two exonuclease activities, a 3′-5′ exonuclease proofreading activity in a central domain and a 5′-3 exonuclease activity in an N-terminal domain (Kornberg, A. and Baker, T. A., DNA Replication, Freeman, N.Y. (1992); Brautigam, C. A. and Steitz, T. A., Curr. Opin. Struct. Biol. 8:45-63 (1998)). The sequence of ORF 1218a corresponds to the 5′-3′ exonuclease domain of these polymerases.

The 5′-3′ exonuclease domain of DNA polymerase I belongs to a large family of proteins which also include ribonuclease H (RNase H) including bacteriophage T4 RNase H. The analysis of the structure of bacteriophage T4 RNase H revealed the conservation of a several acidic residues in this family of proteins. These residues are clustered at the active site, some of which help coordinate two functionally important Mg2+ ions (Mueser, T. C.,et al., Cell 85:1101-12 (1996)). The corresponding alignment shown in FIG. 5, including the sequence of the ORF 1218a gene product, shows that these acidic residues (possibly with the exception of one) are also found in the gene product of ORF1218a thus further supporting its proposed activity as 5′-3′ exonuclease.

The 5′-3′ exonuclease of polymerase I and RNase H both remove RNA primers that have been formed during replication but T4 DNA polymerases and other polymerases of the same type (family B), including the identified polymerase of phage RM378 identified here (see above), lack the 5′-3′ exonuclease activity. T4 RNase H (305 residues) and the ORF1218a gene product (318 residues) are of similar size with conserved regions scattered throughout most of the sequences (FIG. 5). These proteins are likely to have a very similar structure given the structural similarity between T4 RNase H and 5′-3′ exonuclease domain of polymerase I (Mueser, T. C., et al., Cell 85:1101-12 (1996)). The gene product of ORF1218a probably has a function analogous to the function of RNase H in bacteriophage T4.

Table 5 sets forth the 21 sequences with strongest similarity to the ORF1218a sequence together with the length and E-value according to BLAST search. The sequence identity with the ORF1218a sequence ranges from 31 to 41% within aligned regions of 82 to 145 residues.

E. A Replicative DNA Helicase is Part of the Replication Machinery of Phage RM378

Several sequences of replicative DNA helicases were identified in a similarity search using BLAST (Altschul, S. F., et al., J. Mol. Biol. 215:403-410 (1990)) with the ORF1293b (locus GP41) sequence as query sequence. 15 sequences had an E-value lower than 1.0 with the sequence of bacteriophage T4 replicative DNA helicase (product of gene 41, accession number P04530) having by far the lowest E-value. Some of the sequences found in the similarity search are hypothetical proteins and some are defined as RAD4 repair protein homologues. However, the most extensive similarity was found with the replicative helicase sequences, with sequence identity of 20-23% spanning 210-295 residues, and these sequences are all of length similar to the length of the ORF1293b gene product (416 residues). Table 6 shows the identified sequences of the similarity search.

The replicative DNA helicases with similarity to the ORF1293b sequence are of the same protein family often named after the corresponding helicase in E. coli encoded by the DnaB gene (e.g. DnaB-like helicases). The Protein Families Data Base of Alignments and HMMs (Sanger Institute), holds 37 sequences in this family (family DnaB, accession number PF00772;) and the alignment of these sequences shows clearly several regions with conserved sequence motifs. One of this motif is characteristic for ATPases and GTPases (Walker A motif, P-loop) and forms a loop that is involved in binding the phosphates of the nucleotide (Sawaya, M. R. et al., Cell 99:167-77 (1999)). The replicative helicases bind single stranded DNA (at the replication fork) and translocate in the 5′-3′ direction with ATP (GTP) driven translocation (Matson, S. W., et al., BioEssays 16:13-22 (1993)). The significant similarity found in the BLAST search to sequences other than helicase sequences is partly due to the presence of an ATP/GTP binding sequence motif in these sequences.

FIG. 6 shows the sequence alignment of some members of the DnaB protein family together with the sequence of ORF1293b. Sawaya et al. have shown how several conserved motifs and functionally important residues of the DnaB family relate to the crystal structure of the helicase domain of the T7 helicase-primase (Sawaya, M. R. et al., Cell 99:167-77 (1999)). The alignment in FIG. 6 shows how these conserved motifs are present in the ORF1293b sequence thereby supporting its role as replicative helicase.

The bacteriophage T4 replicative helicase sequence was indicated as most closely related to the ORF1293b sequence in the similarity search. The structure and function of the corresponding helicases may be very similar in these two bacteriophages and, together with the similarity of numerous other components of these phages, may be indicative of other similarities of their replication machinery. T4 replicative helicase is known to be an essential protein in the phage replication and interact with other proteins at the replication fork such as the primase to form the primosome (Nossal, N. G., FASEB J. 6:871-8 (1992)). Similarly, the helicase encoded by ORF1293b may have an essential function in bacteriophage RM378. Other homologues of components of the T4 replication system have been detected as well as shown above and still others may also be expected to be encoded by the bacteriophage genome.

Table 6 sets forth sequences with strongest similarity (E-value cutoff of 1.0) to the ORF1293b sequence together with the length and E-value according to BLAST search.

F. Subcloning of Selected ORFs from RM378

Plasmids were designated pSH1, pGK1, pOL6, pJB1 and pJB2, were generated for the genes encoding the 3′-5′ exonuclease, the DNA polymerase, the RNA-ligase gene, the RNaseH gene and the helicase gene, respectively. The correct insertion of the ORFs into the expression vector was verified by DNA sequencing, and the expression of the genes was verified by SDS gel electrophoresis of respective host strain crude extracts.

E. coli strain JM109 [supE44Δ(lac-proAB), hsdR17, recA1, endA1, gyrA96, thi-1, relA1 (F′traD36, proAB, lacIqZΔM15)] (Viera and Messing, Gene, 19:259-268 (1982)) and strain XL10-Gold [TetrΔ (mcrA)183 Δ(mcrCB-hsdSMR-mrr)173 endA1 supE44 thi-1 recA1 gyrA96 relA1 lac Hte (F′ proAB lacIqZΔM15 Tn10 (Tetr) Amy Camr)] (Stratagene) were used as hosts for expression plasmids.

Restriction enzyme digestions, plasmid preparations, and other in vitro manipulation of DNA were performed using standard protocols (Sambrook et al., Molecular Cloning 2nd Ed. Cold Spring Harbor Press, 1989).

The PCR amplification of the nucleic acids sequence containing the open reading frame (ORF) 056e, which displayed similarity to 3′-5′ exonuclease domain of family B polymerase genes was as follows. The forward primer exo-f: CACGAGCTC ATG AAG ATC ACG CTA AGC GCA AGC (SEQ ID NO:64), spanning the start codon (underlined) and containing restriction enzyme site, was used with the reverse primer exo-r: ACAGGTACC TTA CTC AGG TAT TTT TTT GAA CAT (SEQ ID NO:65), containing restriction site and spanning the stop codon (underlined, reverse complement) [codon 350 of ORF 056E shown in FIG. 7]. The PCR amplification was performed with 0.5 U of Dynazyme DNA polymerase (Finnzyme), 10 ng of RM378 phage DNA, a 1 μM concentration of each synthetic primer, a 0.2 mM concentration of each deoxynucleoside triphosphate, and 1.5 mM MgCl₂ in the buffer recommended by the manufacturer. A total of 30 cycles were performed. Each cycle consisted of denaturing at 94° C. for 50 s, annealing at 50° C. for 40 s, and extension at 72° C. for 90 s. The PCR products were digested with Kpn I and Sac I and ligated into Kpn I and Sac I digested pTrcHis A (Invitrogen) to produce pSH1. Epicurian Coli XL10-Gold (Stratagene) were transformed with pSH1 and used for induction of protein expression, although any host strain carrying a lac repressor could be used.

The PCR amplification of the nucleic acids sequence containing ORF 632e, which exhibited similarity to DNA polymerase domain of family B polymerase genes was similar as described above for the putative 3′-5′ exonuclease gene except that other PCR-primers were used. The forward primer pol-f. CACGAGCTCATGAACATCAACAAGTATCGTTAT (SEQ ID NO:66), spanning the start codon (underlined) and containing restriction enzyme sites was used with the reverse primer pol-r: ACAGGTACCTTAGTTTTCACTCTCTACAAG (SEQ ID NO:67), containing restriction site and spanning the stop codon (underlined reverse complement) [codon 523 of ORF 632e shown in FIG. 8]. The PCR products were digested with Kpn I and Sac I and ligated into Kpn I and Sac I digested pTrcHis A (Invitrogen) to produce pGK1. Epicurian Coli XL10-Gold (Stratagene) were transformed with pGK1 and used for induction of protein expression. The expressed protein was observed with Anti-Xpress Antibody (Invitrogen) after Western Blot.

The PCR amplification of the nucleic acid sequence containing ORF 739f, (which displayed similarity to the T4 RNA ligase gene) was similar to the procedure described above for the putative 3′ -5′ exonuclease gene. The forward primer Rlig-f: GGG AAT TCT TAT GAA CGT AAA ATA CCC G (SEQ ID NO:68), spanning the start codon (underlined) and containing restriction enzyme sites was used with the reverse primer Rlig-r: GGA GAT CTT ATT TAA ATA ACC CCT TTT C (SEQ ID NO:69), containing restriction site and spanning the stop codon (underlined reverse complement) [codon 437 of the ORF shown in FIG. 9]. The PCR products were digested with EcoRI and BglII. Subsequently the amplified products were cloned into EcoRI and BamHI digested pBTac1 (Amann et al., Gene 25:167-178 (1983)) to produce pOL6. Cells of E. coli strain JM109 were transformed with pOL6 and used for induction of protein expression, although any host strain carrying a lac repressor could be used.

The PCR amplification of the nucleic acid sequence containing ORF 1218a, (which displayed similarity to the T4 RNaseH gene) was similar to the procedure described above for the putative 3′-5′ exonuclease gene except that other PCR-primers were used. The forward primer RnH-f: GGGAATTCTT ATG AAA AGA CTG AGG AAT AT (SEQ ID NO:70), spanning the start codon (underlined) and containing restriction enzyme sites was used with the reverse primer RnH-r: GGA GAT CTC ATA GTC TCC TCT TTC TT (SEQ ID NO:71), containing restriction site and spanning the stop codon (underlined reverse complement) [codon 319 of the ORF shown in FIG. 10]. The PCR products were digested with EcoRI and BglII and ligated into EcoRI and BamHI digested pBTac1 (Amann et al. Gene 25:167-178. 1983) to produce pJB1. As for the RNA ligase clone, cells of E. coli strain JM109 were transformed with pJB1 and used for induction of protein expression.

The PCR amplification of the nucleic acid sequence containing ORF 1293b, which displayed similarity to the dnaB like helicase genes was as described above for the putative 3′-5′ exonuclease gene except other PCR-primers were used. The forward primer HelI-f: GGGCAATTGTT ATG GAA ACG ATT GTA ATT TC (SEQ ID NO:72), spanning the start codon (underlined) and containing restriction enzyme sites was used with the reverse primer HelI-r: CGGGATCC TCA TTT AAC AGC AAC GTC (SEQ ID NO:73), containing restriction site and spanning the stop codon (underlined reverse complement) [codon 417 of the ORF shown in FIG. 11]. The PCR products were digested with EcoRI and BglII and ligated into EcoRI and BamHI digested pBTac1 (Amann et al. Gene 25:167-178 (1983)) to produce pJB2. Cells of E. coli strain JM109 were transformed with pJB2 and used for induction of protein expression.

Deposit of Biological Material

A deposit of Rhodothermus marinus strain ITI 378, and a deposit Rhodothermus marinus strain ITI 378 infected with bacteriophage RM 378, was made at the following depository under the terms of the Budapest Treaty:

Deutsche Sammlung Von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH (DSMZ)

Mascheroder Weg 1b

D-38124 Braunschweig, Germany.

The deposit of Rhodothermus marinus strain ITI 378 received accession number DSM 12830, with an accession date of May 28, 1999. The infected strain (Rhodothermus marinus strain ITI 378 infected with bacteriophage RM 378) received accession number DSM 12831, with an accession date of May 31, 1999.

During the pendency of this application, access to the deposits described herein will be afforded to the Commissioner upon request. All restrictions upon the availability to the public of the deposited material will be irrevocably removed upon granting of a patent on this application, except for the requirements specified in 37 C.F.R. 1.808(b) and 1.806. The deposits will be maintained in a public depository for a period of at least 30 years from the date of deposit or for the enforceable life of the patent or for a period of five years after the date of the most recent request for the furnishing of a sample of the biological material, whichever is longer. The deposits will be replaced if they should become nonviable or nonreplicable.

TABLE 1 Comparison of Structural Features of T4 and RM 378 Feature T4 RM 378 Phage type T-even, A2 morphology T-even, A2 morphology Family Myoviridae Myoviridae Genome size 168,900 bases ca 130,480 bases Number of ORFs ca 300 >200 Characteristic GP3, GP13, GP17, GP18, Putative homologs of the structural proteins GP20, GP21, GP23 same were identified Arrangement of All of the above genes are All of the above genes structural proteins on the same strand and were dispersed over the clustered in a region whole genome and found covering 35 kb on both strands Representative lysozyme and thymidine lysozyme and thymidine enzymes kinase (on same strand) kinase (on different strands)

TABLE 2 Source: Accession #: Definition: Length: E-value*: Spodoptera litura AAC33750.1 DNA polymerase 603 9e−08 nucleopolyhedrovirus (partial) Spodoptera littoralis AAF61904.1 DNA polymerase 998 9e−08 nucleopolyhedrovirus Sulfurisphaera O50607 DNA POLYMERASE I 872 3e−07 ohwakuensis (DNA POLYMERASE B1) Xestia c-nigrum AAC06350.1 DNA polymerase 1098  4e−07 granulovirus Lymantria dispar T30431 DNA-directed DNA 1014  5e−07 nucleopolyhedrovirus polymerase Lymantria dispar P30318 DNA POLYMERASE 1013  5e−07 nucleopolyhedrovirus Buzura suppressaria AAC33747.1 DNA polymerase 647 8e−07 nucleopolyhedrovirus (partial) Sulfolobus P95690 DNA POLYMERASE I 875 4e−06 acidocaldarius Bacteriophage RB69 Q38087 DNA POLYMERASE 903 5e−06 Spodoptera exigua AAC33749.1 DNA polymerase 636 2e−04 nucleopolyhedrovirus (partial) Spodoptera exigua AAF33622.1 DNA polymerase 1063  2e−04 nucleopolyhedrovirus Mamestra brassicae AAC33746.1 DNA polymerase 628 9e−04 nucleopolyhedrovirus (partial) Melanoplus sanguinipes AAC97837.1 putative DNA polymerase 1079  9e−04 entomopoxvirus Orgyia anartoides AAC33748.1 DNA polymerase 658 0.003 nucleopolyhedrovirus Sulfolobus solfataricus AAB53090.1 DNA polymerase 882 0.003 Sulfolobus solfataricus P26811 DNA POLYMERASE I 882 0.003 Human herpesvirus 7 AAC40752.1 catalytic subunit of 1013  0.004 replicative DNA polymerase Human herpesvirus 7 AAC40752.1 catalytic subunit of 1013  0.004 replicative DNA polymerase Methanococcus voltae P52025 DNA POLYMERASE 824 0.010 Bombyx mori nuclear P41712 DNA POLYMERASE 986 0.013 polyhedrosis virus Bombyx mori nuclear BAA03756.1 DNA polymerase 986 0.051 polyhedrosis virus *An E-value of 1 assigned to a hit can be interpreted as meaning that in a database of the current size one might expect to see 1 match with a similar score simply by chance.

TABLE 3 Source: Accession #: Definition: Length: E-value*: Aeropyrum pernix 093745 DNA POLYMERASE I 959 4e−20 Aeropyrum pernix BAA75662.1 DNA polymerase 923 4e−20 Aeropyrum pernix BAA75663.1 DNA polymerase II 772 7e−14 Aeropyrum pernix O93746 DNA POLYMERASE II 784 7e−14 Pyrodictium BAA07579.1 DNA polymerase 914 2e−16 occultum Pyrodictium A56277 DNA-directed DNA polymerase 879 2e−16 occultum Pyrodictium B56277 DNA-directed DNA polymerase 803 6e−11 occultum Sulfolobus P95690 DNA POLYMERASE I 875 5e−16 acidocaldarius Archaeoglobus O29753 DNA POLYMERASE 781 1e−14 fulgidus Chlorella virus P30320 DNA POLYMERASE 913 3e−14 NY2A Thermococcus P56689 DNA POLYMERASE 773 4e−14 gorgonarius Paramecium bursaria A42543 DNA-directed DNA polymerase 913 9e−14 Chlorella virus 1 Paramecium bursaria P30321 DNA POLYMERASE 913 4e−13 Chlorella virus 1 Pyrobaculum AAF27815.1 family B DNA polymerase 785 9e−14 islandicum Homo sapiens P09884 DNA POLYMERASE ALPHA 1462  1e−13 CATALYTIC SUBUNIT Homo sapiens NP_002682.1 polymerase (DNA directed), 1107  6e−07 delta 1, catalytic subunit Homo sapiens S35455 DNA-directed DNA polymerase 107 9e−07 delta1 Chlorella virus K2 BAA35142.1 DNA polymerase 913 3e−13 Sulfolobus AAB53090.1 DNA polymerase 882 3e−13 solfataricus Sulfolobus P26811 DNA POLYMERASE I 882 3e−13 solfataricus *An E-value of 1 assigned to a hit can be interpreted as meaning that in a database of the current size one might expect to see 1 match with a similar score simply by chance.

TABLE 4 Source: Accession #: Definition: Length: E-value*: Autographa californica P41476 PUTATIVE BIFUNCTIONAL 694 3e−07 nucleopolyhedrovirus POLYNUCLEOTIDE KINASE/RNA LIGASE Coliphage T4 P00971 RNA LIGASE 374 0.002 Aquifex aeolicus D70476 DNA helicase 530 0.25 *An E-value of 1 assigned to a hit can be interpreted as meaning that in a database of the current size one might expect to see 1 match with a similar score simply by chance.

TABLE 5 Source: Accession #: Definition: Length: E-value*: Streptococcus P13252 DNA POLYMERASE I 877 2e−08 pneumoniae Lactococcus lactis O32801 DNA POLYMERASE I 877 2e−06 subsp. cremoris Bacillus AAB52611.1 DNA polymerase I 876 1e−05 stearothermophilus Bacillus AAB62092.1 DNA polymerase I 877 2e−05 stearothermophilus Bacillus S70368 DNA polymerase I 876 2e−05 stearothermophilus Bacillus P52026 DNA POLYMERASE I 876 2e−05 stearothermophilus Bacillus JC4286 DNA-directed DNA polymerase 879 4e−05 stearothermophilus Bacillus AAA85558.1 DNA polymerase 954 4e−05 stearothermophilus Thermus thermophilus 2113329A DNA polymerase 834 3e−05 Thermus thermophilus P52028 DNA POLYMERASE I 834 3e−05 Thermus thermophilus BAA85001.1 DNA polymerase 834 3e−05 Bacillus subtilis O34996 DNA POLYMERASE I 880 4e−05 Bacillus caldotenax Q04957 DNA POLYMERASE I 877 4e−05 Deinococcus A40597 DNA-directed DNA polymerase 921 4e−05 radiodurans Deinococcus P52027 DNA POLYMERASE I 956 4e−05 radiodurans Aquifex aeolicus D70440 DNA polymerase I 3′-5′ exo domain 289 7e−05 Thermus filiformis O52225 DNA POLYMERASE I 833 7e−05 Anaerocellum Q59156 DNA POLYMERASE I 850 3e−04 thermophilum Rickettsia felis CAB56067.1 DNA polymerase I 922 3e−04 Rhodothermus sp. ‘ITI AAC98908.1 DNA polymerase type I 924 4e−04 518’ Thermus aquaticus P19821 DNA POLYMERASE I 832 4e−04 *An E-value of 1 assigned to a hit can be interpreted as meaning that in a database of the current size one might expect to see 1 match with a similar score simply by chance.

TABLE 6 Source: Accession #: Definition: Length: E-value*: coliphage T4 P04530 PRIMASE-HELICASE 475 3e−06 (PROTEIN GP41) Campylobacter CAB75198.1 replicative DNA helicase 458 0.003 jejuni Listeria Q48761 DNA REPAIR PROTEIN 452 0.003 monocytogenes RADA HOMOLOG Listeria AAC33293.1 RadA homolog 457 0.016 monocytogenes Mycoplasma AAC33767.1 putative replication protein 276 .007 arthritidis bacteriophage MAV1 Aeropyrum pernix B72665 hypothetical protein 726 0.016 Porphyra purpurea P51333 PROBABLE 568 0.027 REPLICATIVE DNA HELICASE Escherichia coli P03005 REPLICATIVE DNA 471 0.047 HELICASE Saccharomyces NP_011861.1 SH3 domain 452 0.047 cerevisiae Chlamydia O84300 DNA REPAIR PROTEIN 454 0.14 trachomatis RADA HOMOLOG Haemophilus P45256 REPLICATIVE DNA 504 0.14 influenzae HELICASE Caenorhabditis T16375 hypothetical protein 566 0.18 elegans Pyrococcus E71133 hypothetical protein 483 0.18 horikoshii Cyanidium AAF12980.1 unknown; replication 489 0.53 caldarium helicase subunit Rickettsia Q9ZD04 DNA REPAIR PROTEIN 448 0.69 prowazekii RADA HOMOLOG *An E-value of 1 assigned to a hit can be interpreted as meaning that in a database of the current size one might expect to see 1 match with a similar score simply by chance.

While this invention has been particularly shown and described with references to preferred embodiments thereof, it will be understood by those skilled in the art that various changes in form and details may be made therein without departing from the spirit and scope of the invention as defined by the appended claims.

                   #             SEQUENCE LISTING <160> NUMBER OF SEQ ID NOS: 73 <210> SEQ ID NO 1 <211> LENGTH: 129908 <212> TYPE: DNA <213> ORGANISM: Bacteriophage RM378 <400> SEQUENCE: 1 cgggtctgct tttccttcac ggacccaatt ctccgtgaaa gaaatacgac at #tcatactg     60 cacctcctgg ttggtttaat tagggttaat gttatacctt ttcaggaact tc #gatcgctt    120 taactccctc tgatgaagca cggtttccac cgcggcaaaa atcaccagca gc #agaaacca    180 cgctcctatc agaagcagcg ccgtttcaaa ataaacccac ttcatcacaa gc #cccgccag    240 tacgaaggcg ggcaaaaaac ctgttataac gtaaacagcg ctcatggttc ac #ccctgagt    300 ctggagtgca aaggcacctg taatatccac ccaaccctca tgacgaaata cc #gtcttctt    360 gaccacggtt ccgtcgggct gctgctcctc caccgacacc ctcttcgtaa ag #gaaaacag    420 aggaatgata cagaaagcca tcagagcatt gaccagaaac ggcatgaagt ag #ggcgcgcc    480 tccaatcatg gcggcaccca gcaaaatatc ctccgtctcc ccactcttct tg #aaaaaccc    540 ggcggcaaga gcggcaatct cccacgcgcg agacatcatc tgatcgaaat ca #ggaatttc    600 ctcgaacgta agaagctcct tcacccgatt ccactgatca tcaggaaggt tt 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#r Ile Pro Arg Leu Leu         515           #       520           #       525 Arg Thr Phe Leu Ala Glu Arg Ala Arg Tyr Ly #s Lys Met Leu Lys Gln     530               #   535               #   540 Ala Thr Ser Ser Thr Glu Lys Ala Ile Tyr As #p Ser Met Gln Tyr Thr 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Tyr Lys Ile Val Ala Asn Ser Val Tyr Gly Le #u Met Gly Phe Arg Asn                 565   #               570   #               575 Ser Ala Leu Tyr Ser Tyr Ala Ser Ala Lys Se #r Cys Thr Ser Ile Gly             580       #           585       #           590 Arg Arg Met Ile Leu Tyr Leu Glu Ser Val Le #u Asn Gly Ala Glu Leu         595           #       600           #       605 Ser Asn Gly Met Leu Arg Phe Ala Asn Pro Le #u Ser Asn Pro Phe Tyr     610               #   615               #   620 Met Asp Asp Arg Asp Ile Asn Pro Ile Val Ly #s Thr Ser Leu Pro Ile 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Asp Tyr Arg Phe Arg Phe Arg Ser Val Tyr Gl #y Asp Thr Asp Ser Val                 645   #               650   #               655 Phe Thr Glu Ile Asp Ser Gln Asp Val Asp Ly #s Ser Ile Glu Ile Ala             660       #           665       #           670 Lys Glu Leu Glu Arg Leu Ile Asn Asn Arg Va #l Leu Phe Asn Asn Phe         675           #       680           #       685 Lys Ile Glu Phe Glu Ala Val Tyr Lys Asn Le #u Ile Met Gln Ser Lys     690               #   695               #   700 Lys Lys Tyr Thr Thr Met Lys Tyr Ser Ala Se #r Ser Asn Ser Lys Ser 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Val Pro Glu Arg Ile Asn Lys Gly Thr Ser Gl #u Thr Arg Arg Asp Val                 725   #               730   #               735 Ser Lys Phe His Lys Asn Met Ile Lys Thr Ty #r Lys Thr Arg Leu Ser             740       #           745       #           750 Glu Met Leu Ser Glu Gly Arg Met Asn Ser As #n Gln Val Cys Ile Asp         755           #       760           #       765 Ile Leu Arg Ser Leu Glu Thr Asp Leu Arg Se #r Glu Phe Asp Ser Arg     770               #   775               #   780 Ser Ser Pro Leu Glu Leu Phe Met Leu Ser Ar #g Met His His Ser Asn 785                 7 #90                 7 #95                 8 #00 Tyr Lys Ser Ala Asp Asn Pro Asn Met Tyr Le #u Val Thr Glu Tyr Asn                 805   #               810   #               815 Lys Asn Asn Pro Glu Thr Ile Glu Leu Gly Gl #u Arg Tyr Tyr Phe Ala             820       #           825       #           830 Tyr Ile Cys Pro Ala Asn Val Pro Trp Thr Ly #s Lys Leu Val Asn Ile         835           #       840           #       845 Lys Thr Tyr Glu Thr Ile Ile Asp Arg Ser Ph #e Lys Leu Gly Ser Asp     850               #   855               #   860 Gln Arg Ile Phe Tyr Glu Val Tyr Phe Lys Ar #g Leu Thr Ser Glu Ile 865                 8 #70                 8 #75                 8 #80 Val Asn Leu Leu Asp Asn Lys Val Leu Cys Il #e Ser                 885   #               890 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#s Tyr Pro Pro Pro Arg                 485   #               490   #               495 Tyr Ile Thr Val His Cys Glu Pro Arg Leu Pr #o Asn Leu Ile Ser Glu             500       #           505       #           510 Ile Ala Ile Phe Asp Arg Ser Ile Glu Gly Th #r Ile Pro Arg Leu Leu         515           #       520           #       525 Arg Thr Phe Leu Ala Glu Arg Ala Arg Tyr Ly #s Lys Met Leu Lys Gln     530               #   535               #   540 Ala Thr Ser Ser Thr Glu Lys Ala Ile Tyr As #p Ser Met Gln Tyr Thr 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Tyr Lys Ile Val Ala Asn Ser Val Tyr Gly Le #u Met Gly Phe Arg Asn                 565   #               570   #               575 Ser Ala Leu Tyr Ser Tyr Ala Ser Ala Lys Se #r Cys Thr Ser Ile Gly             580       #           585       #           590 Arg Arg Met Ile Leu Tyr Leu Glu Ser Val Le #u Asn Gly Ala Glu Leu         595           #       600           #       605 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Ile Asn Pro Ile Ser His Thr Ser Tyr Cys Ty #r Ile Asp Leu Ser Gly                 85   #                90   #                95 Lys Arg Leu Leu Phe Thr Leu Ile Asn Glu Gl #u Met Leu Thr Glu Gln             100       #           105       #           110 Glu Ile Gln Glu Ala Val Asp Arg Gly Cys Le #u Arg Ile Gln Ser Leu         115           #       120           #       125 Met Glu Met Asp Tyr Glu Arg Glu Leu Val Le #u Cys Ser Glu Ile Val     130               #   135               #   140 Leu Leu Gln Ile Ala Lys Gln Leu Leu Glu Le #u Thr Phe Asp Tyr Ile 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Val Thr Phe Asn Gly His Asn Phe Asp Leu Ar #g Tyr Ile Thr Asn Arg                 165   #               170   #               175 Leu Glu Leu Leu Thr Gly Glu Lys Ile Ile Ph #e Arg Ser Pro Asp Lys             180       #           185       #           190 Lys Glu Ala Val His Leu Cys Ile Tyr Glu Ar #g Asn Gln Ser Ser His         195           #       200           #       205 Lys Gly Val Gly Gly Met Ala Asn Thr Thr Ph #e His Val Asn Asn Asn     210               #   215               #   220 Asn Gly Thr Ile Phe Phe Asp Leu Tyr Ser Ph #e Ile Gln Lys Ser Glu 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Lys Leu Asp Ser Tyr Lys Leu Asp Ser Ile Se #r Lys Asn Ala Phe Ser                 245   #               250   #               255 Cys Met Gly Lys Val Leu Asn Arg Gly Val Ar #g Glu Met Thr Phe Ile             260       #           265       #           270 Gly Asp Asp Thr Thr Asp Ala Lys Gly Lys Al #a Ala Val Phe Ala Lys         275           #       280           #       285 Val Leu Thr Thr Gly Asn Tyr Val Thr Val As #p Asp Ile Ile Cys Lys     290               #   295               #   300 Val Ile His Lys Asp Ile Trp Glu Asn Gly Ph #e Lys Val Val Leu Ser 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Cys Pro Thr Leu Thr Asn Asp Thr Tyr Lys Le #u Ser Phe Gly Lys Asp                 325   #               330   #               335 Asp Val Asp Leu Ala Gln Met Tyr Lys Asp Ty #r Asn Leu Asn Ile Ala             340       #           345       #           350 Leu Asp Met Ala Arg Tyr Cys Ile His Asp Al #a Cys Leu Cys Gln Tyr         355           #       360           #       365 Leu Trp Glu Tyr Tyr Gly Val Glu Thr Lys Th #r Asp Ala Gly Ala Ser     370               #   375               #   380 Thr Tyr Val Leu Pro Gln Ser Met Val Phe Gl #y Tyr Lys Ala Ser Thr 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Val Ile Lys Gly Pro Leu Leu Lys Leu Leu Le #u Glu Thr Lys Thr Ile                 405   #               410   #               415 Leu Val Arg Ser Glu Thr Lys Gln Lys Phe Pr #o Tyr Glu Gly Gly Lys             420       #           425       #           430 Val Phe Ala Pro Lys Gln Lys Met Phe Ser As #n Asn Val Leu Ile Phe         435           #       440           #       445 Asp Tyr Asn Ser Leu Tyr Pro Asn Val Cys Il #e Phe Gly Asn Leu Ser     450               #   455               #   460 Pro Glu Thr Leu Val Gly Val Val Val Ser Se #r Asn Arg Leu Glu Glu 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Glu Ile Asn Asn Gln Leu Leu Leu Gln Lys Ty #r Pro Pro Pro Arg Tyr                 485   #               490   #               495 Ile Thr Val His Cys Glu Pro Arg Leu Pro As #n Leu Ile Ser Glu Ile             500       #           505       #           510 Ala Ile Phe Asp Arg Ser Ile Glu Gly Thr Il #e Pro Arg Leu Leu Arg         515           #       520           #       525 Thr Phe Leu Ala Glu Arg Ala Arg Tyr Lys Ly #s Met Leu Lys Gln Ala     530               #   535               #   540 Thr Ser Ser Thr Glu Lys Ala Ile Tyr Asp Se #r Met Gln Tyr Thr Tyr 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Lys Ile Ile Ala Asn Ser Val Tyr Gly Leu Me #t Gly Phe Arg Asn Ser                 565   #               570   #               575 Ala Leu Tyr Ser Tyr Ala Ser Ala Lys Ser Cy #s Thr Ser Ile Gly Arg             580       #           585       #           590 Arg Met Ile Leu Tyr Leu Glu Ser Val Leu As #n Gly Ala Glu Leu Ser         595           #       600           #       605 Asn Gly Met Leu Arg Phe Ala Asn Pro Leu Se #r Asn Pro Phe Tyr Met     610               #   615               #   620 Asp Asp Arg Asp Ile Asn Pro Ile Val Lys Th #r Ser Leu Pro Ile Asp 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Tyr Arg Phe Arg Phe Arg Ser Val Tyr Gly As #p Thr Asp Ser Val Phe                 645   #               650   #               655 Thr Glu Ile Asp Ser Gln Asp Val Asp Lys Se #r Ile Glu Ile Ala Lys             660       #           665       #           670 Glu Leu Glu Arg Leu Ile Asn Ser Arg Val Le #u Phe Asn Asn Phe Lys         675           #       680           #       685 Ile Glu Phe Glu Ala Val Tyr Lys Asn Leu Il #e Met Gln Ser Lys Lys     690               #   695               #   700 Lys Tyr Thr Thr Met Lys Tyr Ser Ala Ser Se #r Asn Ser Lys Ser Val 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Pro Glu Arg Ile Asn Lys Gly Thr Ser Glu Th #r Arg Arg Asp Val Ser                 725   #               730   #               735 Lys Phe His Lys Asn Met Ile Lys Ile Tyr Ly #s Thr Arg Leu Ser Glu             740       #           745       #           750 Met Leu Ser Glu Gly Arg Met Asn Ser Asn Gl #n Val Cys Ile Asp Ile         755           #       760           #       765 Leu Arg Ser Leu Glu Thr Asp Leu Arg Ser Gl #u Phe Asp Ser Arg Ser     770               #   775               #   780 Ser Pro Leu Glu Leu Phe Met Leu Ser Arg Me #t His His Leu Asn Tyr 785                 7 #90                 7 #95                 8 #00 Lys Ser Ala Asp Asn Pro Asn Met Tyr Leu Va #l Thr Glu Tyr Asn Lys                 805   #               810   #               815 Asn Asn Pro Glu Thr Ile Glu Leu Gly Glu Ar #g Tyr Tyr Phe Ala Tyr             820       #           825       #           830 Ile Cys Pro Ala Asn Val Pro Trp Thr Lys Ly #s Leu Val Asn Ile Lys         835           #       840           #       845 Thr Tyr Glu Thr Ile Ile Asp Arg Ser Phe Ly #s Leu Gly Ser Asp Gln     850               #   855               #   860 Arg Ile Phe Tyr Glu Val Tyr Phe Lys Arg Le #u Thr Ser Glu Ile Val 865                 8 #70                 8 #75                 8 #80 Asn Leu Leu Asp Asn Lys Val Leu Cys Ile Se #r                 885   #               890 <210> SEQ ID NO 5 <211> LENGTH: 874 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Fowlpox virus <400> SEQUENCE: 5 Glu Lys Gln Tyr Leu Gln Glu Tyr Leu Asp Il #e Thr Trp Phe Tyr Leu  1               5   #                10   #                15 Leu Asn Asn Ile Thr Pro Asp Gly Cys Tyr Ly #s Ile Asp Ile Glu His             20       #            25       #            30 Leu Thr Pro Ile Lys Lys Asp Cys Tyr His Cy #s Asp Asp Val Ser Lys         35           #        40           #        45 Val Phe Ile Gln Glu Ile Pro Ile Phe Glu Va 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#r Gln Leu Ile Leu Gln         675           #       680           #       685 Ser Lys Lys Lys Tyr Thr Thr Ile Lys Tyr Le #u Ala Asn Tyr Lys Pro     690               #   695               #   700 Gly Asp Lys Pro Ile Arg Val Asn Lys Gly Th #r Ser Glu Thr Arg Arg 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Asp Val Ala Leu Phe His Lys His Met Ile Gl #n Arg Tyr Lys Asp Met                 725   #               730   #               735 Leu Met Lys Leu Leu Met Gln Ser Lys Gly Gl #n Gln Glu Ile Thr Arg             740       #           745       #           750 Leu Ile Leu Gln Ser Leu Glu Thr Asp Met Il #e Ser Glu Phe Thr His         755           #       760           #       765 Asn Arg Glu Phe Glu Lys Tyr Leu Leu Ser Ar #g Lys His His Asn Asn     770               #   775               #   780 Tyr Lys Ser Ala Thr His Ser Asn Phe Glu Le #u Val Lys Arg Tyr Asn 785                 7 #90                 7 #95                 8 #00 Leu Glu Asn Thr Glu Lys Ile Glu Ile Gly Gl #u Arg Tyr Tyr Tyr Ile                 805   #               810   #               815 Tyr Ile Cys Asp Ile Ser Leu Pro Trp Gln Ly #s Lys Leu Cys Asn Ile             820       #           825       #           830 Leu Ser Tyr Glu Val Ile Ala Asp Ser Lys Ph #e Tyr Leu Pro Lys Asp         835           #       840           #       845 Lys Arg Ile Phe Tyr Glu Ile Tyr Phe Lys Ar #g Ile Ala Ser Glu Val     850               #   855               #   860 Val Asn Leu Leu Thr Asp Lys Thr Gln Cys 865                 8 #70 <210> SEQ ID NO 6 <211> LENGTH: 738 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Bos taurus (Bovine) <400> SEQUENCE: 6 Pro Ser Phe Ala Pro Tyr Glu Ala Asn Val As #p Phe Glu Ile Arg Phe  1               5   #                10   #                15 Met Val Asp Thr Asp Ile Val Gly Cys Asn Tr #p Leu Glu Leu Pro Ala             20       #            25       #            30 Gly Lys Tyr Ile Leu Arg Pro Glu Gly Lys Al #a Thr Leu Cys Gln Leu         35           #        40           #        45 Glu Ala Asp Val Leu Trp Ser Asp Val Ile Se #r His Pro Pro Glu Gly     50               #    55               #    60 Glu Trp Gln Arg Ile Ala Pro Leu Arg Val Le #u Ser Phe Asp Ile Glu 65                   #70                   #75                   #80 Cys Ala Gly Arg Lys Gly Ile Phe Pro Glu Pr #o Glu Arg Asp Pro Val                 85   #                90   #                95 Ile Gln Ile Cys Ser Leu Gly Leu Arg Trp Gl #y Glu Pro Glu Pro Phe             100       #           105       #           110 Leu Arg Leu Ala Leu Thr Leu Arg Pro Cys Al #a Pro Ile Leu Gly Ala         115           #       120           #       125 Lys Val Gln Ser Tyr Glu Arg Glu Glu Asp Le #u Leu Gln Ala Trp Ser     130               #   135               #   140 Thr Phe Ile Arg Ile Met Asp Pro Asp Val Il #e Thr Gly Tyr Asn Ile 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Gln Asn Phe Asp Leu Pro Tyr Leu Ile Ser Ar #g Ala Gln Thr Leu Lys                 165   #               170   #               175 Val Pro Gly Phe Pro Leu Leu Gly Arg Val Il #e Gly Leu Arg Ser Asn             180       #           185       #           190 Ile Arg Glu Ser Ser Phe Gln Ser Arg Gln Th #r Gly Arg Arg Asp Ser         195           #       200           #       205 Lys Val Val Ser Met Val Gly Arg Val Gln Me #t Asp Met Leu Gln Val     210               #   215               #   220 Leu Leu Arg Glu Tyr Lys Leu Arg Ser Tyr Th #r Leu Asn Ala Val Ser 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Phe His Phe Leu Gly Glu Gln Lys Glu Asp Va #l Gln His Ser Ile Ile                 245   #               250   #               255 Thr Asp Leu Gln Asn Gly Asn Asp Gln Thr Ar #g Arg Arg Leu Ala Val             260       #           265       #           270 Tyr Cys Leu Lys Asp Ala Phe Leu Pro Leu Ar #g Leu Leu Glu Arg Leu         275           #       280           #       285 Met Val Leu Val Asn Ala Met Glu Met Ala Ar #g Val Thr Gly Val Pro     290               #   295               #   300 Leu Gly Tyr Leu Leu Ser Arg Gly Gln Gln Va #l Lys Val Val Ser Gln 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Leu Leu Arg Gln Ala Met Arg Gln Gly Leu Le #u Met Pro Val Val Lys                 325   #               330   #               335 Thr Glu Gly Gly Glu Asp Tyr Thr Gly Ala Th #r Val Ile Glu Pro Leu             340       #           345       #           350 Lys Gly Tyr Tyr Asp Val Pro Ile Ala Thr Le #u Asp Phe Ser Ser Leu         355           #       360           #       365 Tyr Pro Ser Ile Met Met Ala His Asn Leu Cy #s Tyr Thr Thr Leu Leu     370               #   375               #   380 Arg Pro Gly Ala Ala Gln Lys Leu Gly Leu Th #r Glu Asp Gln Phe Ile 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Lys Thr Pro Thr Gly Asp Glu Phe Val Lys Al #a Ser Val Arg Lys Gly                 405   #               410   #               415 Leu Leu Pro Gln Ile Leu Glu Asn Leu Leu Se #r Ala Arg Lys Arg Ala             420       #           425       #           430 Lys Ala Glu Leu Ala Lys Glu Thr Asp Pro Le #u Arg Arg Gln Val Leu         435           #       440           #       445 Asp Gly Arg Gln Leu Ala Leu Lys Val Ser Al #a Asn Ser Val Tyr Gly     450               #   455               #   460 Phe Thr Gly Ala Gln Val Gly Arg Leu Pro Cy #s Leu Glu Ile Ser Gln 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Ser Val Thr Gly Phe Gly Arg Gln Met Ile Gl #u Lys Thr Lys Gln Leu                 485   #               490   #               495 Val Glu Thr Lys Tyr Thr Val Glu Asn Gly Ty #r Ser Thr Ser Ala Lys             500       #           505       #           510 Val Val Tyr Gly Asp Thr Asp Ser Val Met Cy #s Arg Phe Gly Val Ser         515           #       520           #       525 Ser Val Ala Glu Ala Met Ala Leu Gly Arg Gl #u Ala Ala Asp Trp Val     530               #   535               #   540 Ser Gly His Phe Pro Ser Pro Ile Arg Leu Gl #u Phe Glu Lys Val Tyr 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Phe Pro Tyr Leu Leu Ile Ser Lys Lys Arg Ty #r Ala Gly Leu Leu Phe                 565   #               570   #               575 Ser Ser Arg Pro Asp Ala His Asp Arg Met As #p Cys Lys Gly Leu Glu             580       #           585       #           590 Ala Val Arg Arg Asp Asn Cys Pro Leu Val Al #a Asn Leu Val Thr Ala         595           #       600           #       605 Ser Leu Arg Arg Leu Leu Ile Asp Arg Asp Pr #o Ser Gly Ala Val Ala     610               #   615               #   620 His Ala Gln Asp Val Ile Ser Asp Leu Leu Cy #s Asn Arg Ile Asp Ile 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Ser Gln Leu Val Ile Thr Lys Glu Leu Thr Ar #g Ala Ala Ala Asp Tyr                 645   #               650   #               655 Ala Gly Lys Gln Ala His Val Glu Leu Ala Gl #u Arg Met Arg Lys Arg             660       #           665       #           670 Asp Pro Gly Ser Ala Pro Ser Leu Gly Asp Ar #g Val Pro Tyr Val Ile         675           #       680           #       685 Ile Ser Ala Ala Lys Gly Val Ala Ala Tyr Me #t Lys Ser Glu Asp Pro     690               #   695               #   700 Leu Phe Val Leu Glu His Ser Leu Pro Ile As #p Thr Gln Tyr Tyr Leu 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Glu Gln Gln Leu Ala Lys Pro Leu Leu Arg Il #e Phe Glu Pro Ile Leu                 725   #               730   #               735 Gly Glu <210> SEQ ID NO 7 <211> LENGTH: 738 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Homo sapiens <400> SEQUENCE: 7 Pro Ser Phe Ala Pro Tyr Glu Ala Asn Val As #p Phe Glu Ile Arg Phe  1               5   #                10   #                15 Met Val Asp Thr Asp Ile Val Gly Cys Asn Tr #p Leu Glu Leu Pro Ala             20       #            25       #            30 Gly Lys Tyr Ala Leu Arg Leu Lys Glu Lys Al #a Thr Gln Cys Gln Leu         35           #        40           #        45 Glu Ala Asp Val Leu Trp Ser Asp Val Val Se #r His Pro Pro Glu Gly     50               #    55               #    60 Pro Trp Gln Arg Ile Ala Pro Leu Arg Val Le #u Ser Phe Asp Ile Glu 65                   #70                   #75                   #80 Cys Ala Gly Arg Lys Gly Ile Phe Pro Glu Pr #o Glu Arg Asp Pro Val                 85   #                90   #                95 Ile Gln Ile Cys Ser Leu Gly Leu Arg Trp Gl #y Glu Pro Glu Pro Phe             100       #           105       #           110 Leu Arg Leu Ala Leu Thr Leu Arg Pro Cys Al #a Pro Ile Leu Gly Ala         115           #       120           #       125 Lys Val Gln Ser Tyr Glu Lys Glu Glu Asp Le #u Leu Gln Ala Trp Ser     130               #   135               #   140 Thr Phe Ile Arg Ile Met Asp Pro Asp Val Il #e Thr Gly Tyr Asn Ile 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Gln Asn Phe Asp Leu Pro Tyr Leu Ile Ser Ar #g Ala Gln Thr Leu Lys                 165   #               170   #               175 Val Gln Thr Phe Pro Phe Leu Gly Arg Val Al #a Gly Leu Cys Ser Asn             180       #           185       #           190 Ile Arg Asp Ser Ser Phe Gln Ser Lys Gln Th #r Gly Arg Arg Asp Thr         195           #       200           #       205 Lys Val Val Ser Met Val Gly Arg Val Gln Me #t Asp Met Leu Gln Val     210               #   215               #   220 Leu Leu Arg Glu Tyr Lys Leu Arg Ser His Th #r Leu Asn Ala Val Ser 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Phe His Phe Leu Gly Glu Gln Lys Glu Asp Va #l Gln His Ser Ile Ile                 245   #               250   #               255 Thr Asp Leu Gln Asn Gly Asn Asp Gln Thr Ar #g Arg Arg Leu Ala Val             260       #           265       #           270 Tyr Cys Leu Lys Asp Ala Tyr Leu Pro Leu Ar #g Leu Leu Glu Arg Leu         275           #       280           #       285 Met Val Leu Val Asn Ala Val Glu Met Ala Ar #g Val Thr Gly Val Pro     290               #   295               #   300 Leu Ser Tyr Leu Leu Ser Arg Gly Gln Gln Va #l Lys Val Val Ser Gln 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Leu Leu Arg Gln Ala Met His Glu Gly Leu Le #u Met Pro Val Val Lys                 325   #               330   #               335 Ser Glu Gly Gly Glu Asp Tyr Thr Gly Ala Th #r Val Ile Glu Pro Leu             340       #           345       #           350 Lys Gly Tyr Tyr Asp Val Pro Ile Ala Thr Le #u Asp Phe Ser Ser Leu         355           #       360           #       365 Tyr Pro Ser Ile Met Met Ala His Asn Leu Cy #s Tyr Thr Thr Leu Leu     370               #   375               #   380 Arg Pro Gly Thr Ala Gln Lys Leu Gly Leu Th #r Glu Asp Gln Phe Ile 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Arg Thr Pro Thr Gly Asp Glu Phe Val Lys Th #r Ser Val Arg Lys Gly                 405   #               410   #               415 Leu Leu Pro Gln Ile Leu Glu Asn Leu Leu Se #r Ala Arg Lys Arg Ala             420       #           425       #           430 Lys Ala Glu Leu Ala Lys Glu Thr Asp Pro Le #u Arg Arg Gln Val Leu         435           #       440           #       445 Asp Gly Arg Gln Leu Ala Leu Lys Val Ser Al #a Asn Ser Val Tyr Gly     450               #   455               #   460 Phe Thr Gly Ala Gln Val Gly Lys Leu Pro Cy #s Leu Glu Ile Ser Gln 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Ser Val Thr Gly Phe Gly Arg Gln Met Ile Gl #u Lys Thr Lys Gln Leu                 485   #               490   #               495 Val Glu Ser Lys Tyr Thr Val Glu Asn Gly Ty #r Ser Thr Ser Ala Lys             500       #           505       #           510 Val Val Tyr Gly Asp Thr Asp Ser Val Met Cy #s Arg Phe Gly Val Ser         515           #       520           #       525 Ser Val Ala Glu Ala Met Ala Leu Gly Arg Gl #u Ala Ala Asp Trp Val     530               #   535               #   540 Ser Gly His Phe Pro Ser Pro Ile Arg Leu Gl #u Phe Glu Lys Val Tyr 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Phe Pro Tyr Leu Leu Ile Ser Lys Lys Arg Ty #r Ala Gly Leu Leu Phe                 565   #               570   #               575 Ser Ser Arg Pro Asp Ala His Asp Arg Met As #p Cys Lys Gly Leu Glu             580       #           585       #           590 Ala Val Arg Arg Asp Asn Cys Pro Leu Val Al #a Asn Leu Val Thr Ala         595           #       600           #       605 Ser Leu Arg Arg Leu Leu Ile Asp Arg Asp Pr #o Glu Gly Ala Val Ala     610               #   615               #   620 His Ala Gln Asp Val Ile Ser Asp Leu Leu Cy #s Asn Arg Ile Asp Ile 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Ser Gln Leu Val Ile Thr Lys Glu Leu Thr Ar #g Ala Ala Ser Asp Tyr                 645   #               650   #               655 Ala Gly Lys Gln Ala His Val Glu Leu Ala Gl #u Arg Met Arg Lys Arg             660       #           665       #           670 Asp Pro Gly Ser Ala Pro Ser Leu Gly Asp Ar #g Val Pro Tyr Val Ile         675           #       680           #       685 Ile Ser Ala Ala Lys Gly Val Ala Ala Tyr Me #t Lys Ser Glu Asp Pro     690               #   695               #   700 Leu Phe Val Leu Glu His Ser Leu Pro Ile As #p Thr Gln Tyr Tyr Leu 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Glu Gln Gln Leu Ala Lys Pro Leu Leu Arg Il #e Phe Glu Pro Ile Leu                 725   #               730   #               735 Gly Glu <210> SEQ ID NO 8 <211> LENGTH: 734 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Candida  albicans (Yeast) <400> SEQUENCE: 8 Ile Asp Pro Cys Ile Thr Tyr Asp Asn Ile As #n Tyr Leu Leu Arg Leu  1               5   #                10   #                15 Met Ile Asp Cys Lys Ile Thr Gly Met Ser Tr #p Ile Thr Leu Pro Arg             20       #            25       #            30 Asp Lys Tyr Lys Ile Val Asn Asn Lys Ile Se #r Thr Cys Gln Ile Glu         35           #        40           #        45 Cys Ser Ile Asp Tyr Arg Asp Leu Ile Ser Hi #s Pro Pro Glu Gly Glu     50               #    55               #    60 Trp Leu Lys Met Ala Pro Leu Arg Ile Leu Se #r Phe Asp Ile Glu Cys 65                   #70                   #75                   #80 Ala Gly Arg Lys Gly Val Phe Pro Glu Ala Gl #u His Asp Pro Val Ile                 85   #                90   #                95 Gln Ile Ala Asn Val Val Gln Lys Ser Gly Gl #u Ser Lys Pro Phe Val             100       #           105       #           110 Arg Asn Val Phe Thr Val Asn Thr Cys Ser Se #r Ile Ile Gly Ser Gln         115           #       120           #       125 Ile Phe Glu His Gln Arg Glu Glu Asp Met Le #u Met His Trp Lys Glu     130               #   135               #   140 Phe Ile Thr Lys Val Asp Pro Asp Val Ile Il #e Gly Tyr Asn Thr Ala 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Asn Phe Asp Ile Pro Tyr Val Leu Asn Arg Al #a Lys Ala Leu Gly Leu                 165   #               170   #               175 Asn Asp Phe Pro Phe Phe Gly Arg Leu Lys Ar #g Val Lys Gln Glu Ile             180       #           185       #           190 Lys Asp Ala Val Phe Ser Ser Arg Ala Tyr Gl #y Thr Arg Glu Asn Lys         195           #       200           #       205 Val Val Asn Ile Asp Gly Arg Met Gln Leu As #p Leu Leu Gln Phe Ile     210               #   215               #   220 Gln Arg Glu Tyr Lys Leu Arg Ser Tyr Thr Le #u Asn Ser Val Ser Ala 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 His Phe Leu Gly Glu Gln Lys Glu Asp Val Gl #n His Ser Ile Ile Thr                 245   #               250   #               255 Asp Leu Gln Asn Gly Thr Lys Glu Thr Arg Ar #g Arg Leu Ala Val Tyr             260       #           265       #           270 Cys Leu Lys Asp Ala Phe Leu Pro Leu Arg Le #u Leu Asp Lys Leu Met         275           #       280           #       285 Cys Leu Val Asn Tyr Thr Glu Met Ala Arg Va #l Thr Gly Val Pro Phe     290               #   295               #   300 Ser Tyr Leu Leu Ser Arg Gly Gln Gln Ile Ly #s Val Ile Ser Gln Leu 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Phe Arg Lys Cys Leu Gln Glu Asp Ile Val Il #e Pro Asn Leu Lys Ser                 325   #               330   #               335 Glu Gly Ser Asn Glu Glu Tyr Glu Gly Ala Th #r Val Ile Glu Pro Glu             340       #           345       #           350 Arg Gly Tyr Tyr Asp Val Pro Ile Ala Thr Le #u Asp Phe Ser Ser Leu         355           #       360           #       365 Tyr Pro Ser Ile Met Met Ala His Asn Leu Cy #s Tyr Thr Thr Leu Leu     370               #   375               #   380 Asn Lys Asn Ser Ile Lys Ala Phe Gly Leu Th #r Glu Asp Asp Tyr Thr 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Lys Thr Pro Asn Gly Asp Tyr Phe Val His Se #r Asn Leu Arg Lys Gly                 405   #               410   #               415 Ile Leu Pro Thr Ile Leu Asp Glu Leu Leu Th #r Ala Arg Lys Lys Ala             420       #           425       #           430 Lys Ala Asp Leu Lys Lys Glu Thr Asp Pro Ph #e Lys Lys Asp Val Leu         435           #       440           #       445 Asn Gly Arg Gln Leu Ala Leu Lys Ile Ser Al #a Asn Ser Val Tyr Gly     450               #   455               #   460 Phe Thr Gly Ala Thr Val Gly Lys Leu Pro Cy #s Leu Ala Ile Ser Ser 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Ser Val Thr Ala Phe Gly Arg Glu Met Ile Gl #u Lys Thr Lys Asn Glu                 485   #               490   #               495 Val Gln Glu Tyr Tyr Ser Lys Lys Asn Gly Hi #s Pro Tyr Asp Ala Lys             500       #           505       #           510 Val Ile Tyr Gly Asp Thr Asp Ser Val Met Va #l Lys Phe Gly Tyr Gln         515           #       520           #       525 Asp Leu Glu Thr Cys Met Lys Leu Gly Glu Gl #u Ala Ala Asn Tyr Val     530               #   535               #   540 Ser Thr Lys Phe Lys Asn Pro Ile Lys Leu Gl #u Phe Glu Lys Val Tyr 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Phe Pro Tyr Leu Leu Ile Asn Lys Lys Arg Ty #r Ala Gly Leu Tyr Trp                 565   #               570   #               575 Thr Arg Pro Glu Lys Phe Asp Lys Met Asp Th #r Lys Gly Ile Glu Thr             580       #           585       #           590 Val Arg Arg Asp Asn Cys Gln Leu Val Gln As #n Val Ile Thr Lys Val         595           #       600           #       605 Leu Glu Phe Ile Leu Glu Glu Arg Asp Val Pr #o Lys Ala Gln Arg Phe     610               #   615               #   620 Val Lys Gln Thr Ile Ala Asp Leu Leu Gln As #n Arg Ile Asp Leu Ser 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Gln Leu Val Ile Thr Lys Ala Tyr Ser Lys Hi #s Asp Tyr Ser Ala Lys                 645   #               650   #               655 Gln Ala His Val Glu Leu Ala Glu Arg Met Ar #g Lys Arg Asp Pro Gly             660       #           665       #           670 Ser Ala Pro Thr Leu Gly Asp Arg Val Ala Ty #r Val Ile Ile Lys Thr         675           #       680           #       685 Gly Gly Asp Lys Asn Tyr Glu Lys Ser Glu As #p Pro Leu Tyr Val Leu     690               #   695               #   700 Glu Asn Ser Leu Pro Ile Asp Val Lys Tyr Ty #r Leu Asp Gln Gln Leu 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Thr Lys Pro Leu Glu Arg Ile Phe Ile Pro Il #e Leu Gly Glu                 725   #               730 <210> SEQ ID NO 9 <211> LENGTH: 734 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Saccharomyces cerevisiae <400> SEQUENCE: 9 Ser Asn Gly Thr Thr Thr Tyr Asp Asn Ile Al #a Tyr Thr Leu Arg Leu  1               5   #                10   #                15 Met Val Asp Cys Gly Ile Val Gly Met Ser Tr #p Ile Thr Leu Pro Lys             20       #            25       #            30 Gly Lys Tyr Ser Met Ile Glu Pro Asn Asn Ar #g Val Ser Ser Cys Gln         35           #        40           #        45 Leu Glu Val Ser Ile Asn Tyr Arg Asn Leu Il #e Ala His Pro Ala Glu     50               #    55               #    60 Gly Asp Trp Ser His Thr Ala Pro Leu Arg Il #e Met Ser Phe Asp Ile 65                   #70                   #75                   #80 Glu Cys Ala Gly Arg Ile Gly Val Phe Pro Gl #u Pro Glu Tyr Asp Pro                 85   #                90   #                95 Val Ile Gln Ile Ala Asn Val Val Ser Ile Al #a Gly Ala Lys Lys Pro             100       #           105       #           110 Phe Ile Arg Asn Val Phe Thr Leu Asn Thr Cy #s Ser Pro Ile Thr Gly         115           #       120           #       125 Ser Met Ile Phe Ser His Ala Thr Glu Glu Gl #u Met Leu Ser Asn Trp     130               #   135               #   140 Arg Asn Phe Ile Ile Lys Val Asp Pro Asp Va #l Ile Ile Gly Tyr Asn 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Thr Thr Asn Phe Asp Ile Pro Tyr Leu Leu As #n Arg Ala Lys Ala Leu                 165   #               170   #               175 Lys Val Asn Asp Phe Pro Tyr Phe Gly Arg Le #u Lys Thr Val Lys Gln             180       #           185       #           190 Glu Ile Lys Glu Ser Val Phe Ser Ser Lys Al #a Tyr Gly Thr Arg Glu         195           #       200           #       205 Thr Lys Asn Val Asn Ile Asp Gly Arg Leu Gl #n Leu Asp Leu Leu Gln     210               #   215               #   220 Phe Ile Gln Arg Glu Tyr Lys Leu Arg Ser Ty #r Thr Leu Asn Ala Val 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Ser Ala His Phe Leu Gly Glu Gln Lys Glu As #p Val His Tyr Ser Ile                 245   #               250   #               255 Ile Ser Asp Leu Gln Asn Gly Asp Ser Glu Th #r Arg Arg Arg Leu Ala             260       #           265       #           270 Val Tyr Cys Leu Lys Asp Ala Tyr Leu Pro Le #u Arg Leu Met Glu Lys         275           #       280           #       285 Leu Met Ala Leu Val Asn Tyr Thr Glu Met Al #a Arg Val Thr Gly Val     290               #   295               #   300 Pro Phe Ser Tyr Leu Leu Ala Arg Gly Gln Gl #n Ile Lys Val Val Ser 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Gln Leu Phe Arg Lys Cys Leu Glu Ile Asp Th #r Val Ile Pro Asn Met                 325   #               330   #               335 Gln Ser Gln Ala Ser Asp Asp Gln Tyr Glu Gl #y Ala Thr Val Ile Glu             340       #           345       #           350 Pro Ile Arg Gly Tyr Tyr Asp Val Pro Ile Al #a Thr Leu Asp Phe Asn         355           #       360           #       365 Ser Leu Tyr Pro Ser Ile Met Met Ala His As #n Leu Cys Tyr Thr Thr     370               #   375               #   380 Leu Cys Asn Lys Ala Thr Val Glu Arg Leu As #n Leu Lys Ile Asp Glu 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Asp Tyr Val Ile Thr Pro Asn Gly Asp Tyr Ph #e Val Thr Thr Lys Arg                 405   #               410   #               415 Arg Arg Gly Ile Leu Pro Ile Ile Leu Asp Gl #u Leu Ile Ser Ala Arg             420       #           425       #           430 Lys Arg Ala Lys Lys Asp Leu Arg Asp Glu Ly #s Asp Pro Phe Lys Arg         435           #       440           #       445 Asp Val Leu Asn Gly Arg Gln Leu Ala Leu Ly #s Ile Ser Ala Asn Ser     450               #   455               #   460 Val Tyr Gly Phe Thr Gly Ala Thr Val Gly Ly #s Leu Pro Cys Leu Ala 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Ile Ser Ser Ser Val Thr Ala Tyr Gly Arg Th #r Met Ile Leu Lys Thr                 485   #               490   #               495 Lys Thr Ala Val Gln Glu Lys Tyr Cys Ile Ly #s Asn Gly Tyr Lys His             500       #           505       #           510 Asp Ala Val Val Val Tyr Gly Asp Thr Asp Se #r Val Met Val Lys Phe         515           #       520           #       525 Gly Thr Thr Asp Leu Lys Glu Ala Met Asp Le #u Gly Thr Glu Ala Ala     530               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                165   #               170   #               175 Ala Leu Asn Leu Lys Lys Leu Lys Phe Leu Gl #y Arg Ile Lys Asn Val             180       #           185       #           190 Ala Ser Thr Val Lys Asp Ser Ser Phe Ser Se #r Lys Gln Phe Gly Thr         195           #       200           #       205 His Glu Thr Lys Glu Ile Asn Ile Phe Gly Ar #g Ile Gln Phe Asp Val     210               #   215               #   220 Tyr Asp Leu Ile Lys Arg Asp Tyr Lys Leu Ly #s Ser Tyr Thr Leu Asn 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Tyr Val Ser Phe Glu Phe Leu Lys Glu Gln Ly #s Glu Asp Val His Tyr                 245   #               250   #               255 Ser Ile Met Asn Asp Leu Gln Asn Glu Ser Pr #o Glu Ser Arg Lys Arg             260       #           265       #           270 Ile Ala Thr Tyr Cys Ile Lys Asp Gly Val Le #u Pro Leu Arg Leu Ile         275           #       280           #       285 Asp Lys Leu Leu Phe Ile Tyr Asn Tyr Val Gl 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Asp Leu Ser Val Glu Ile Val Thr Gly Tyr As #n Val Ala Asn Phe Asp 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Trp Pro Tyr Ile Leu Asp Arg Ala Arg His Il #e Tyr Ser Ile Asn Pro                 165   #               170   #               175 Ala Ser Leu Gly Lys Ile Arg Ala Gly Gly Va #l Cys Glu Val Arg Arg             180       #           185       #           190 Pro His Asp Ala Gly Lys Gly Phe Leu Arg Al #a Asn Thr Lys Val Arg         195           #       200           #       205 Ile Thr Gly Leu Ile Pro Ile Asp Met Tyr Al #a Val Cys Arg Asp Lys     210               #   215               #   220 Leu Ser Leu Ser Asp Tyr Lys Leu Asp Thr Va #l Ala Arg His Leu Leu 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Gly Ala Lys Lys Glu Asp Val His Tyr Lys Gl #u Ile Pro Arg Leu Phe                 245   #               250   #               255 Ala Ala Gly Pro Glu Gly Arg Arg Arg Leu Gl #y Met Tyr Cys Val Gln             260       #           265       #           270 Asp Ser Ala Leu Val Met Asp Leu Leu Asn Hi #s Phe Val Ile His Val         275           #       280           #       285 Glu Val Ala Glu Ile Ala Lys Ile Ala His Il #e Pro Cys Arg Arg Val     290               #   295               #   300 Leu Asp Asp Gly Gln Gln Ile Arg Val Phe Se #r Cys Leu Leu Ala Ala 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Ala Gln Lys Glu Asn Phe Ile Leu Pro Met Pr #o Ser Ala Ser Asp Arg                 325   #               330   #               335 Asp Gly Tyr Gln Gly Ala Thr Val Ile Gln Pr #o Leu Ser Gly Phe Tyr             340       #           345       #           350 Asn Ser Pro Val Leu Val Val Asp Phe Ala Se #r Leu Tyr Pro Ser Ile         355           #       360           #       365 Ile Gln Ala His Asn Leu Cys Tyr Ser Thr Me #t Ile Thr Pro Gly Glu     370               #   375               #   380 Glu His Arg Leu Ala Gly Leu Arg Pro Gly Gl #u Asp Tyr Glu Ser Phe 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Arg Leu Thr Gly Gly Val Tyr His Phe Val Ly #s Lys His Val His Glu                 405   #               410   #               415 Ser Phe Leu Ala Ser Leu Leu Thr Ser Trp Le #u Ala Lys Arg Lys Ala             420       #           425       #           430 Ile Lys Lys Leu Leu Ala Ala Cys Glu Asp Pr #o Arg Gln Arg Thr Ile         435           #       440           #       445 Leu Asp Lys Gln Gln Leu Ala Ile Lys Cys Th #r Cys Asn Ala Val Tyr     450               #   455               #   460 Gly Phe Thr Gly Val Ala Asn Gly Leu Phe Pr #o Cys Leu Ser Ile Ala 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Glu Thr Val Thr Leu Gln Gly Arg Thr Met Le #u Glu Arg Ala Lys Ala                 485   #               490   #               495 Phe Val Glu Ala Leu Ser Pro Ala Asn Leu Gl #n Ala Leu Ala Pro Ser             500       #           505       #           510 Pro Asp Ala Trp Ala Pro Leu Asn Pro Glu Gl #y Gln Leu Arg Val Ile         515           #       520           #       525 Tyr Gly Asp Thr Asp Ser Leu Phe Ile Glu Cy #s Arg Gly Phe Ser Glu     530               #   535               #   540 Ser Glu Thr Leu Arg Phe Ala Asp Ala Leu Al #a Ala His Thr Thr Arg 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Ser Leu Phe Val Ala Pro Ile Ser Leu Glu Al #a Glu Lys Thr Phe Ser                 565   #               570   #               575 Cys Leu Met Leu Ile Thr Lys Lys Arg Tyr Va #l Gly Val Leu Thr Asp             580       #           585       #           590 Gly Lys Thr Leu Met Lys Gly Val Glu Leu Va #l Arg Lys Thr Ala Cys         595           #       600           #       605 Lys Phe Val Gln Thr Arg Cys Arg Arg Val Le #u Asp Leu Val Leu Ala     610               #   615               #   620 Asp Ala Arg Val Lys Glu Ala Ala Ser Leu Le #u Ser His Arg Pro Phe 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Gln Glu Ser Phe Thr Gln Gly Leu Pro Val Gl #y Phe Leu Pro Val Ile                 645   #               650   #               655 Asp Ile Leu Asn Gln Ala Tyr Thr Asp Leu Ar #g Glu Gly Arg Val Pro             660       #           665       #           670 Met Gly Glu Leu Cys Phe Ser Thr Glu Leu Se #r Arg Lys Leu Ser Ala         675           #       680           #       685 Tyr Lys Ser Thr Gln Met Pro His Leu Ala Va #l Tyr Gln Lys Phe Val     690               #   695               #   700 Glu Arg Asn Glu Glu Leu Pro Gln Ile His As #p Arg Ile Gln Tyr Val 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Phe Val Glu Pro Lys Gly Gly Val Lys Gly Al #a Arg Lys Thr Glu Met                 725   #               730   #               735 Ala Glu Asp Pro Ala Tyr Ala Glu Arg His Gl #y Val Pro Val Ala Val             740       #           745       #           750 Asp His Tyr Phe Asp Lys Leu Leu Gln Gly Al #a Ala Asn Ile Leu Gln         755           #       760           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225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Ala Lys Lys Glu Asp Val Ser Tyr Lys Asp Il #e Met Pro Leu Phe Met                 245   #               250   #               255 Ser Gly Pro Glu Gly Arg Ala Lys Ile Gly Le #u Tyr Cys Val Ile Asp             260       #           265       #           270 Ser Val Leu Val Met Lys Leu Leu Lys Phe Ph #e Met Ile His Val Glu         275           #       280           #       285 Ile Ser Glu Ile Ala Lys Leu Ala Lys Ile Pr #o Thr Arg Arg Val Leu     290               #   295               #   300 Thr Asp Gly Gln Gln Ile Arg Val Phe Ser Cy #s Leu Leu Ala Ala Ala 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Arg Ala Glu Asn Tyr Ile Leu Pro Val Ser As #n Asp Val Asn Ala Asp                 325   #               330   #               335 Gly Phe Gln Gly Ala Thr Val Ile Asn Pro Il #e Pro Gly Phe Tyr Asn             340       #           345       #           350 Asn Ala Val Leu Val Val Asp Phe Ala Ser Le 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Val Thr Leu Gln Gly Arg Thr Met Leu Glu Ly #s Ser Lys Ile Phe Ile                 485   #               490   #               495 Glu Ala Met Thr Pro Asp Thr Leu Gln Glu Il #e Val Pro His Ile Val             500       #           505       #           510 Lys His Glu Pro Asp Ala Lys Phe Arg Val Il #e Tyr Gly Asp Thr Asp         515           #       520           #       525 Ser Leu Phe Val Glu Cys Val Gly Tyr Ser Va #l Asp Thr Val Val Lys     530               #   535               #   540 Phe Gly Asp Phe Leu Ala Ala Phe Thr Ser Gl #u Lys Leu Phe Asn Ala 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Pro Ile Lys Leu Glu Ser Glu Lys Thr Phe Gl #n Cys Leu Leu Leu Leu                 565   #               570   #               575 Ala Lys Lys Arg Tyr Ile Gly Ile Leu Ser As #n Asp Lys Leu Leu Met             580       #           585       #           590 Lys Gly Val Asp Leu Val Arg Lys Thr Ala Cy #s Lys Phe Val Gln Asn         595           #       600           #       605 Thr Ser Ser Lys Ile Leu Asn Leu Ile Leu Ly #s Asp Pro Glu Val Lys     610               #   615               #   620 Ala Ala Ala Gln Leu Leu Ser Thr Lys Asp Pr #o Asp Tyr Ala Phe Arg 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Glu Gly Leu Pro Asp Gly Phe Leu Lys Val Il #e Asp Ile Leu Asn Glu                 645   #               650   #               655 Ser His Lys Asn Leu Arg Thr Gly Gln Val Pr #o Val Glu Glu Leu Thr             660       #           665       #           670 Phe Ser Thr Glu Leu Ser Arg Pro Ile Ser Se #r Tyr Lys Thr Glu Asn         675           #       680           #       685 Leu Pro His Leu Thr Val Tyr Lys Lys Ile Il #e Thr Arg His Glu Glu     690               #   695               #   700 Pro Pro Gln Val His Asp Arg Ile Pro Tyr Va #l Phe Val Gly Lys Thr 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Thr Ser Cys Ile Ser Asn Met Ala Glu Asp Pr #o Thr Tyr Thr Val Gln                 725   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#75                   #80 Asp Ile Glu Cys Lys Ala Gly Gly Glu Asp Gl #u Leu Ala Phe Pro Val                 85   #                90   #                95 Ala Gly His Pro Glu Asp Leu Val Ile Gln Il #e Ser Cys Leu Leu Tyr             100       #           105       #           110 Asp Leu Ser Thr Thr Ala Leu Glu His Val Le #u Leu Phe Ser Leu Gly         115           #       120           #       125 Ser Cys Asp Leu Pro Glu Ser His Leu Asn Gl #u Leu Ala Ala Arg Gly     130               #   135               #   140 Leu Pro Thr Pro Val Val Leu Glu Phe Asp Se #r Glu Phe Glu Met Leu 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Leu Ala Phe Met Thr Leu Val Lys Gln Tyr Gl #y Pro Glu Phe Val Thr                 165   #               170   #               175 Gly Tyr Asn Ile Ile Asn Phe Asp Trp Pro Ph #e Leu Leu Ala Lys Leu             180       #           185       #           190 Thr Asp Ile Tyr Lys Val Pro Leu Asp Gly Ty #r Gly Arg Met Asn Gly         195           #       200           #       205 Arg Gly Val Phe Arg Val Trp Asp Ile Gly Gl #n Ser His Phe Gln Lys     210               #   215               #   220 Arg Ser Lys Ile Lys Val Asn Gly Met Val As #n Ile Asp Met Tyr Gly 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Ile Ile Thr Asp Lys Ile Lys Leu Ser Ser Ty #r Lys Leu Asn Ala Val                 245   #               250   #               255 Ala Glu Ala Val Leu Lys Asp Lys Lys Lys As #p Leu Ser Tyr Arg Asp             260       #           265       #           270 Ile Pro Ala Tyr Tyr Ala Ala Gly Pro Ala Gl #n Arg Gly Val Ile Gly         275           #       280           #       285 Glu Tyr Cys Ile Gln Asp Ser Leu Leu Val Gl #y Gln Leu Phe Phe Lys     290               #   295               #   300 Phe Leu Pro His Leu Glu Leu Ser Ala Val Al #a Arg Leu Ala Gly Ile 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Asn Ile Thr Arg Thr Ile Tyr Asp Gly Gln Gl #n Ile Arg Val Phe Thr                 325   #               330   #               335 Cys Leu Leu Arg Leu Ala Asp Gln Lys Gly Ph #e Ile Leu Pro Asp Thr             340       #           345       #           350 Gln Gly Arg Phe Arg Gly Ala Gly Gly Glu Al #a Pro Lys Arg Pro Ala         355           #       360           #       365 Ala Ala Arg Glu Asp Glu Glu Arg Pro Glu Gl #u Glu Gly Glu Asp Glu     370               #   375               #   380 Asp Glu Arg Glu Glu Gly Gly Gly Glu Arg Gl #u Pro Glu Gly Ala Arg 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Glu Thr Ala Gly Arg His Val Gly Tyr Gln Gl #y Ala Arg Val Leu Asp                 405   #               410   #               415 Pro Thr Ser Gly Phe His Val Asn Pro Val Va #l Val Phe Asp Phe Ala             420       #           425       #           430 Ser Leu Tyr Pro Ser Ile Ile Gln Ala His As #n Leu Cys Phe Ser Thr         435           #       440           #       445 Leu Ser Leu Arg Ala Asp Ala Val Ala His Le #u Glu Ala Gly Lys Asp     450               #   455               #   460 Tyr Leu Glu Ile Glu Val Gly Gly Arg Arg Le #u Phe Phe Val Lys Ala 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 His Val Arg Glu Ser Leu Leu Ser Ile Leu Le #u Arg Asp Trp Leu Ala                 485   #               490   #               495 Met Arg Lys Gln Ile Arg Ser Arg Ile Pro Gl #n Ser Ser Pro Glu Glu             500       #           505       #           510 Ala Val Leu Leu Asp Lys Gln Gln Ala Ala Il #e Lys Val Val Cys Asn         515           #       520           #       525 Ser Val Tyr Gly Phe Thr Gly Val Gln His Gl #y Leu Leu Pro Cys Leu     530               #   535               #   540 His Val Ala Ala Thr Val Thr Thr Ile Gly Ar #g Glu Met Leu Leu Ala 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Thr Arg Glu Tyr Val His Ala Arg Trp Ala Al #a Phe Glu Gln Leu Leu                 565   #               570   #               575 Ala Asp Phe Pro Glu Ala Ala Asp Met Arg Al #a Pro Gly Pro Tyr Ser             580       #           585       #           590 Met Arg Ile Ile Tyr Gly Asp Thr Asp Ser Il #e Phe Val Leu Cys Arg         595           #       600           #       605 Gly Leu Thr Ala Ala Gly Leu Thr Ala Val Gl #y Asp Lys Met Ala Ser     610               #   615               #   620 His Ile Ser Arg Ala Leu Phe Leu Pro Pro Il #e Lys Leu Glu Cys Glu 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Lys Thr Phe Thr Lys Leu Leu Leu Ile Ala Ly #s Lys Lys Tyr Ile Gly                 645   #               650   #               655 Val Ile Tyr Gly Gly Lys Met Leu Ile Lys Gl #y Val Asp Leu Val Arg             660       #           665       #           670 Lys Asn Asn Cys Ala Phe Ile Asn Arg Thr Se #r Arg Ala Leu Val Asp         675           #       680           #       685 Leu Leu Phe Tyr Asp Asp Thr Val Ser Gly Al #a Ala Ala Ala Leu Ala     690               #   695               #   700 Glu Arg Pro Ala Glu Glu Trp Leu Ala Arg Pr #o Leu Pro Glu Gly Leu 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Gln Ala Phe Gly Ala Val Leu Val Asp Ala Hi #s Arg Arg Ile Thr Asp                 725   #               730   #               735 Pro Glu Arg Asp Ile Gln Asp Phe Val Leu Th #r Ala Glu Leu Ser Arg             740       #           745       #           750 His Pro Arg Ala Tyr Thr Asn Lys Arg Leu Al #a His Leu Thr Val Tyr         755           #       760           #       765 Tyr Lys Leu Met Ala Arg Arg Ala Gln Val Pr #o Ser Ile Lys Asp Arg     770               #   775               #   780 Ile Pro Tyr Val Ile Val Ala Gln Thr Arg Gl #u Val Glu Glu Thr Val 785                 7 #90                 7 #95                 8 #00 Ala Arg Leu Ala Ala Leu Arg Glu Leu Asp Al #a Ala Ala Pro Gly Asp                 805   #               810   #               815 Glu Pro Ala Pro Pro Ala Ala Leu Pro Ser Pr #o Ala Lys Arg Pro Arg             820       #           825       #           830 Glu Thr Pro Ser Pro Ala Asp Pro Pro Gly Gl #y Ala Ser Lys Pro Arg         835           #       840           #       845 Lys Leu Leu Val Ser Glu Leu Ala Glu Asp Pr #o Ala Tyr Ala Ile Ala     850               #   855               #   860 His Gly Val Ala Leu Asn Thr Asp Tyr Tyr Ph #e Ser His Leu Leu Gly 865                 8 #70                 8 #75                 8 #80 Ala Ala Cys Val Thr Phe Lys Ala Leu Phe Gl #y Asn                 885   #               890 <210> SEQ ID NO 17 <211> LENGTH: 896 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Herpes simplex virus (type 2/strai #n 186) <400> SEQUENCE: 17 Pro Ala Ile Arg Lys Tyr Glu Gly Gly Val As #p Ala Thr Thr Arg Phe  1               5   #                10   #                15 Ile Leu Asp Asn Pro Gly Phe Val Thr Phe Gl #y Trp Tyr Arg Leu Lys             20       #            25       #            30 Pro Gly Arg Gly Asn Ala Pro Ala Gln Pro Ar #g Pro Pro Thr Ala Phe         35           #        40           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Asp Leu Val Arg Lys Asn Asn Cys Ala Phe Il #e Asn Arg Thr Ser Arg         675           #       680           #       685 Ala Leu Val Asp Leu Leu Phe Tyr Asp Asp Th #r Val Ser Gly Ala Ala     690               #   695               #   700 Ala Ala Leu Ala Glu Arg Pro Ala Glu Glu Tr #p Leu Ala Arg Pro Leu 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Pro Glu Gly Leu Gln Ala Phe Gly Ala Val Le #u Val Asp Ala His Arg                 725   #               730   #               735 Arg Ile Thr Asp Pro Glu Arg Asp Ile Gln As #p Phe Val Leu Thr Ala             740       #           745       #           750 Glu Leu Ser Arg His Pro Arg Ala Tyr Thr As #n Lys Arg Leu Ala His         755           #       760           #       765 Leu Thr Val Tyr Tyr Lys Leu Met Ala Arg Ar #g Ala Gln Val Pro Ser     770               #   775               #   780 Ile Lys Asp Arg Ile Pro Tyr Val Ile Val Al #a Gln Thr Arg Glu Val 785                 7 #90                 7 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    130               #   135               #   140 Glu Pro Arg Pro Thr Val Leu Glu Phe Asp Se #r Glu Tyr Glu Leu Leu 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Val Ala Phe Leu Thr Phe Leu Lys Gln Tyr Se #r Pro Glu Phe Ala Thr                 165   #               170   #               175 Gly Tyr Asn Ile Val Asn Phe Asp Trp Ala Ty #r Ile Val Asn Lys Val             180       #           185       #           190 Thr Ser Val Tyr Asn Ile Lys Leu Asp Gly Ty #r Gly Lys Phe Asn Lys         195           #       200           #       205 Gly Gly Leu Phe Lys Val Trp Asp Ile Ala Th #r Asn His Phe Gln Lys     210               #   215               #   220 Lys Ser Lys Val Lys Ile Asn Gly Leu Ile Se #r Leu Asp Met Tyr Ser 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Val Ala Thr Glu Lys Leu Lys Leu Pro Ser Ty #r Lys Leu Asp Ala Val                 245   #               250   #               255 Val Gly Asp Val Leu Gly Glu His Lys Ile As #p Leu Pro Tyr Lys Glu             260       #           265       #           270 Ile Pro Ser Tyr Tyr Ala Gly Gly Pro Asp Ar #g Arg Gly Val Ile Gly         275           #       280           #       285 Glu Tyr Cys Ile Gln Asp Ser Arg Leu Val Gl #y Lys Leu Phe Phe Lys     290               #   295               #   300 Tyr Leu Pro His Leu Glu Leu Ser Ala Val Al #a Lys Leu Ala Arg Ile 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Thr Leu Thr Arg Val Ile Phe Asp Gly Gln Gl #n Ile Arg Val Tyr Thr                 325   #               330   #               335 Cys Leu Leu Lys Leu Ala Arg Glu Arg Asn Ph #e Ile Leu Pro Asp Asn             340       #           345       #           350 Arg Arg Arg Phe Asp Ser Gln Ala Asp Ala Al #a Ser Glu Thr Ser Glu         355           #       360           #       365 Leu Ala Met Asp Ser Gln Ser His Ala Phe As #p Ser Thr Asp Glu Pro     370               #   375               #   380 Asp Gly Val Asp Gly Thr Pro Asp Ala Ala Gl #y Ser Gly Ala Thr Ser 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Glu Asn Gly Gly Gly Lys Pro Gly Val Gly Ar #g Ala Val Gly Tyr Gln                 405   #               410   #               415 Gly Ala Lys Val Leu Asp Pro Val Ser Gly Ph #e His Val Asp Pro Val             420       #           425       #           430 Val Val Phe Asp Phe Ala Ser Leu Tyr Pro Se #r Ile Ile Gln Ala His         435           #       440           #       445 Asn Leu Cys Phe Thr Thr Leu Ala Leu Asp Gl #u Val Asp Leu Ala Gly     450               #   455               #   460 Leu Gln Pro Ser Val Asp Tyr Ser Thr Phe Gl #u Val Gly Asp Gln Lys 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Leu Phe Phe Val His Ala His Ile Arg Glu Se #r Leu Leu Gly Ile Leu                 485   #               490   #               495 Leu Arg Asp Trp Leu Ala Met Arg Lys Ala Va #l Arg Ala Arg Ile Pro             500       #           505       #           510 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#35                 6 #40 Ile Lys Leu Glu Cys Glu Lys Thr Phe Gln Ar #g Leu Leu Leu Ile Thr                 645   #               650   #               655 Lys Lys Lys Tyr Ile Gly Val Ile Asn Gly Gl #y Lys Met Leu Met Lys             660       #           665       #           670 Gly Val Asp Leu Val Arg Lys Asn Asn Cys Se #r Phe Ile Asn Leu Tyr         675           #       680           #       685 Ala Arg His Leu Val Asp Leu Leu Leu Tyr As #p Glu Asp Val Ala Thr     690               #   695               #   700 Ala Ala Ala Glu Val Thr Asp Val Pro Pro Al #a Glu Trp Val Gly Arg 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Pro Leu Pro Ser Gly Phe Asp Lys Phe Gly Ar #g Val Leu Val Glu Ala                 725   #               730   #               735 Tyr Asn Arg Ile Thr Ala Pro Asn Leu Asp Va #l Arg Glu Phe Val Met             740       #           745       #           750 Thr Ala Glu Leu Ser Arg Ser Pro Glu Ser Ty #r Thr Asn Lys Arg Leu 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#u Leu Val Pro Gly Gly             500       #           505       #           510 Glu Tyr Pro Val Asp Pro Ala Asp Val Tyr Se #r Val Thr Leu Glu Asn         515           #       520           #       525 Gly Val Thr His Arg Phe Val Arg Ala Ser Va #l Arg Val Ser Val Leu     530               #   535               #   540 Ser Glu Leu Leu Asn Lys Trp Val Ser Gln Ar #g Arg Ala Val Arg Glu 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Cys Met Arg Glu Cys Gln Asp Pro Val Arg Ar #g Met Leu Leu Asp Lys                 565   #               570   #               575 Glu Gln Met Ala Leu Lys Val Thr Cys Asn Al #a Phe Tyr Gly Phe Thr             580       #           585       #           590 Gly Val Val Asn Gly Met Met Pro Cys Leu Pr #o Ile Ala Ala Ser Ile         595           #       600           #       605 Thr Arg Ile Gly Arg Asp Met Leu Glu Arg Th #r Ala Arg Phe Ile Lys     610               #   615               #   620 Asp Asn Phe Ser Glu Pro Cys Phe Leu His As 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#75                 8 #80 Pro Gln Gly Ser Ser Asp Asn Gly Asp Ser Va #l Thr Ala Gly Val Val                 885   #               890   #               895 Ser Arg Ser Asp Ala Ile Asp Gly Thr Asp As #p Asp Ala Asp Gly Gly             900       #           905       #           910 Gly Val Glu Glu Ser Asn Arg Arg Gly Gly Gl #u Pro Ala Lys Lys Arg         915           #       920           #       925 Ala Arg Lys Pro Pro Ser Ala Val Cys Asn Ty #r Glu Val Ala Glu Asp     930               #   935               #   940 Pro Ser Tyr Val Arg Glu His Gly Val Pro Il #e His Ala Asp Lys Tyr 945                 9 #50                 9 #55                 9 #60 Phe Glu Gln Val Leu Lys Ala Val Thr Asn Va #l Leu Ser Pro Val Phe                 965   #               970   #               975 Pro Gly <210> SEQ ID NO 21 <211> LENGTH: 814 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Murine cytomegalovirus (strain Smith) <400> SEQUENCE: 21 Gly Arg Lys Val Tyr Glu Leu Gly Val Asp Pr #o Leu Ala Arg Phe Leu 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#u Met Ala Ala Tyr Lys         675           #       680           #       685 Gln Pro Asn Leu Ala His Leu Ser Val Ile Ar #g Arg Leu Ala Gln Arg     690               #   695               #   700 Lys Glu Glu Ile Pro Asn Val Gly Asp Arg Il #e Met Tyr Val Leu Ile 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Ala Pro Ser Ile Gly Asn Lys Gln Thr His As #n Tyr Glu Leu Ala Glu                 725   #               730   #               735 Asp Pro Asn Tyr Val Ile Glu His Lys Ile Pr #o Ile His Ala Glu Lys             740       #           745       #           750 Tyr Phe Asp Gln Ile Ile Lys Ala Val Thr As #n Ala Ile Ser Pro Ile         755           #       760           #       765 Phe Pro Lys     770 <210> SEQ ID NO 23 <211> LENGTH: 757 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Homo sapiens <400> SEQUENCE: 23 Ser His Val Phe Gly Thr Asn Thr Ser Ser Le #u Glu Leu Phe Leu Met  1               5   #                10   #                15 Asn Arg Lys Ile Lys Gly Pro Cys Trp Leu Gl #u Val Lys Lys Ser Thr             20       #            25       #            30 Ala Leu Asn Gln Pro Val Ser Trp Cys Lys Va #l Glu Ala Met Ala Leu         35           #        40           #        45 Lys Pro Asp Leu Val Asn Val Ile Lys Asp Va #l Ser Pro Pro Pro Leu     50               #    55               #    60 Val Val Met Ala Phe Ser Met Lys Thr Met Gl #n Asn Ala Lys Asn His 65                   #70                   #75                   #80 Gln Asn Glu Ile Ile Ala Met Ala Ala Leu Va #l His His Ser Phe Ala                 85   #                90   #                95 Leu Asp Lys Ala Ala Pro Lys Pro Pro Phe Gl #n Ser His Phe Cys Val             100       #           105       #           110 Val Ser Lys Pro Lys Asp Cys Ile Phe Pro Ty #r Ala Phe Lys Glu Val         115           #       120           #       125 Ile Glu Lys Lys Asn Val Lys Val Glu Val Al #a Ala Thr Glu Arg Thr     130               #   135               #   140 Leu Leu Gly Phe Phe Leu Ala Lys Val His Ly #s Ile Asp Pro Asp Ile 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Ile Val Gly His Asn Ile Tyr Gly Phe Glu Le #u Glu Val Leu Leu Gln                 165   #               170   #               175 Arg Ile Asn Val Cys Lys Ala Pro His Trp Se #r Lys Ile Gly Arg Leu             180       #           185       #           190 Lys Arg Ser Asn Met Pro Lys Leu Gly Gly Ar #g Ser Gly Phe Gly Glu         195           #       200           #       205 Arg Asn Ala Thr Cys Gly Arg Met Ile Cys As #p Val Glu Ile Ser Ala     210               #   215               #   220 Lys Glu Leu Ile Arg Cys Lys Ser Tyr His Le #u Ser Glu Leu Val Gln 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Gln Ile Leu Lys Thr Glu Arg Val Val Ile Pr #o Met Glu Asn Ile Gln                 245   #               250   #               255 Asn Met Tyr Ser Glu Ser Ser Gln Leu Leu Ty #r Leu Leu Glu His Thr             260       #           265       #           270 Trp Lys Asp Ala Lys Phe Ile Leu Gln Ile Me #t Cys Glu Leu Asn Val         275           #       280           #       285 Leu Pro Leu Ala Leu Gln Ile Thr Asn Ile Al #a Gly Asn Ile Met Ser     290               #   295               #   300 Arg Thr Leu Met Gly Gly Arg Ser Glu Arg As #n Glu Phe Leu Leu Leu 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 His Ala Phe Tyr Glu Asn Asn Tyr Ile Val Pr #o Asp Lys Gln Ile Phe                 325   #               330   #               335 Arg Lys Pro Gln Gln Lys Leu Gly Asp Glu As #p Glu Glu Ile Asp Gly             340       #           345       #           350 Asp Thr Asn Lys Tyr Lys Lys Gly Arg Lys Ly #s Gly Ala Tyr Ala Gly         355           #       360           #       365 Gly Leu Val Leu Asp Pro Lys Val Gly Phe Ty #r Asp Lys Phe Ile Leu     370               #   375               #   380 Leu Leu Asp Phe Asn Ser Leu Tyr Pro Ser Il #e Ile Gln Glu Phe Asn 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Ile Cys Phe Thr Thr Val Gln Arg Val Ala Se #r Glu Ala Gln Lys Val                 405   #               410   #               415 Thr Glu Asp Gly Glu Gln Glu Gln Ile Pro Gl #u Leu Pro Asp Pro Ser             420       #           425       #           430 Leu Glu Met Gly Ile Leu Pro Arg Glu Ile Ar #g Lys Leu Val Glu Arg         435           #       440           #       445 Arg Lys Gln Val Lys Gln Leu Met Lys Gln Gl #n Asp Leu Asn Pro Asp     450               #   455               #   460 Leu Ile Leu Gln Tyr Asp Ile Arg Gln Lys Al #a Leu Lys Leu Thr Ala 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Asn Ser Met Tyr Gly Cys Leu Gly Phe Ser Ty #r Ser Arg Phe Tyr Ala                 485   #               490   #               495 Lys Pro Leu Ala Ala Leu Val Thr Tyr Lys Gl #y Arg Glu Ile Leu Met             500       #           505       #           510 His Thr Lys Glu Met Val Gln Lys Met Asn Le #u Glu Val Ile Tyr Gly         515           #       520           #       525 Asp Thr Asp Ser Ile Met Ile Asn Thr Asn Se #r Thr Asn Leu Glu Glu     530               #   535               #   540 Val Phe Lys Leu Gly Asn Lys Val Lys Ser Gl #u Val Asn Lys Leu Tyr 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Lys Leu Leu Glu Ile Asp Ile Asp Gly Val Ph #e Lys Ser Leu Leu Leu                 565   #               570   #               575 Leu Lys Lys Lys Lys Tyr Ala Ala Leu Val Va #l Glu Pro Thr Ser Asp             580       #           585       #           590 Gly Asn Tyr Val Thr Lys Gln Glu Leu Lys Gl #y Leu Asp Ile Val Arg         595           #       600           #       605 Arg Asp Trp Cys Asp Leu Ala Lys Asp Thr Gl #y Asn Phe Val Ile Gly     610               #   615               #   620 Gln Ile Leu Ser Asp Gln Ser Arg Asp Thr Il #e Val Glu Asn Ile Gln 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Lys Arg Leu Ile Glu Ile Gly Glu Asn Val Le #u Asn Gly Ser Val Pro                 645   #               650   #               655 Val Ser Gln Phe Glu Ile Asn Lys Ala Leu Th #r Lys Asp Pro Gln Asp             660       #           665       #           670 Tyr Pro Asp Lys Lys Ser Leu Pro His Val Hi #s Val Ala Leu Trp Ile         675           #       680           #       685 Asn Ser Gln Gly Gly Arg Lys Val Lys Ala Gl #y Asp Thr Val Ser Tyr     690               #   695               #   700 Val Ile Cys Gln Asp Gly Ser Asn Leu Thr Al #a Ser Gln Arg Ala Tyr 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Ala Pro Glu Gln Leu Gln Lys Gln Asp Asn Le #u Thr Ile Asp Thr Gln                 725   #               730   #               735 Tyr Tyr Leu Ala Gln Gln Ile His Pro Val Va #l Ala Arg Ile Cys Glu             740       #           745       #           750 Pro Ile Asp Gly Ile         755 <210> SEQ ID NO 24 <211> LENGTH: 757 <212> TYPE: PRT 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        115           #       120           #       125 Ile Ser Lys Lys Asn Met Lys Val Glu Ile Al #a Ala Thr Glu Arg Thr     130               #   135               #   140 Leu Ile Gly Phe Phe Leu Ala Lys Val His Ly #s Ile Asp Pro Asp Ile 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Leu Val Gly His Asn Ile Cys Ser Phe Glu Le #u Glu Val Leu Leu Gln                 165   #               170   #               175 Arg Ile Asn Glu Cys Lys Val Pro Tyr Trp Se #r Lys Ile Gly Arg Leu             180       #           185       #           190 Arg Arg Ser Asn Met Pro Lys Leu Gly Ser Ar #g Ser Gly Phe Gly Glu         195           #       200           #       205 Arg Asn Ala Thr Cys Gly Arg Met Ile Cys As #p Val Glu Ile Ser Ala     210               #   215               #   220 Lys Glu Leu Ile His Cys Lys Ser Tyr His Le #u Ser Glu Leu Val Gln 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Gln Ile Leu Lys Thr Glu Arg Ile Val Ile Pr #o Thr Glu Asn Ile Arg                 245   #               250   #               255 Asn Met Tyr Ser Glu Ser Ser Tyr Leu Leu Ty #r Leu Leu Glu His Ile             260       #           265       #           270 Trp Lys Asp Ala Arg Phe Ile Leu Gln Ile Me #t Cys Glu Leu Asn Val         275           #       280           #       285 Leu Pro Leu Ala Leu Gln Ile Thr Asn Ile Al #a Gly Asn Ile Met Ser     290               #   295               #   300 Arg Thr Leu Met Gly Gly Arg Ser Glu Arg As #n Glu Phe Leu Leu Leu 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 His Ala Phe Tyr Glu Asn Asn Tyr Ile Val Pr #o Asp Lys Gln Ile Phe                 325   #               330   #               335 Arg Lys Pro Gln Gln Lys Leu Gly Asp Glu As #p Glu Glu Ile Asp Gly             340       #           345       #           350 Asp Thr Asn Lys Tyr Lys Lys Gly Arg Lys Ly #s Ala Thr Tyr Ala Gly         355           #       360           #       365 Gly Leu Val Leu Asp Pro Lys Val Gly Phe Ty #r Asp Lys Phe Ile Leu     370               #   375               #   380 Leu Leu Asp Phe Asn Ser Leu Tyr Pro Ser Il #e Ile Gln Glu Phe Asn 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Ile Cys Phe Thr Thr Val Gln Arg Val Thr Se #r Glu Val Gln Lys Ala                 405   #               410   #               415 Thr Glu Asp Glu Glu Gln Glu Gln Ile Pro Gl #u Leu Pro Asp Pro Asn             420       #           425       #           430 Leu Glu Met Gly Ile Leu Pro Arg Glu Ile Ar #g Lys Leu Val Glu Arg         435           #       440           #       445 Arg Lys Gln Val Lys Gln Leu Met Lys Gln Gl #n Asp Leu Asn Pro Asp     450               #   455               #   460 Leu Val Leu Gln Tyr Asp Ile Arg Gln Lys Al #a Leu Lys Leu Thr Ala 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Asn Ser Met Tyr Gly Cys Leu Gly Phe Ser Ty #r Ser Arg Phe Tyr Ala                 485   #               490   #               495 Lys Pro Leu Ala Ala Leu Val Thr Tyr Lys Gl #y Arg Glu Ile Leu Met             500       #           505       #           510 His Thr Lys Asp Met Val Gln Lys Met Asn Le #u Glu Val Ile Tyr Gly         515           #       520           #       525 Asp Thr Asp Ser Ile Met Ile Asn Thr Asn Se #r Thr Asn Leu Glu Glu     530               #   535               #   540 Val Phe Lys Leu Gly Asn Lys Val Lys Ser Gl #u Val Asn Lys Leu Tyr 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Lys Leu Leu Glu Ile Asp Ile Asp Ala Val Ph #e Lys Ser Leu Leu Leu                 565   #               570   #               575 Leu Lys Lys Lys Lys Tyr Ala Ala Leu Val Va #l Glu Pro Thr Ser Asp             580       #           585       #           590 Gly Asn Tyr Ile Thr Lys Gln Glu Leu Lys Gl #y Leu Asp Ile Val Arg         595           #       600           #       605 Arg Asp Trp Cys Asp Leu Ala Lys Asp Thr Gl #y Asn Phe Val Ile Gly     610               #   615               #   620 Gln Ile Leu Ser Asp Gln Ser Arg Asp Thr Il #e Val Glu Asn Ile Gln 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Lys Arg Leu Ile Glu Ile Gly Glu Asn Val Le #u Asn Gly Ser Val Pro                 645   #               650   #               655 Val Ser Gln Phe Glu Ile Asn Lys Ala Leu Th #r Lys Asp Pro Gln Asp             660       #           665       #           670 Tyr Pro Asp Arg Lys Ser Leu Pro His Val Hi #s Val Ala Leu Trp Ile         675           #       680           #       685 Asn Ser Gln Gly Gly Arg Lys Val Lys Ala Gl #y Asp Thr Val Ser Tyr     690               #   695               #   700 Val Ile Cys Gln Asp Gly Ser Asn Leu Thr Al #a Thr Gln Arg Ala Tyr 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Ala Pro Glu Gln Leu Gln Lys Leu Asp Asn Le #u Ala Ile Asp Thr Gln                 725   #               730   #               735 Tyr Tyr Leu Ala Gln Gln Ile His Pro Val Va #l Ala Arg Ile Cys Glu             740       #           745       #           750 Pro Ile Asp Gly Ile         755 <210> SEQ ID NO 25 <211> LENGTH: 748 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Drosophila melanogaster <400> SEQUENCE: 25 Ala His Ile Phe Gly Ala Thr Thr Asn Ala Le #u Glu Arg Phe Leu Leu  1               5   #                10   #                15 Asp Arg Lys Ile Lys Gly Pro Cys Trp Leu Gl #n Val Thr Gly Phe Lys             20       #            25       #            30 Val Ser Pro Thr Pro Met Ser Trp Cys Asn Th #r Glu Val Thr Leu Thr         35           #        40           #        45 Glu Pro Lys Asn Val Glu Leu Val Gln Asp Ly #s Gly Lys Pro Ala Pro     50               #    55               #    60 Pro Pro Pro Leu Thr Leu Leu Ser Leu Asn Va #l Arg Thr Ser Met Asn 65                   #70                   #75                   #80 Pro Lys Thr Ser Arg Asn Glu Ile Cys Met Il #e Ser Met Leu Thr His                 85   #                90   #                95 Asn Arg Phe His Ile Asp Arg Pro Ala Pro Gl #n Pro Ala Phe Asn Arg             100       #           105       #           110 His Met Cys Ala Leu Thr Arg Pro Ala Val Va #l Ser Trp Pro Leu Asp         115           #       120           #       125 Leu Asn Phe Glu Met Ala Lys Tyr Lys Ser Th #r Thr Val His Lys His     130               #   135               #   140 Asp Ser Glu Arg Ala Leu Leu Ser Trp Phe Le #u Ala Gln Tyr Gln Lys 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Ile Asp Ala Asp Leu Ile Val Thr Phe Asp Se #r Met Asp Cys Gln Leu                 165   #               170   #               175 Asn Val Ile Thr Asp Gln Ile Val Ala Leu Ly #s Ile Pro Gln Trp Ser             180       #           185       #           190 Arg Met Gly Arg Leu Arg Leu Ser Gln Ser Ph #e Gly Lys Arg Leu Leu         195           #       200           #       205 Glu His Phe Val Gly Arg Met Val Cys Asp Va #l Lys Arg Ser Ala Glu     210               #   215               #   220 Glu Cys Ile Arg Ala Arg Ser Tyr Asp Leu Gl #n Thr Leu Cys Lys Gln 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Val Leu Lys Leu Lys Glu Ser Glu Arg Met Gl #u Val Asn Ala Asp Asp                 245   #               250   #               255 Leu Leu Glu Met Tyr Glu Lys Gly Glu Ser Il #e Thr Lys Leu Ile Ser             260       #           265       #           270 Leu Thr Met Gln Asp Asn Ser Tyr Leu Leu Ar #g Leu Met Cys Glu Leu         275           #       280           #       285 Asn Ile Met Pro Leu Ala Leu Gln Ile Thr As #n Ile Cys Gly Asn Thr     290               #   295               #   300 Met Thr Arg Thr Leu Gln Gly Gly Arg Ser Gl #u Arg Asn Glu Phe Leu 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Leu Leu His Ala Ser Thr Glu Lys Asn Tyr Il #e Val Pro Asp Lys Lys                 325   #               330   #               335 Pro Val Ser Lys Arg Ser Gly Ala Gly Asp Th #r Asp Arg Thr Leu Ser             340       #           345       #           350 Gly Ala Asp Ala Thr Met Gln Thr Lys Lys Ly #s Ala Ala Tyr Ala Gly         355           #       360           #       365 Gly Leu Val Leu Glu Pro Met Arg Gly Leu Ty #r Glu Lys Tyr Val Leu     370               #   375               #   380 Leu Met Asp Leu Asn Ser Leu Tyr Pro Ser Il #e Ile Gln Glu Tyr Asn 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Ile Cys Phe Asn Pro Val Gln Gln Pro Val As #p Ala Asp Glu Leu Pro                 405   #               410   #               415 Thr Leu Pro Asp Ser Lys Thr Glu Pro Gly Il #e Leu Pro Leu Gln Leu             420       #           425       #           430 Lys Arg Leu Val Glu Ser Arg Lys Glu Val Ly #s Lys Leu Met Ala Ala         435           #       440           #       445 Pro Asp Leu Ser Pro Glu Leu Gln Met Gln Ty #r His Ile Arg Gln Met     450               #   455               #   460 Ala Leu Lys Leu Thr Ala Asn Ser Met Tyr Gl #y Cys Leu Gly Phe Ala 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 His Ser Arg Phe Phe Ala Gln His Leu Ala Al #a Leu Val Thr His Lys                 485   #               490   #               495 Gly Arg Asp Leu Thr Asn Thr Gln Gln Leu Va #l Gln Lys Met Asn Tyr             500       #           505       #           510 Asp Val Val Tyr Gly Asp Thr Asp Ser Leu Me #t Ile Asn Thr Asn Ile         515           #       520           #       525 Thr Asp Tyr Asp Gln Val Tyr Lys Ile Gly Hi #s Asn Ile Lys Gln Ser     530               #   535               #   540 Val Asn Lys Leu Tyr Lys Gln Leu Glu Leu As #p Ile Asp Gly Val Phe 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Gly Cys Leu Leu Leu Leu Lys Lys Lys Lys Ty #r Ala Ala Ile Lys Leu                 565   #               570   #               575 Ser Lys Asp Ser Lys Gly Asn Leu Arg Arg Gl #u Gln Glu His Lys Gly             580       #           585       #           590 Leu Asp Ile Val Arg Arg Asp Trp Ser Gln Le #u Ala Val Met Val Gly         595           #       600           #       605 Lys Ala Val Leu Asp Glu Val Leu Ser Glu Ly #s Pro Leu Glu Glu Lys     610               #   615               #   620 Leu Asp Ala Val His Ala Gln Leu Glu Lys Il #e Lys Thr Gln Ile Ala 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Glu Gly Val Val Pro Leu Pro Leu Phe Val Il #e Thr Lys Gln Leu Thr                 645   #               650   #               655 Arg Thr Pro Gln Asp Tyr Arg Asn Ser Ala Se #r Leu Pro His Val Gln             660       #           665       #           670 Val Ala Leu Arg Met Asn Arg Glu Arg Asn Ar #g Arg Tyr Lys Lys Gly         675           #       680           #       685 Asp Met Val Asp Leu Cys Asp Cys Leu Asp Gl #y Thr Thr Asn Ala Ala     690               #   695               #   700 Met Gln Arg Ala Tyr His Leu Asp Glu Leu Ly #s Thr Ser Glu Asp Lys 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 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#       205 Ser Ser Gln Gln Phe Val Glu Lys Gln Ile Il #e Ala Gly Arg Leu Met     210               #   215               #   220 Cys Asp Leu Ser Asn Asp Phe Gly Arg Ser Me #t Ile Lys Ala Gln Ser 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Trp Ser Leu Ser Glu Ile Val Leu Lys Glu Le #u Asp Ile Lys Arg Gln                 245   #               250   #               255 Asp Ile Asn Gln Glu Lys Ala Leu Gln Ser Tr #p Thr Asp Thr Ala His             260       #           265       #           270 Gly Leu Leu Asp Tyr Leu Val His Cys Glu Il #e Asp Thr Phe Phe Ile         275           #       280           #       285 Ala Ala Val Ala Phe Lys Ile Gln Met Leu Gl #n Leu Ser Lys Asn Leu     290               #   295               #   300 Thr Asn Ile Ala Gly Asn Ser Trp Ala Arg Th #r Leu Thr Gly Thr Arg 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Ala Glu Arg Asn Glu Tyr Ile Leu Leu His Gl #u Phe Lys Lys Asn Gly                 325   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    450               #   455               #   460 Arg Leu Gln Trp Asp Ile Gln Gln Gln Ala Le #u Lys Leu Thr Ala Asn 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Ser Met Tyr Gly Cys Leu Gly Tyr Thr Lys Se #r Arg Phe Tyr Ala Arg                 485   #               490   #               495 Pro Leu Ala Val Leu Ile Thr Tyr Lys Gly Ar #g Glu Ala Leu Met Asn             500       #           505       #           510 Thr Lys Glu Leu Ala Asp Gln Met Gly Leu Gl #n Val Ile Tyr Gly Asp         515           #       520           #       525 Thr Asp Ser Val Met Leu Asn Thr Asn Val Th #r Asp Lys Asn His Ala     530               #   535               #   540 Leu Arg Ile Gly Asn Glu Phe Lys Glu Lys Va #l Asn Glu Arg Tyr Ser 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Lys Leu Glu Ile Asp Ile Asp Asn Val Tyr Gl #n Arg Met Leu Leu His                 565   #               570   #               575 Ala Lys Lys Lys Tyr Ala Ala Leu Gln Leu As #p Ser Gln Gly Lys Pro             580       #           585       #           590 Asn Leu Asp Val Lys Gly Leu Asp Met Lys Ar #g Arg Glu Phe Cys Thr         595           #       600           #       605 Leu Ala Lys Glu Ala Ser Lys Phe Cys Leu As #p Gln Ile Leu Ser Gly     610               #   615               #   620 Glu Leu Thr Glu Thr Val Ile Glu Asn Ile Hi #s Ser Tyr Leu Met Asp 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Phe Ser Glu Lys Met Arg Asn Gly Lys Phe Pr #o Ala Asn Lys Phe Ile                 645   #               650   #               655 Ile Phe Asn Arg Leu Gly Lys Asn Pro Glu As #p Tyr Pro Asn Gly Lys             660       #           665       #           670 Thr Met Pro Phe Val Gln Val Ala Leu Lys Ly #s Lys Ala Arg Gly Glu         675           #       680           #       685 Asn Val Arg Val Gly Asp Val Ile Pro Phe Il #e Ile Ala Gly Ser Asp     690               #   695               #   700 Ala Asp Gly His Pro Ala Asp Arg Ala Tyr Se #r Pro Gln Glu Ile Met 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Asn Thr Asn Ser Thr Leu Val Ile Asp Tyr As #n Tyr Tyr Leu Ser His                 725   #               730   #               735 Gln Ile Leu Pro Pro Ile Glu Arg Val Ile Al #a Pro Ile Glu Gly Thr             740       #           745       #           750 <210> SEQ ID NO 27 <211> LENGTH: 761 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Saccharomyces cerevisiae <400> SEQUENCE: 27 Tyr His Val Phe Gly Gly Asn Ser Asn Ile Ph #e Glu Ser Phe Val Ile  1               5   #                10   #                15 Gln Asn Arg Ile Met Gly Pro Cys Trp Leu As #p Ile Lys Gly Ala Asp             20       #            25       #            30 Phe Asn Ser Ile Arg Asn Ala Ser His Cys Al #a Val Glu Val Ser Val         35           #        40           #        45 Asp Lys Pro Gln Asn Ile Thr Pro Thr Thr Th #r Lys Thr Met Pro Asn     50               #    55               #    60 Leu Arg Cys Leu Ser Leu Ser Ile Gln Thr Le #u Met Asn Pro Lys Glu 65                   #70                   #75                   #80 Asn Lys Gln Glu Ile Val Ser Ile Thr Leu Se #r Ala Tyr Arg Asn Ile                 85   #                90   #                95 Ser Leu Asp Ser Pro Ile Pro Glu Asn Ile Ly #s Pro Asp Asp Leu Cys             100       #           105       #           110 Thr Leu Val Arg Pro Pro Gln Ser Thr Ser Ph #e Pro Leu Gly Leu Ala         115           #       120           #       125 Ala Leu Ala Lys Gln Lys Leu Pro Gly Arg Va #l Arg Leu Phe Asn Asn     130               #   135               #   140 Glu Lys Ala Met Leu Ser Cys Phe Cys Ala Me #t Leu Lys Val Glu Asp 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Pro Asp Val Ile Ile Gly His Arg Leu Gln As #n Val Tyr Leu Asp Val                 165   #               170   #               175 Leu Ala His Arg Met His Asp Leu Asn Ile Pr #o Thr Phe Ser Ser Ile             180       #           185       #           190 Gly Arg Arg Leu Arg Arg Thr Trp Pro Glu Ly #s Phe Gly Arg Gly Asn         195           #       200           #       205 Ser Asn Met Asn His Phe Phe Ile Ser Asp Il #e Cys Ser Gly Arg Leu     210               #   215               #   220 Ile Cys Asp Ile Ala Asn Glu Met Gly Gln Se #r Leu Thr Pro Lys Cys 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Gln Ser Trp Asp Leu Ser Glu Met Tyr Gln Va #l Thr Cys Glu Lys Glu                 245   #               250   #               255 His Lys Pro Leu Asp Ile Asp Tyr Gln Asn Pr #o Gln Tyr Gln Asn Asp             260       #           265       #           270 Val Asn Ser Met Thr Met Ala Leu Gln Glu As #n Ile Thr Asn Cys Met         275           #       280           #       285 Ile Ser Ala Glu Val Ser Tyr Arg Ile Gln Le #u Leu Thr Leu Thr Lys     290               #   295               #   300 Gln Leu Thr Asn Leu Ala Gly Asn Ala Trp Al #a Gln Thr Leu Gly Gly 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Thr Arg Ala Gly Arg Asn Glu Tyr Ile Leu Le #u His Glu Phe Ser Arg                 325   #               330   #               335 Asn Gly Phe Ile Val Pro Asp Lys Glu Gly As #n Arg Ser Arg Ala Gln             340       #           345       #           350 Lys Gln Arg Gln Asn Glu Glu Asn Ala Asp Al #a Pro Val Asn Ser Lys         355           #       360           #       365 Lys Ala Lys Tyr Gln Gly Gly Leu Val Phe Gl #u Pro Glu Lys Gly Leu     370               #   375               #   380 His Lys Asn Tyr Val Leu Val Met Asp Phe As #n Ser Leu Tyr Pro Ser 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Ile Ile Gln Glu Phe Asn Ile Cys Phe Thr Th #r Val Asp Arg Asn Lys                 405   #               410   #               415 Glu Asp Ile Asp Glu Leu Pro Ser Val Pro Pr #o Ser Glu Val Asp Gln             420       #           425       #           430 Gly Val Leu Pro Arg Leu Leu Ala Asn Leu Va #l Asp Arg Arg Arg Glu         435           #       440           #       445 Val Lys Lys Val Met Lys Thr Glu Thr Asp Pr #o His Lys Arg Val Gln     450               #   455               #   460 Cys Asp Ile Arg Gln Gln Ala Leu Lys Leu Th #r Ala Asn Ser Met Tyr 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Gly Cys Leu Gly Tyr Val Asn Ser Arg Phe Ty #r Ala Lys Pro Leu Ala                 485   #               490   #               495 Met Leu Val Thr Asn Lys Gly Arg Glu Ile Le #u Met Asn Thr Arg Gln             500       #           505       #           510 Leu Ala Glu Ser Met Asn Leu Leu Val Val Ty #r Gly Asp Thr Asp Ser         515           #       520           #       525 Val Met Ile Asp Thr Gly Cys Asp Asn Tyr Al #a Asp Ala Ile Lys Ile     530               #   535               #   540 Gly Leu Gly Phe Lys Arg Leu Val Asn Glu Ar #g Tyr Arg Leu Leu Glu 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Ile Asp Ile Asp Asn Val Phe Lys Lys Leu Le #u Leu His Ala Lys Lys                 565   #               570   #               575 Lys Tyr Ala Ala Leu Thr Val Asn Leu Asp Ly #s Asn Gly Asn Gly Thr             580       #           585       #           590 Thr Val Leu Glu Val Lys Gly Leu Asp Met Ly #s Arg Arg Glu Phe Cys         595           #       600           #       605 Pro Leu Ser Arg Asp Val Ser Ile His Val Le #u Asn Thr Ile Leu Ser     610               #   615               #   620 Asp Lys Asp Pro Glu Glu Ala Leu Gln Glu Va #l Tyr Asp Tyr Leu Glu 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Asp Ile Arg Ile Lys Val Glu Thr Asn Asn Il #e Arg Ile Asp Lys Tyr                 645   #               650   #               655 Lys Ile Asn Met Lys Leu Ser Lys Asp Pro Ly #s Ala Tyr Pro Gly Gly             660       #           665       #           670 Lys Asn Met Pro Ala Val Gln Val Ala Leu Ar #g Met Arg Lys Ala Gly         675           #       680           #       685 Arg Val Val Lys Ala Gly Ser Val Ile Thr Ph #e Val Ile Thr Lys Gln     690               #   695               #   700 Asp Glu Ile Asp Asn Ala Ala Asp Thr Pro Al #a Leu Ser Val Ala Glu 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Arg Ala His Ala Leu Asn Glu Val Met Ile Ly #s Ser Asn Asn Leu Ile                 725   #               730   #               735 Pro Asp Pro Gln Tyr Tyr Leu Glu Lys Gln Il #e Phe Ala Pro Val Glu             740       #           745       #           750 Arg Leu Leu Glu Arg Ile Asp Ser Phe         755           #       760 <210> SEQ ID NO 28 <211> LENGTH: 761 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Trypanosoma brucei <400> SEQUENCE: 28 Gln Val Val Val Gly Ala Ser Arg Ser Leu Le #u Glu Leu Phe Leu Ile  1               5   #                10   #                15 Lys Lys Arg Leu Met Gly Pro Ser Tyr Leu Gl #u Ile Glu His Leu Val             20       #            25       #            30 Thr Ala Met Asp Arg Val Ser His Cys Lys Th #r Glu Phe Leu Val Pro         35           #        40           #        45 Ser Pro Lys Asp Ile Lys Val Tyr Asn Ser Se #r Lys Pro Pro Pro Pro     50               #    55               #    60 Phe Thr Val Ala Ser Ile Gln Leu His Ala Gl #n Leu Asp Ser Asp Gly 65                   #70                   #75                   #80 Val Lys Asn Glu Val Ile Ala Ala Ser Ile Al #a Leu Tyr Gly Asp Val                 85   #                90   #                95 Ser Ile Asp Gly Glu Arg Lys Pro Asn Ile Th #r Glu Cys Phe Thr Gly             100       #           105       #           110 Val Arg Gln Leu Ser Pro Asp Ala Pro Leu Pr #o Leu Asp Leu Glu Thr         115           #       120           #       125 Tyr Cys Leu Ser Lys Arg Met Pro Gly Val Hi #s Arg Phe Ile Asn Glu     130               #   135               #   140 Arg Ala Leu Leu Thr Trp Phe Ala Glu Thr Le #u Ala Ala Leu Asp Pro 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Asp Ile Ile Val Gly His Asn Ile Ile Gly Ty #r Thr Val Glu Thr Leu                 165   #               170   #               175 Leu Asn Arg Tyr Gln Glu Leu Asn Ile Val Ar #g Trp Ser Thr Ile Gly             180       #           185       #           190 Arg Leu Asp Val Arg Arg Phe Pro Arg Ile Gl #n Gly Asn Asn Phe Asn         195           #       200           #       205 Leu Ala Ile Glu Lys Glu Ala Cys Val Gly Ar #g Leu Val Val Asp Thr     210               #   215               #   220 Tyr Leu Leu Ala Arg Glu Tyr Tyr Lys Ser Th #r Asn Tyr Lys Leu Leu 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Ser Leu Ser Thr Gln Met Glu Ile Lys Gly Il #e Thr Asp Asn Arg Gly                 245   #               250   #               255 His Phe Glu Pro Gly Ser Thr Val Leu Val Ly #s Asp Ser Met Met Ser             260       #           265       #           270 Ser Glu Ala Leu Cys Pro Ile Leu Leu Gln Le #u Leu Asn Cys Ala Val         275           #       280           #       285 Leu Ser Phe Asn Val Ala Ser Phe Leu Asp Va #l Ile Pro Leu Thr Lys     290               #   295               #   300 Arg Leu Thr Leu Leu Ala Gly Asn Leu Trp Se #r Arg Thr Leu Tyr Gly 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Ala Arg Ser Glu Arg Ile Glu Tyr Leu Leu Le #u His Ala Phe His Asn                 325   #               330   #               335 Leu Lys Phe Val Thr Pro Asp Lys Lys Lys Ar #g Asp Leu Lys Arg Gly             340       #           345       #           350 Arg Glu Asp Asp Asp Asp Glu Gly Lys Arg Ly #s Thr Lys Tyr Gln Gly         355           #       360           #       365 Gly Met Val Leu Glu Pro Lys Ser Gly Leu Ty #r Ser Glu Tyr Ile Leu     370               #   375               #   380 Leu Leu Asp Phe Asn Ser Leu Tyr Pro Ser Le #u Ile Gln Glu Phe Asn 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Val Cys Tyr Thr Thr Ile Asp Arg Asp Glu As #n Thr Val Ser Ala Glu                 405   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    530               #   535               #   540 Ile Lys Asp Asp Ile Val Lys Val Arg Asn Le #u Gly Phe Glu Ile Lys 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Gly Lys Val Asn Gln Arg Tyr Gln Ser Leu Gl #u Leu Asp Ile Asp Gly                 565   #               570   #               575 Val Phe Arg Ala Met Leu Leu Leu Arg Lys Ly #s Lys Tyr Ala Ala Leu             580       #           585       #           590 Ser Val Val Asp Trp Gln Gly Glu Gly Lys Va #l Tyr Lys Arg Glu Val         595           #       600           #       605 Lys Gly Leu Asp Met Val Arg Arg Asp Trp Cy #s Pro Leu Ser Gln His     610               #   615               #   620 Val Ser Asp Ala Val Leu Lys Arg Ile Leu As #n Ala Glu Gly Gly Glu 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Asp Ile Leu Asp Phe Val Ile Lys Tyr Met Ly #s Gly Val Ala Gln Asp                 645   #               650   #               655 Val Arg Ser Gly Asn Val Tyr Pro Leu Glu Gl #u Phe Val Ile Ser Lys             660       #           665       #           670 Ser Leu Thr Lys Glu Pro Glu Ser Tyr His Gl #y Thr Gly Tyr Pro His         675           #       680           #       685 Ala Val Val Ala Leu Arg Met Lys Gln Arg Ly #s Glu Gly Val Arg Val     690               #   695               #   700 Gly Asp Leu Ile Pro Tyr Val Ile Cys Glu Gl #y Asp Glu His Ile Asp 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Asp Lys Ala Tyr His Ile Asp Glu Val Arg Ar #g Ser Asp Gly Leu Ser                 725   #               730   #               735 Val Asp Val Glu Trp Tyr Leu Ser Ser Gln Le #u Tyr Pro Pro Val Met             740       #           745       #           750 Arg Leu Cys Glu His Ile Gln Gly Phe         755           #       760 <210> SEQ ID NO 29 <211> LENGTH: 782 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Autographa californica nucleopolynedrovi #rus <400> SEQUENCE: 29 Asn Ala Ala Cys Leu Asp Lys Phe Leu His As #n Val Asn Arg Val His 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Ala Asn Gln Thr Val Lys Tyr Lys Gly Gly Ly #s Val Leu Lys Pro Arg 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Ala Gly Ile Tyr Lys Asn Ala Phe Ser Leu As #p Phe Asn Ser Leu Tyr                 405   #               410   #               415 Leu Thr Ile Met Ile Ala Ile Cys Ala Cys Le #u Ser Asn Leu Ile Leu             420       #           425       #           430 Cys Glu Asp Gly Asn Val Tyr Leu Asn His As #n Ser Arg Ala Ile Val         435           #       440           #       445 Val Lys Leu Leu Leu Lys Leu Leu Ser Glu Ar #g Cys Lys Phe Lys Lys     450               #   455               #   460 Asn Arg Asp Asn Gln Ser Glu Ser Ala Phe Le #u Tyr Asp Leu Tyr Asp 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Gln Lys Gln Asn Ser Val Lys Arg Thr Ala As #n Ser Ile Tyr Gly Tyr                 485   #               490   #               495 Tyr Gly Ile Phe Tyr Lys Val Leu Ala Asn Ty #r Ile Thr Arg Val Gly             500       #           505       #           510 Arg Asn Gln Leu Arg Leu Ala Ile Ser Leu Il #e Glu Gly Leu Ser Asn         515           #       520           #       525 Asp Pro Glu Ile Leu Glu Lys Phe Asn Leu Gl #y Ser Ile Thr Phe Lys     530               #   535               #   540 Val Val Tyr Gly Asp Thr Asp Ser Thr Phe Va #l Leu Pro Thr Phe Asn 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Tyr Asn Glu Ile Ser Asn Glu Thr Asp Thr Le #u Lys Gln Ile Cys Thr                 565   #               570   #               575 His Val Glu Thr Arg Val Asn Asn Ser Phe Th #r Asp Gly Tyr Lys Met             580       #           585       #           590 Ala Phe Glu Asn Leu Met Lys Val Leu Ile Le #u Leu Lys Lys Lys Lys         595           #       600           #       605 Tyr Cys Tyr Leu Asn Ser Glu Asn Lys Ile Va #l Tyr Lys Gly Trp Leu     610               #   615               #   620 Val Lys Lys Asp Met Pro Val Phe Met Arg Il #e Ala Phe Arg Thr Ala 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Val Glu Gln Ile Leu Arg His Leu Asp Met As #p Lys Cys Leu Gln Ser                 645   #               650   #               655 Leu Gln Thr Ser Phe Tyr Glu Tyr Tyr Asp Gl #u Phe Ala Lys Ser Lys             660       #           665       #           670 Ser Leu Thr Asp Tyr Ser Phe Ser Met Thr Ty #r Asn Asp Asn Pro Gly         675           #       680           #       685 Lys Lys Arg Lys Ser Thr Asp Asp Asn Glu Gl #y Pro Ser Pro Lys Arg     690               #   695               #   700 Arg Val Ile Thr Val Ala Arg His Cys Arg Gl #u Ile Leu Val Asn Lys 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Gly Thr Asp Phe Val Pro Gly Asn Gly Asp Ar #g Ile Pro Tyr Leu Leu                 725   #               730   #               735 Ile Asp Ile Glu Gly Lys Val Thr Glu Lys Al #a Tyr Pro Leu Arg Leu             740       #           745       #           750 Phe Asp Pro Val Lys Met Arg Ile Ser Trp Il #e Lys His Met Gly Ile         755           #       760           #       765 Leu Cys Thr Phe Met Asn Glu Leu Leu Glu Il #e Phe Gly Asp     770               #   775               #   780 <210> SEQ ID NO 30 <211> LENGTH: 797 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Lymantria dispar multicapsid nuclear  #polyhedrosis <400> SEQUENCE: 30 Asp Lys Asn Cys Leu Asp Gly Tyr Leu Ala As #p Val Asn Arg Val His  1               5   #                10   #                15 Met Gln Thr Ser Leu Leu Glu Gly Gln Tyr Va #l Arg Phe Lys Asn Ala             20       #            25       #            30 His Ala Cys Arg Asp Tyr Arg Leu Ser His Th #r Ala Lys Asp Val His         35           #        40           #        45 Glu Phe Glu Ser Met Leu Glu Arg Val Gln Va #l Ser Ala Leu Ser His     50               #    55               #    60 Glu Ile Leu Pro Val Val Ala Cys Tyr Asp Il #e Glu Thr His Ser Asp 65                   #70                   #75                   #80 Gly Gln Arg Phe Ser Ala Pro Asp Ala Asp Ph #e Ile Ile Ser Ile Ala                 85   #                90   #                95 Val Val Val Arg Arg Asp Ala Ala Asp Thr Ar #g Ile Cys Leu Phe Tyr             100       #           105       #           110 Ser Pro Asp Asp Pro Val Asp Leu Ser Ser Se #r Ser Ser Ser Pro Pro         115           #       120           #       125 Ala Ala Pro Asp Thr Ala Ala Val His Phe Ar #g Ala Glu Arg Asp Met     130               #   135               #   140 Ile Ala Ala Phe Phe Gln Leu Leu Pro Leu Le #u Asn Ala Asp Val Val 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Leu Asp Phe Asn Gly Asp Lys Phe Asp Leu Pr #o Phe Leu Thr Gly Arg                 165   #               170   #               175 Ala Asn Lys Leu Cys Gly Pro Ala Glu Ala Al #a Arg Ala Thr Lys Ile             180       #           185       #           190 Ala Arg Tyr Asp Leu Ser Pro Val Asn Val Va #l Thr Gln Gln Ser Tyr         195           #       200           #       205 Asp Lys Phe Ser Asn Lys Leu His Ser His Ty #r Leu Thr Tyr Tyr Ile     210               #   215               #   220 His Ile Asp Leu Tyr Gln Phe Leu Ser Thr As #p Ser Glu His Asn Asp 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Leu Glu Asn Phe Gln Leu Asn Thr Val Ala Gl #u His Tyr Leu Lys Lys                 245   #               250   #               255 Ser Lys Val Asp Leu Pro Ile His Asp Met Le #u Gln Met Tyr Gly Glu             260       #           265       #           270 Lys Arg Leu Ser Arg Ile Val Glu Tyr Asn Va #l Gln Asp Cys Val Leu         275           #       280           #       285 Pro Val Glu Leu Phe Leu Lys Leu Glu Ile Al #a Asp Tyr Met Tyr Thr     290               #   295               #   300 Gln Cys Met Leu Leu Tyr Leu Cys Thr Asp As #p Leu Leu Arg Asn Ile 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Ser His Lys Ile Thr Val Ala Tyr Phe His Le #u Ala Leu Thr Asn Thr                 325   #               330   #               335 Val Ala Arg Arg Pro Asp Pro Thr Pro Asp Pr #o Tyr Phe Phe Asn Lys             340       #           345       #           350 Tyr Asp Leu Ser Val Thr Ser Gly Ala Ser Al #a Pro Ser Thr Ser Arg         355           #       360           #       365 Pro Ala Asn Ala Ile Asp Leu Ser Gln Leu Ly #s Arg Thr Pro Val Asp     370               #   375               #   380 Ala Ala Arg Ile Pro Pro Ser Ala Val Lys Le #u Cys Ser Thr Arg Gln 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Ser Cys Thr Tyr Lys Gly Gly Lys Val Leu Se #r Pro Lys Pro Gly Phe                 405   #               410   #               415 Asn Arg Trp Val Ala Thr Leu Asp Phe Asn Al #a Leu Tyr Pro Thr Ile             420       #           425       #           430 Met Met Trp Glu Gly Val Cys Met Ser Ser As #n Val Phe Ile Ala Ser         435           #       440           #       445 Asp Gly Asn Val Tyr Leu Asp Lys Asn Val As #n Ala Val Asn Pro Lys     450               #   455               #   460 Leu Leu Lys Thr Leu Ser Glu Met Arg Val Ar #g Tyr Lys Gly Leu Arg 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Asp Gln Cys Glu Tyr Asn Ser Phe Tyr Tyr Ly #s Leu Tyr Asp Lys Ile                 485   #               490   #               495 Gln Asn Ala Leu Lys Arg Ile Ala Asn Ser Il #e Tyr Gly Tyr Tyr Gly             500       #           505       #           510 Ile Phe Phe Lys Pro Leu Ala Asn Tyr Ile Th #r Lys Met Gly Arg Gly         515           #       520           #       525 Lys Leu Lys Glu Val Val Gly Lys Val Glu Al #a Met Ser Asp Asp Pro     530               #   535               #   540 Arg Ile Leu Arg Glu Phe Gly Leu Ser Lys Il #e Asn Phe Ser Val Ile 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Tyr Gly Asp Thr Asp Ser Cys Phe Ile Arg Va #l Leu Phe Asp Glu Ala                 565   #               570   #               575 Glu Trp Arg Arg Thr Ala Ala Arg Pro Arg Se #r Ala Pro Ser Cys Arg             580       #           585       #           590 Thr Thr Cys Ala Lys Arg Ser Thr Thr Leu Tr #p Cys Gly Tyr Lys Met         595           #       600           #       605 Ser Leu Glu Asn Ile Met Leu Ser Leu Ile Le #u Leu Lys Lys Lys Lys     610               #   615               #   620 Tyr Cys Tyr Leu Asn Asn Glu Gln Arg Thr Ly #s Tyr Lys Gly Trp Leu 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Ile Lys Arg Asp Met Pro Leu Phe Met Arg Ly #s Ala Phe Arg Ala Thr                 645   #               650   #               655 Val Asp Ser Phe Ser Ala Ala Thr Arg Arg Va #l Arg Ala Arg Pro Ala             660       #           665       #           670 Arg Arg Glu Met Leu Arg Tyr Tyr Arg Glu Ph #e Gly Ala Pro Arg Glu         675           #       680           #       685 Asn Leu Val Asp Tyr Cys Phe Ser Met Ser Ty #r Asn Glu Thr Ser Thr     690               #   695               #   700 Thr Ala Lys Arg Arg Lys Glu Glu Asp Pro Al #a Arg Lys Pro Val Ile 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Thr Ile Ala Lys His Cys Arg Glu Leu Leu Al #a Asn Pro Gly Val Asp                 725   #               730   #               735 Phe Leu Pro Gly Asn Gly Asp Arg Ile Gln Ty #r Val Leu Val Asp Val             740       #           745       #           750 Lys Glu Lys Ile Thr Gln Lys Ala Phe Pro Le #u Lys Leu Phe Asp Pro         755           #       760           #       765 Asp Ser Pro Thr Leu Gln Ile Ser Trp Leu Ly #s His Met Asn Ile Leu     770               #   775               #   780 Cys Thr Phe Met Asn Glu Leu Ile Gln Val Ph #e Gly Asn 785                 7 #90                 7 #95 <210> SEQ ID NO 31 <211> LENGTH: 745 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Saccharomyces cerevisiae <400> SEQUENCE: 31 Asn Lys Val Pro Ser Met Gly Asn Lys Lys Th #r Glu Ser Gln Ile Ser  1               5   #                10   #                15 Met His Thr Pro His Ser Lys Phe Leu Tyr Ly #s Phe Ala Ser Asp Val             20       #            25       #            30 Ser Gly Lys Gln Lys Arg Lys Lys Ser Ser Va #l His Asp Ser Leu Thr         35           #        40           #        45 His Leu Thr Leu Glu Ile His Ala Asn Thr Ar #g Ser Asp Lys Ile Pro     50               #    55               #    60 Asp Pro Ala Ile Asp Glu Val Ser Met Ile Il #e Trp Cys Leu Glu Glu 65                   #70                   #75                   #80 Glu Thr Phe Pro Leu Asp Leu Asp Ile Ala Ty #r Glu Gly Ile Met Ile                 85   #                90   #                95 Val His Lys Ala Ser Glu Asp Ser Thr Phe Pr #o Thr Lys Ile Gln His             100       #           105       #           110 Cys Ile Asn Glu Ile Pro Val Met Phe Tyr Gl #u Ser Glu Phe Glu Met         115           #       120           #       125 Phe Glu Ala Leu Thr Asp Leu Val Leu Leu Le #u Asp Pro Asp Ile Leu     130               #   135               #   140 Ser Gly Phe Glu Ile His Asn Phe Ser Trp Gl #y Tyr Ile Ile Glu Arg 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Cys Gln Lys Ile His Gln Phe Asp Ile Val Ar #g Glu Leu Ala Arg Val                 165   #               170   #               175 Lys Cys Gln Ile Lys Thr Lys Leu Ser Asp Th #r Trp Gly Tyr Ala His             180       #           185       #           190 Ser Ser Gly Ile Met Ile Thr Gly Arg His Me #t Ile Asn Ile Trp Arg         195           #       200           #       205 Ala Leu Arg Ser Asp Val Asn Leu Thr Gln Ty #r Thr Ile Glu Ser Ala     210               #   215               #   220 Ala Phe Asn Ile Leu His Lys Arg Leu Pro Hi #s Phe Ser Phe Glu Ser 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Leu Thr Asn Met Trp Asn Ala Lys Lys Ser Th #r Thr Glu Leu Lys Thr                 245   #               250   #               255 Val Leu Asn Tyr Trp Leu Ser Arg Ala Gln Il #e Asn Ile Gln Leu Leu             260       #           265       #           270 Arg Lys Gln Asp Tyr Ile Ala Arg Asn Ile Gl #u Gln Ala Arg Leu Ile         275           #       280           #       285 Gly Ile Asp Phe His Ser Val Tyr Tyr Arg Gl #y Ser Gln Phe Lys Val     290               #   295               #   300 Glu Ser Phe Leu Ile Arg Ile Cys Lys Ser Gl #u Ser Phe Ile Leu Leu 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Ser Pro Gly Lys Lys Asp Val Arg Lys Gln Ly #s Ala Leu Glu Cys Val                 325   #               330   #               335 Pro Leu Val Met Glu Pro Glu Ser Ala Phe Ty #r Lys Ser Pro Leu Ile             340       #           345       #           350 Val Leu Asp Phe Gln Ser Leu Tyr Pro Ser Il #e Met Ile Gly Tyr Asn         355           #       360           #       365 Tyr Cys Tyr Ser Thr Met Ile Gly Arg Val Ar #g Glu Ile Asn Leu Thr     370               #   375               #   380 Glu Asn Asn Leu Gly Val Ser Lys Phe Ser Le #u Pro Arg Asn Ile Leu 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Ala Leu Leu Lys Asn Asp Val Thr Ile Ala Pr #o Asn Gly Val Val Tyr                 405   #               410   #               415 Ala Lys Thr Ser Val Arg Lys Ser Thr Leu Se #r Lys Met Leu Thr Asp             420       #           425       #           430 Ile Leu Asp Val Arg Val Met Ile Lys Lys Th #r Met Asn Glu Ile Gly         435           #       440           #       445 Asp Asp Asn Thr Thr Leu Lys Arg Leu Leu As #n Asn Lys Gln Leu Ala     450               #   455               #   460 Leu Lys Leu Leu Ala Asn Val Thr Tyr Gly Ty #r Thr Ser Ala Ser Phe 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Ser Gly Arg Met Pro Cys Ser Asp Leu Ala As #p Ser Ile Val Gln Thr                 485   #               490   #               495 Gly Arg Glu Thr Leu Glu Lys Ala Ile Asp Il #e Ile Glu Lys Asp Glu             500       #           505       #           510 Thr Trp Asn Ala Lys Val Val Tyr Gly Asp Th #r Asp Ser Leu Phe Val         515           #       520           #       525 Tyr Leu Pro Gly Lys Thr Ala Ile Glu Ala Ph #e Ser Ile Gly His Ala     530               #   535               #   540 Met Ala Glu Arg Val Thr Gln Asn Asn Pro Ly #s Pro Ile Phe Leu Lys 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Phe Glu Lys Val Tyr His Pro Ser Ile Leu Il #e Ser Lys Lys Arg Tyr                 565   #               570   #               575 Val Gly Phe Ser Tyr Glu Ser Pro Ser Gln Th #r Leu Pro Ile Phe Asp             580       #           585       #           590 Ala Lys Gly Ile Glu Thr Val Arg Arg Asp Gl #y Ile Pro Ala Gln Gln         595           #       600           #       605 Lys Ile Ile Glu Lys Cys Ile Arg Leu Leu Ph #e Gln Thr Lys Asp Leu     610               #   615               #   620 Ser Lys Ile Lys Lys Tyr Leu Gln Asn Glu Ph #e Phe Lys Ile Gln Ile 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Gly Lys Val Ser Ala Gln Asp Phe Cys Phe Al #a Lys Glu Val Lys Leu                 645   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Leu Arg Asp Asp Ser Lys Ile Glu Glu Val Ly #s Lys Ile Thr Gly Glu             20       #            25       #            30 Arg His Gly Lys Ile Val Arg Ile Val Asp Va #l Glu Lys Val Glu Lys         35           #        40           #        45 Lys Phe Leu Gly Lys Pro Ile Thr Val Trp Ly #s Leu Tyr Leu Glu His     50               #    55               #    60 Pro Gln Asp Val Pro Thr Ile Arg Glu Lys Va #l Arg Glu His Pro Ala 65                   #70                   #75                   #80 Val Val Asp Ile Phe Glu Tyr Asp Ile Pro Ph #e Ala Lys Arg Tyr Leu                 85   #                90   #                95 Ile Asp Lys Gly Leu Ile Pro Met Glu Gly Gl #u Glu Glu Leu Lys Ile             100       #           105       #           110 Leu Ala Phe Asp Ile Glu Thr Leu Tyr His Gl #u Gly Glu Glu Phe Gly         115           #       120           #       125 Lys Gly Pro Ile Ile Met Ile Ser Tyr Ala As #p Glu Asn Glu Ala Lys     130               #   135               #   140 Val Ile Thr Trp Lys Asn Ile Asp Leu Pro Ty #r Val Glu Val Val Ser 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Ser Glu Arg Glu Met Ile Lys Arg Phe Leu Ar #g Ile Ile Arg Glu Lys                 165   #               170   #               175 Asp Pro Asp Ile Ile Val Thr Tyr Asn Gly As #p Ser Phe Asp Phe Pro             180       #           185       #           190 Tyr Leu Ala Lys Arg Ala Glu Lys Leu Gly Il #e Lys Leu Thr Ile Gly         195           #       200           #       205 Arg Asp Gly Ser Glu Pro Lys Met Gln Arg Il #e Gly Asp Met Thr Ala     210               #   215               #   220 Val Glu Val Lys Gly Arg Ile His Phe Asp Le #u Tyr His Val Ile Thr 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Arg Thr Ile Asn Leu Pro Thr Tyr Thr Leu Gl #u Ala Val Tyr Glu Ala                 245   #               250   #               255 Ile Phe Gly Lys Pro Lys Glu Lys Val Tyr Al #a Asp Glu Ile Ala Lys             260       #           265       #           270 Ala Trp Glu Ser Gly Glu Asn Leu Glu Arg Va #l Ala Lys Tyr Ser Met         275           #       280           #       285 Glu Asp Ala Lys Ala Thr Tyr Glu Leu Gly Ly #s Glu Phe Leu Pro Met     290               #   295               #   300 Glu Ile Gln Leu Ser Arg Leu Val Gly Gln Pr #o Leu Trp Asp Val Ser 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Arg Ser Ser Thr Gly Asn Leu Val Glu Trp Ph #e Leu Leu Arg Lys Ala                 325   #               330   #               335 Tyr Glu Arg Asn Glu Val Ala Pro Asn Lys Pr #o Ser Glu Glu Glu Tyr             340       #           345       #           350 Gln Arg Arg Leu Arg Glu Ser Tyr Thr Gly Gl #y Phe Val Lys Glu Pro         355           #       360           #       365 Glu Lys Gly Leu Trp Glu Asn Ile Val Tyr Le #u Asp Phe Arg Ala Leu     370               #   375               #   380 Tyr Pro Ser Ile Ile Ile Thr His Asn Val Se #r Pro Asp Thr Leu Asn 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Leu Glu Gly Cys Lys Asn Tyr Asp Ile Ala Pr #o Gln Val Gly His Lys                 405   #               410   #               415 Phe Cys Lys Asp Ile Pro Gly Phe Ile Pro Se #r Leu Leu Gly His Leu             420       #           425       #           430 Leu Glu Glu Arg Gln Lys Ile Lys Thr Lys Me #t Lys Glu Thr Gln Asp         435           #       440           #       445 Pro Ile Glu Lys Ile Leu Leu Asp Tyr Arg Gl #n Lys Ala Ile Lys Leu     450               #   455               #   460 Leu Ala Asn Ser Phe Tyr Gly Tyr Tyr Gly Ty #r Ala Lys Ala Arg Trp 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Tyr Cys Lys Glu Cys Ala Glu Ser Val Thr Al #a Trp Gly Arg Lys Tyr                 485   #               490   #               495 Ile Glu Leu Val Trp Lys Glu Leu Glu Glu Ly #s Phe Gly Phe Lys Val             500       #           505       #           510 Leu Tyr Ile Asp Thr Asp Gly Leu Tyr Ala Th #r Ile Pro Gly Gly Glu         515           #       520           #       525 Ser Glu Glu Ile Lys Lys Lys Ala Leu Glu Ph #e Val Lys Tyr Ile Asn     530               #   535               #   540 Ser Lys Leu Pro Gly Leu Leu Glu Leu Glu Ty #r Glu Gly Phe Tyr Lys 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Arg Gly Phe Phe Val Thr Lys Lys Arg Tyr Al #a Val Ile Asp Glu Glu                 565   #               570   #               575 Gly Lys Val Ile Thr Arg Gly Leu Glu Ile Va #l Arg Arg Asp Trp Ser             580       #           585       #           590 Glu Ile Ala Lys Glu Thr Gln Ala Arg Val Le #u Glu Thr Ile Leu Lys         595           #       600           #       605 His Gly Asp Val Glu Glu Ala Val Arg Ile Va #l Lys Glu Val Ile Gln     610               #   615               #   620 Lys Leu Ala Asn Tyr Glu Ile Pro Pro Glu Ly #s Leu Ala Ile Tyr Glu 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Gln Ile Thr Arg Pro Leu His Glu Tyr Lys Al #a Ile Gly Pro His Val                 645   #               650   #               655 Ala Val Ala Lys Lys Leu Ala Ala Lys Gly Va #l Lys Ile Lys Pro Gly             660       #           665       #           670 Met Val Ile Gly Tyr Ile Val Leu Arg Gly As #p Gly Pro Ile Ser Asn         675           #       680           #       685 Arg Ala Ile Leu Ala Glu Glu Tyr Asp Pro Ly #s Lys His Lys Tyr Asp     690               #   695               #   700 Ala Glu Tyr Tyr Ile Glu Asn Gln Val Leu Pr #o Ala Val Leu Arg Ile 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Leu Glu Gly Phe Gly Tyr Arg                 725 <210> SEQ ID NO 33 <211> LENGTH: 702 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Sulfolobus solfataricus <400> SEQUENCE: 33 Phe Asn Asn Tyr Met Tyr Asp Ile Gly Leu Il #e Pro Gly Met Pro Tyr  1               5   #                10   #                15 Val Val Lys Asn Gly Lys Leu Glu Ser Val Ty #r Leu Ser Leu Asp Glu             20       #            25       #            30 Lys Asp Val Glu Glu Ile Lys Lys Ala Phe Al #a Asp Ser Asp Glu Met         35           #        40           #        45 Thr Arg Gln Met Ala Val Asp Trp Leu Pro Il #e Phe Glu Thr Glu Ile     50               #    55               #    60 Pro Lys Ile Lys Arg Val Ala Ile Asp Ile Gl #u Val Tyr Thr Pro Val 65                   #70                   #75                   #80 Lys Gly Arg Ile Pro Asp Ser Gln Lys Ala Gl #u Phe Pro Ile Ile Ser                 85   #                90   #                95 Ile Ala Leu Ala Gly Ser Asp Gly Leu Lys Ly #s Val Leu Val Leu Asn             100       #           105       #           110 Arg Asn Asp Val Asn Glu Gly Ser Val Lys Le #u Asp Gly Ile Ser Val         115           #       120           #       125 Glu Arg Phe Asn Thr Glu Tyr Glu Leu Leu Gl #y Arg Phe Phe Asp Ile     130               #   135               #   140 Leu Leu Glu Tyr Pro Ile Val Leu Thr Phe As #n Gly Asp Asp Phe Asp 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#       525 Asp Lys Thr Tyr Lys Phe Val Ala Phe Ser Gl #y Leu Lys Lys Asn Tyr     530               #   535               #   540 Phe Gly Val Tyr Gln Asp Gly Lys Val Asp Il #e Lys Gly Met Leu Val 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Lys Lys Arg Asn Thr Pro Glu Phe Val Lys Ly #s Val Phe Asn Glu Val                 565   #               570   #               575 Lys Glu Leu Met Ile Ser Ile Asn Ser Pro As #n Asp Val Lys Glu Ile             580       #           585       #           590 Lys Arg Lys Ile Val Asp Val Val Lys Gly Se #r Tyr Glu Lys Leu Lys         595           #       600           #       605 Asn Lys Gly Tyr Asn Leu Asp Glu Leu Ala Ph #e Lys Val Met Leu Ser     610               #   615               #   620 Lys Pro Leu Asp Ala Tyr Lys Lys Asn Thr Pr #o Gln His Val Lys Ala 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Ala Leu Gln Leu Arg Pro Phe Gly Val Asn Va #l Leu Pro Arg Asp Ile                 645   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#e Met Asn Ala Phe Tyr         435           #       440           #       445 Gly Val Leu Gly Thr Thr Ala Cys Arg Phe Ph #e Asp Pro Arg Leu Ala     450               #   455               #   460 Ser Ser Ile Thr Met Arg Gly His Gln Ile Me #t Arg Gln Thr Lys Ala 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Leu Ile Glu Ala Gln Gly Tyr Asp Val Ile Ty #r Gly Asp Thr Asp Ser                 485   #               490   #               495 Thr Phe Val Trp Leu Lys Gly Ala His Ser Gl #u Glu Glu Ala Ala Lys             500       #           505       #           510 Ile Gly Arg Ala Leu Val Gln His Val Asn Al #a Trp Trp Ala Glu Thr         515           #       520           #       525 Leu Gln Lys Gln Arg Leu Thr Ser Ala Leu Gl #u Leu Glu Tyr Glu Thr     530               #   535               #   540 His Phe Cys Arg Phe Leu Met Pro Thr Ile Ar #g Gly Ala Asp Thr Gly 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Ser Lys Lys Arg Tyr Ala Gly Leu Ile Gln Gl #u Gly Asp Lys Gln Arg                 565   #               570   #               575 Met Val Phe Lys Gly Leu Glu Thr Val Arg Th #r Asp Trp Thr Pro Leu             580       #           585       #           590 Ala Gln Gln Phe Gln Gln Glu Leu Tyr Leu Ar #g Ile Phe Arg Asn Glu         595           #       600           #       605 Pro Tyr Gln Glu Tyr Val Arg Glu Thr Ile As #p Lys Leu Met Ala Gly     610               #   615               #   620 Glu Leu Asp Ala Arg Leu Val Tyr Arg Lys Ar #g Leu Arg Arg Pro Leu 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Ser Glu Tyr Gln Arg Asn Val Pro Pro His Va #l Arg Ala Ala Arg Leu                 645   #               650   #               655 Ala Asp Glu Glu Asn Gln Lys Arg Gly Arg Pr #o Leu Gln Tyr Gln Asn             660       #           665       #           670 Arg Gly Thr Ile Lys Tyr Val Trp Thr Thr As #n Gly Pro Glu Pro Leu         675           #       680           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Glu Val Trp Lys Leu Tyr Phe Thr His Pro Gl #n Asp Val Pro Ala Ile                 85   #                90   #                95 Arg Asp Lys Ile Arg Glu His Pro Ala Val Va #l Asp Ile Tyr Glu Tyr             100       #           105       #           110 Asp Ile Pro Phe Ala Lys Arg Tyr Leu Ile As #p Arg Gly Leu Ile Pro         115           #       120           #       125 Met Glu Gly Asp Glu Glu Leu Arg Met Leu Al #a Phe Asp Ile Glu Thr     130               #   135               #   140 Leu Tyr His Glu Gly Glu Glu Phe Gly Glu Gl #y Pro Ile Leu Met Ile 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Ser Tyr Ala Asp Glu Glu Gly Ala Arg Val Il #e Thr Trp Lys Asn Ile                 165   #               170   #               175 Asp Leu Pro Tyr Val Glu Ser Val Ser Thr Gl #u Lys Glu Met Ile Lys             180       #           185       #           190 Arg Phe Leu Lys Val Ile Gln Glu Lys Asp Pr #o Asp Val Leu Ile Thr         195           #       200           #       205 Tyr Asn Gly Asp Asn Phe Asp Phe Ala Tyr Le #u Lys Lys Arg Ser Glu     210               #   215               #   220 Met Leu Gly Val Lys Phe Ile Leu Gly Arg As #p Gly Ser Glu Pro Lys 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Ile Gln Arg Met Gly Asp Arg Phe Ala Val Gl #u Val Lys Gly Arg Ile                 245   #               250   #               255 His Phe Asp Leu Tyr Pro Val Ile Arg Arg Th #r Ile Asn Leu Pro Thr             260       #           265       #           270 Tyr Thr Leu Glu Thr Val Tyr Glu Pro Val Ph #e Gly Gln Pro Lys Glu         275           #       280           #       285 Lys Val Tyr Ala Glu Glu Ile Ala Arg Ala Tr #p Glu Ser Gly Glu Gly     290               #   295               #   300 Leu Glu Arg Val Ala Arg Tyr Ser Met Glu As #p Ala Lys Ala Thr Tyr 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Glu Leu Gly Lys Glu Phe Phe Pro Met Glu Al #a Gln Leu Ser Arg Leu                 325   #               330   #               335 Val Gly Gln Ser Leu Trp Asp Val Ser Arg Se #r Ser Thr Gly Asn Leu             340       #           345       #           350 Val Glu Trp Phe Leu Leu Arg Lys Ala Tyr Gl #u Arg Asn Asp Val Ala         355           #       360           #       365 Pro Asn Lys Pro Asp Glu Arg Glu Leu Ala Ar #g Arg Thr Glu Ser Tyr     370               #   375               #   380 Ala Gly Gly Tyr Val Lys Glu Pro Glu Lys Gl #y Leu Trp Glu Asn Ile 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Val Tyr Leu Asp Tyr Lys Ser Leu Tyr Pro Se #r Ile Ile Ile Thr His                 405   #               410   #               415 Asn Val Ser Pro Asp Thr Leu Asn Arg Glu Gl #y Cys Arg Glu Tyr Asp             420       #           425       #           430 Val Ala Pro Gln Val Gly His Arg Phe Cys Ly #s Asp Phe Pro Gly Phe         435           #       440           #       445 Ile Pro Ser Leu Leu Gly Asp Leu Leu Glu Gl #u Arg Gln Lys Val Lys     450               #   455               #   460 Lys Lys Met Lys Ala Thr Val Asp Pro Ile Gl #u Arg Lys Leu Leu Asp 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Tyr Arg Gln Arg Ala Ile Lys Ile Leu Ala As #n Ser Tyr Tyr Gly Tyr                 485   #               490   #               495 Tyr Ala Tyr Ala Asn Ala Arg Trp Tyr Cys Ar #g Glu Cys Ala Glu Ser             500       #           505       #           510 Val Thr Ala Trp Gly Arg Gln Tyr Ile Glu Th #r Thr Met Arg Glu Ile         515           #       520           #       525 Glu Glu Lys Phe Gly Phe Lys Val Leu Tyr Al #a Asp Thr Asp Gly Phe     530               #   535               #   540 Phe Ala Thr Ile Pro Gly Ala Asp Ala Glu Th #r Val Lys Asn Lys Ala 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Lys Glu Phe Leu Asn Tyr Ile Asn Pro Arg Le #u Pro Gly Leu Leu Glu                 565   #               570   #               575 Leu Glu Tyr Glu Gly Phe Tyr Arg Arg Gly Ph #e Phe Val Thr Lys Lys             580       #           585       #           590 Lys Tyr Ala Val Ile Asp Glu Glu Asp Lys Il #e Thr Thr Arg Gly Leu         595           #       600           #       605 Glu Ile Val Arg Arg Asp Trp Ser Glu Ile Al #a Lys Glu Thr Gln Ala     610               #   615               #   620 Arg Val Leu Glu Ala Ile Leu Lys His Gly As #p Val Glu Glu Ala Val 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Arg Ile Val Lys Glu Val Thr Glu Lys Leu Se #r Arg His Glu Val Pro                 645   #               650   #               655 Pro Glu Lys Leu Val Ile Tyr Glu Gln Ile Th #r Arg Asp Leu Arg Ser             660       #           665       #           670 Tyr Arg Ala Thr Gly Pro His Val Ala Val Al #a Lys Arg Leu Ala Ala         675           #       680           #       685 Arg Gly Ile Lys Ile Arg Pro Gly Thr Val Il #e Ser Tyr Ile Val Leu     690               #   695               #   700 Lys Gly Pro Gly Arg Val Gly Asp Arg Ala Il #e Pro Phe Asp Glu Phe 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Asp Pro Ala Lys His Arg Tyr Asp Ala Glu Ty #r Tyr Ile Glu Asn Gln                 725   #               730   #               735 Val Leu Pro Ala Val Glu Arg Ile Leu Arg Al #a Phe Gly Tyr Arg Lys             740       #           745       #           750 Glu Asp Leu Arg Tyr Gln Lys Thr Lys Gln Al #a Gly Leu Gly Ala Trp         755           #       760           #       765 Leu Lys Pro Lys Thr     770 <210> SEQ ID NO 36 <211> LENGTH: 871 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Bacteriophage RM378 <400> SEQUENCE: 36 Met Lys Ile Thr Leu Ser Ala Ser Val Tyr Pr #o Arg Ser Met Lys Ile  1               5   #                10   #                15 Tyr Gly Val Glu Leu Ile Glu Gly Lys Lys Hi #s Leu Phe Gln Ser Pro             20       #            25       #            30 Val Pro Pro His Leu Lys Arg Ile Ala Gln Gl #n Asn Arg Gly Lys Ile         35           #        40           #        45 Glu Ala Glu Ala Ile Ser Tyr Tyr Ile Arg Gl #u Gln Lys Ser His Ile     50               #    55               #    60 Thr Pro Glu Ala Leu Ser Gln Cys Val Phe Il #e Asp Ile Glu Thr Ile 65                   #70                   #75                   #80 Ser Pro Lys Lys Ser Phe Pro Asp Pro Trp Ar #g Asp Pro Val Tyr Ser                 85   #                90   #                95 Ile Ser Ile Lys Pro Tyr Gly Lys Pro Val Va #l Val Val Leu Leu Leu             100       #           105       #           110 Ile Thr Asn Pro Glu Ala His Ile Asp Asn Ph #e Asn Lys Phe Thr Thr         115           #       120           #       125 Ser Val Gly Asp Asn Thr Phe Glu Ile His Ty #r Arg Thr Phe Leu Ser     130               #   135               #   140 Glu Lys Arg Leu Leu Glu Tyr Phe Trp Asn Va #l Leu Lys Pro Lys Phe 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Thr Phe Met Leu Ala Trp Asn Gly Tyr Gln Ph #e Asp Tyr Pro Tyr Leu                 165   #               170   #               175 Leu Ile Arg Ser His Ile His Glu Val Asn Va #l Ile Ser Asp Lys Leu             180       #           185       #           190 Leu Pro Asp Trp Lys Leu Val Arg Lys Ile Se #r Asp Arg Asn Leu Pro         195           #       200           #       205 Phe Tyr Phe Asn Pro Arg Thr Pro Val Glu Ph #e Val Phe Phe Asp Tyr     210               #   215               #   220 Met Arg Leu Tyr Arg Ser Phe Val Ala Tyr Ly #s Glu Leu Glu Ser Tyr 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Arg Leu Asp Tyr Ile Ala Arg Glu Glu Ile Gl #y Glu Gly Lys Val Asp                 245   #               250   #               255 Phe Asp Val Arg Phe Tyr His Glu Ile Pro Va #l Tyr Pro Asp Lys Lys             260       #           265       #           270 Leu Val Glu Tyr Asn Ala Val Asp Ala Ile Le #u Met Glu Glu Ile Glu         275           #       280           #       285 Asn Lys Asn His Ile Leu Pro Thr Leu Phe Gl #u Ile Ala Arg Leu Ser     290               #   295               #   300 Asn Leu Thr Pro Ala Leu Ala Leu Asn Ala Se #r Asn Ile Leu Ile Gly 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Asn Val Thr Gly Lys Leu Gly Val Lys Phe Va #l Asp Tyr Ile Lys Lys                 325   #               330   #               335 Ile Asp Thr Ile Asn Thr Met Phe Lys Lys Il #e Pro Glu Met Asn Ile             340       #           345       #           350 Asn Lys Tyr Arg Tyr Arg Gly Ala Tyr Ile Gl #u Leu Thr Asn Pro Asp         355           #       360           #       365 Ile Tyr Phe Asn Val Phe Asp Leu Asp Phe Th #r Ser Leu Tyr Pro Ser     370               #   375               #   380 Val Ile Ser Lys Phe Asn Ile Asp Pro Ala Th #r Phe Val Thr Glu Phe 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Tyr Gly Cys Met Arg Val Glu Asn Lys Val Il #e Pro Val Asp Gln Glu                 405   #               410   #               415 Glu Pro Glu Phe Gly Phe Pro Leu Tyr Ile Ph #e Asp Ser Gly Met Asn             420       #           425       #           430 Pro Ser Tyr Arg Ser Glu Pro Leu Phe Val Il #e Asn Ser Phe Glu Glu         435           #       440           #       445 Leu Arg Gln Phe Leu Lys Ser Arg Asn Ile Il #e Met Val Pro Asn Pro     450               #   455               #   460 Ser Gly Ile Cys Trp Phe Tyr Arg Lys Glu Pr #o Val Gly Val Leu Pro 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Ser Ile Ile Arg Glu Ile Phe Thr Arg Arg Ly #s Glu Glu Arg Lys Leu                 485   #               490   #               495 Phe Lys Glu Thr Gly Asn Met Glu His His Ph #e Arg Gln Trp Ala Leu             500       #           505       #           510 Lys Ile Met Met Asn Ser Met Tyr Gly Ile Ph #e Gly Asn Arg Ser Val         515           #       520           #       525 Tyr Met Gly Cys Leu Pro Ile Ala Glu Ser Va #l Thr Ala Ala Gly Arg     530               #   535               #   540 Met Ser Ile Arg Ser Val Ile Ser Gln Ile Ar #g Asp Arg Phe Ile Tyr 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Ser His Thr Asp Ser Ile Phe Val Lys Ala Ph #e Thr Asp Asp Pro Val                 565   #               570   #               575 Ala Glu Ala Gly Glu Leu Gln Glu His Leu As #n Ser Phe Ile Asn Asp             580       #           585       #           590 Tyr Met Glu Asn Asn Phe Asn Ala Arg Glu As #p Phe Lys Leu Glu Leu         595           #       600           #       605 Lys Gln Glu Phe Val Phe Lys Ser Ile Leu Il #e Lys Glu Ile Asn Arg     610               #   615               #   620 Tyr Phe Ala Val Thr Val Asp Gly Lys Glu Gl #u Met Lys Gly Ile Glu 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Val Ile Asn Ser Ser Val Pro Glu Ile Val Ly #s Lys Tyr Phe Arg Gly                 645   #               650   #               655 Tyr Leu Lys Tyr Ile Ser Gln Pro Asp Ile As #p Val Ile Ser Ala Thr             660       #           665       #           670 Ile Ala Phe Tyr Asn Asn Phe Val Ser Gln Ly #s Asn Phe Trp Ser Ile         675           #       680           #       685 Glu Asp Leu Tyr His Lys Met Lys Ile Ser Se #r Ser Asp Ser Ala Glu     690               #   695               #   700 Arg Tyr Val Glu Tyr Val Glu Glu Val Met Ly #s Met Lys Lys Glu Asn 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Val Pro Ile Ser Glu Ile Phe Ile Lys Met Ty #r Asp His Thr Leu Pro                 725   #               730   #               735 Ile His Tyr Lys Gly Ala Leu Phe Ala Ser Il #e Ile Gly Cys Lys Pro             740       #           745       #           750 Pro Gln Met Gly Asp Lys Ile Tyr Trp Phe Ty #r Cys Thr Met Leu Asp         755           #       760           #       765 Pro Ser Arg Thr Asn Leu Pro Leu Ser Leu Gl #u Glu Val Asn Pro Glu     770               #   775               #   780 His Gly Ser Gly Val Trp Asp Ile Leu Lys Al #a Gly Lys Lys Thr His 785                 7 #90                 7 #95                 8 #00 Ile Asn Arg Leu Arg Asn Ile His Ala Leu Se #r Ile Arg Glu Asp Asp                 805   #               810   #               815 Glu Glu Gly Leu Glu Ile Val Lys Lys Tyr Il #e Asp Arg Asp Lys Tyr             820       #           825       #           830 Cys Gln Ile Ile Ser Glu Lys Thr Ile Asp Le #u Leu Lys Ser Leu Gly         835           #       840           #       845 Tyr Val Glu Asn Thr Thr Lys Ile Lys Thr Va #l Glu Asp Leu Ile Arg     850               #   855               #   860 Phe Leu Val Glu Ser Glu Asn 865                 8 #70 <210> SEQ ID NO 37 <211> LENGTH: 898 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Bacteriophage RB69 <400> SEQUENCE: 37 Met Lys Glu Phe Tyr Leu Thr Val Glu Gln Il #e Gly Asp Ser Ile Phe  1               5   #                10   #                15 Glu Arg Tyr Ile Asp Ser Asn Gly Arg Glu Ar #g Thr Arg Glu Val Glu             20       #            25       #            30 Tyr Lys Pro Ser Leu Phe Ala His Cys Pro Gl #u Ser Gln Ala Thr Lys         35           #        40           #        45 Tyr Phe Asp Ile Tyr Gly Lys Pro Cys Thr Ar #g Lys Leu Phe Ala Asn     50               #    55               #    60 Met Arg Asp Ala Ser Gln Trp Ile Lys Arg Me #t Glu Asp Ile Gly Leu 65                   #70                   #75                   #80 Glu Ala Leu Gly Met Asp Asp Phe Lys Leu Al #a Tyr Leu Ser Asp Thr                 85   #                90   #                95 Tyr Asn Tyr Glu Ile Lys Tyr Asp His Thr Ly #s Ile Arg Val Ala Asn             100       #           105       #           110 Phe Asp Ile Glu Val Thr Ser Pro Asp Gly Ph #e Pro Glu Pro Ser Gln         115           #       120           #       125 Ala Lys His Pro Ile Asp Ala Ile Thr His Ty #r Asp Ser Ile Asp Asp     130               #   135               #   140 Arg Phe Tyr Val Phe Asp Leu Leu Asn Ser Pr #o Tyr Gly Asn Val Glu 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Glu Trp Ser Ile Glu Ile Ala Ala Lys Leu Gl #n Glu Gln Gly Gly Asp                 165   #               170   #               175 Glu Val Pro Ser Glu Ile Ile Asp Lys Ile Il #e Tyr Met Pro Phe Asp             180       #           185       #           190 Asn Glu Lys Glu Leu Leu Met Glu Tyr Leu As #n Phe Trp Gln Gln Lys         195           #       200           #       205 Thr Pro Val Ile Leu Thr Gly Trp Asn Val Gl #u Ser Phe Asp Ile Pro     210               #   215               #   220 Tyr Val Tyr Asn Arg Ile Lys Asn Ile Phe Gl #y Glu Ser Thr Ala Lys 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Arg Leu Ser Pro His Arg Lys Thr Arg Val Ly #s Val Ile Glu Asn Met                 245   #               250   #               255 Tyr Gly Ser Arg Glu Ile Ile Thr Leu Phe Gl #y Ile Ser Val Leu Asp             260       #           265       #           270 Tyr Ile Asp Leu Tyr Lys Lys Phe Ser Phe Th #r Asn Gln Pro Ser Tyr         275           #       280           #       285 Ser Leu Asp Tyr Ile Ser Glu Phe Glu Leu As #n Val Gly Lys Leu Lys     290               #   295               #   300 Tyr Asp Gly Pro Ile Ser Lys Leu Arg Glu Se #r Asn His Gln Arg Tyr 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Ile Ser Tyr Asn Ile Ile Asp Val Tyr Arg Va #l Leu Gln Ile Asp Ala                 325   #               330   #               335 Lys Arg Gln Phe Ile Asn Leu Ser Leu Asp Me #t Gly Tyr Tyr Ala Lys             340       #           345       #           350 Ile Gln Ile Gln Ser Val Phe Ser Pro Ile Ly #s Thr Trp Asp Ala Ile         355           #       360           #       365 Ile Phe Asn Ser Leu Lys Glu Gln Asn Lys Va #l Ile Pro Gln Gly Arg     370               #   375               #   380 Ser His Pro Val Gln Pro Tyr Pro Gly Ala Ph #e Val Lys Glu Pro Ile 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Pro Asn Arg Tyr Lys Tyr Val Met Ser Phe As #p Leu Thr Ser Leu Tyr                 405   #               410   #               415 Pro Ser Ile Ile Arg Gln Val Asn Ile Ser Pr #o Glu Thr Ile Ala Gly             420       #           425       #           430 Thr Phe Lys Val Ala Pro Leu His Asp Tyr Il #e Asn Ala Val Ala Glu         435           #       440           #       445 Arg Pro Ser Asp Val Tyr Ser Cys Ser Pro As #n Gly Met Met Tyr Tyr     450               #   455               #   460 Lys Asp Arg Asp Gly Val Val Pro Thr Glu Il #e Thr Lys Val Phe Asn 465                 4 #70                 4 #75                 4 #80 Gln Arg Lys Glu His Lys Gly Tyr Met Leu Al #a Ala Gln Arg Asn Gly                 485   #               490   #               495 Glu Ile Ile Lys Glu Ala Leu His Asn Pro As #n Leu Ser Val Asp Glu             500       #           505       #           510 Pro Leu Asp Val Asp Tyr Arg Phe Asp Phe Se #r Asp Glu Ile Lys Glu         515           #       520           #       525 Lys Ile Lys Lys Leu Ser Ala Lys Ser Leu As #n Glu Met Leu Phe Arg     530               #   535               #   540 Ala Gln Arg Thr Glu Val Ala Gly Met Thr Al #a Gln Ile Asn Arg Lys 545                 5 #50                 5 #55                 5 #60 Leu Leu Ile Asn Ser Leu Tyr Gly Ala Leu Gl #y Asn Val Trp Phe Arg                 565   #               570   #               575 Tyr Tyr Asp Leu Arg Asn Ala Thr Ala Ile Th #r Thr Phe Gly Gln Met             580       #           585       #           590 Ala Leu Gln Trp Ile Glu Arg Lys Val Asn Gl #u Tyr Leu Asn Glu Val         595           #       600           #       605 Cys Gly Thr Glu Gly Glu Ala Phe Val Leu Ty #r Gly Asp Thr Asp Ser     610               #   615               #   620 Ile Tyr Val Ser Ala Asp Lys Ile Ile Asp Ly #s Val Gly Glu Ser Lys 625                 6 #30                 6 #35                 6 #40 Phe Arg Asp Thr Asn His Trp Val Asp Phe Le #u Asp Lys Phe Ala Arg                 645   #               650   #               655 Glu Arg Met Glu Pro Ala Ile Asp Arg Gly Ph #e Arg Glu Met Cys Glu             660       #           665       #           670 Tyr Met Asn Asn Lys Gln His Leu Met Phe Me #t Asp Arg Glu Ala Ile         675           #       680           #       685 Ala Gly Pro Pro Leu Gly Ser Lys Gly Ile Gl #y Gly Phe Trp Thr Gly     690               #   695               #   700 Lys Lys Arg Tyr Ala Leu Asn Val Trp Asp Me #t Glu Gly Thr Arg Tyr 705                 7 #10                 7 #15                 7 #20 Ala Glu Pro Lys Leu Lys Ile Met Gly Leu Gl #u Thr Gln Lys Ser Ser                 725   #               730   #               735 Thr Pro Lys Ala Val Gln Lys Ala Leu Lys Gl #u Cys Ile Arg Arg Met             740       #           745       #           750 Leu Gln Glu Gly Glu Glu Ser Leu Gln Glu Ty #r Phe Lys Glu Phe Glu         755           #       760           #       765 Lys Glu Phe Arg Gln Leu Asn Tyr Ile Ser Il #e Ala Ser Val Ser Ser     770               #   775               #   780 Ala Asn Asn Ile Ala Lys Tyr Asp Val Gly Gl #y Phe Pro Gly Pro Lys 785                 7 #90                 7 #95                 8 #00 Cys Pro Phe His Ile Arg Gly Ile Leu Thr Ty #r Asn Arg Ala Ile Lys                 805   #               810   #               815 Gly Asn Ile Asp Ala Pro Gln Val Val Glu Gl #y Glu Lys Val Tyr Val             820       #           825       #           830 Leu Pro Leu Arg Glu Gly Asn Pro Phe Gly As #p Lys Cys Ile Ala Trp         835           #       840           #       845 Pro Ser Gly Thr Glu Ile Thr Asp Leu Ile Ly #s Asp Asp Val Leu His     850               #   855               #   860 Trp Met Asp Tyr Thr Val Leu Leu Glu Lys Th #r Phe Ile Lys Pro Leu 865                 8 #70                 8 #75                 8 #80 Glu Gly Phe Thr Ser Ala Ala Lys Leu Asp Ty #r Glu Lys Lys Ala Ser                 885   #               890   #               895 Leu Phe <210> SEQ ID NO 38 <211> LENGTH: 394 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Autographa californica nucleopolynedrovi #rus <400> SEQUENCE: 38 Met Leu His Val Ser Arg Leu Leu Ala Asn Gl 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#               255 Val Tyr Leu Asn Met His Lys Asn Gln Ser Ar #g Ala Glu Asn Pro Thr             260       #           265       #           270 Lys Leu Ala Gln Leu Val Ile Asn Gly Glu Hi #s Asp Asp Phe Leu Ala         275           #       280           #       285 Leu Phe Pro His Leu Lys Ser Val Ile Lys Pr #o Tyr Val Asp Ala Arg     290               #   295               #   300 Asn Thr Phe Thr Asn Glu Ser Thr Ile Asn Il #e Met Val Ser Gly Leu 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Thr Leu Asn Gln Gln Arg Phe Asn Glu Leu Va #l Gln Thr Leu Pro Trp                 325   #               330   #               335 Lys Cys Leu Ala Tyr Arg Cys Arg Lys Ala Gl #n Thr Ile Asp Val Glu             340       #           345       #           350 Ser Glu Phe Leu Lys Leu Thr Glu Pro Glu Ly #s Ile Lys Met Ile Lys         355           #       360           #       365 Asn Ile Ile Lys Phe Val Ser Thr Lys Gln Al #a Leu Asn Asn Lys Leu     370               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#r Tyr Leu Asp Gly Asp             100       #           105       #           110 Glu Ile Leu Phe Lys Ser Lys Gly Ser Ile Ly #s Ser Glu Gln Ala Leu         115           #       120           #       125 Met Ala Asn Gly Ile Leu Met Asn Ile Asn Hi #s His Arg Leu Arg Asp     130               #   135               #   140 Arg Leu Lys Glu Leu Ala Glu Asp Gly Phe Th #r Ala Asn Phe Glu Phe 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Val Ala Pro Thr Asn Arg Ile Val Leu Ala Ty #r Gln Glu Met Lys Ile                 165   #               170   #               175 Ile Leu Leu Asn Val Arg Glu Asn Glu Thr Gl #y Glu Tyr Ile Ser Tyr             180       #           185       #           190 Asp Asp Ile Tyr Lys Asp Ala Thr Leu Arg Pr #o Tyr Leu Val Glu Arg         195           #       200           #       205 Tyr Glu Ile Asp Ser Pro Lys Trp Ile Glu Gl #u Ala Lys Asn Ala Glu     210               #   215               #   220 Asn Ile Glu Gly Tyr Val Ala Val Met Lys As 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#                95 Tyr Tyr Gln Thr Leu Arg Tyr Ala Ser Pro Le #u Asn Glu Lys Arg Lys             100       #           105       #           110 Ala Gly Phe Met Phe Lys Leu Pro Met Lys Le #u Val Glu Lys Leu Asp         115           #       120           #       125 Gly Thr Cys Val Val Leu Tyr Tyr Asp Glu Gl #y Trp Lys Ile His Thr     130               #   135               #   140 Leu Gly Ser Ile Asp Ala Asn Gly Ser Ile Va #l Lys Asn Gly Met Val 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Thr Thr His Met Asp Lys Thr Tyr Arg Glu Le #u Phe Trp Glu Thr Phe                 165   #               170   #               175 Glu Lys Lys Tyr Pro Pro Tyr Leu Leu Tyr Hi #s Leu Asn Ser Ser Tyr             180       #           185       #           190 Cys Tyr Ile Phe Glu Met Val His Pro Asp Al #a Arg Val Val Val Pro         195           #       200           #       205 Tyr Glu Glu Pro Asn Ile Ile Leu Ile Gly Va #l Arg Ser Val Asp Pro     210               #   215               #   220 Glu Lys Gly Tyr Phe Glu Val Gly Pro Ser Gl #u Glu Ala Val Arg Ile 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Phe Asn Glu Ser Gly Gly Lys Ile Asn Leu Ly #s Leu Pro Ala Val Leu                 245   #               250   #               255 Ser Gln Glu Gln Asn Tyr Thr Leu Phe Arg Al #a Asn Arg Leu Gln Glu             260       #           265       #           270 Leu Phe Glu Glu Val Thr Pro Leu Phe Lys Se #r Leu Arg Asp Gly Tyr         275           #       280           #       285 Glu Val Val Tyr Glu Gly Phe Val Ala Val Gl #n Glu Ile Ala Pro Arg     290               #   295               #   300 Val Tyr Tyr Arg Thr Lys Ile Lys His Pro Va #l Tyr Leu Glu Leu His 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Arg Ile Lys Thr Thr Ile Thr Pro Glu Lys Le #u Ala Asp Leu Phe Leu                 325   #               330   #               335 Glu Asn Lys Leu Asp Asp Phe Val Leu Thr Pr #o Asp Glu Gln Glu Thr             340       #           345       #           350 Val Met Lys Leu Lys Glu Ile Tyr Thr Asp Me #t Arg Asn Gln Leu Glu         355           #       360           #       365 Ser Ser Phe Asp Thr Ile Tyr Lys Glu Ile Se #r Glu Gln Val Ser Pro     370               #   375               #   380 Glu Glu Asn Pro Gly Glu Phe Arg Lys Arg Ph #e Ala Leu Arg Leu Met 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Asp Tyr His Asp Lys Ser Trp Phe Phe Ala Ar #g Leu Asp Gly Asp Glu                 405   #               410   #               415 Glu Lys Met Gln Lys Ser Glu Lys Lys Leu Le #u Thr Glu Arg Ile Glu             420       #           425       #           430 Lys Gly Leu Phe Lys         435 <210> SEQ ID NO 41 <211> LENGTH: 300 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Escherichia coli <400> SEQUENCE: 41 Met Val Gln Ile Pro Gln Asn Pro Leu Ile Le #u Val Asp Gly Ser Ser  1               5   #                10   #                15 Tyr Leu Tyr Arg Ala Tyr His Ala Phe Pro Pr #o Leu Thr Asn Ser Ala             20       #            25       #            30 Gly Glu Pro Thr Gly Ala Met Tyr Gly Val Le #u Asn Met Leu Arg Ser         35           #        40           #        45 Leu Ile Met Gln Tyr Lys Pro Thr His Ala Al #a Val Val Phe Asp Ala     50               #    55               #    60 Lys Gly Lys Thr Phe Arg Asp Glu Leu Phe Gl #u His Tyr Lys Ser His 65                   #70                   #75                   #80 Arg Pro Pro Met Pro Asp Asp Leu Arg Ala Gl #n Ile Glu Pro Leu His                 85   #                90   #                95 Ala Met Val Lys Ala Met Gly Leu Pro Leu Le #u Ala Val Ser Gly Val             100       #           105       #           110 Glu Ala Asp Asp Val Ile Gly Thr Leu Ala Ar #g Glu Ala Glu Lys Ala         115           #       120           #       125 Gly Arg Pro Val Leu Ile Ser Thr Gly Asp Ly #s Asp Met Ala Gln Leu     130               #   135               #   140 Val Thr Pro Asn Ile Thr Leu Ile Asn Thr Me #t Thr Asn Thr Ile Leu 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Gly Pro Glu Glu Val Val Asn Lys Tyr Gly Va #l Pro Pro Glu Leu Ile                 165   #               170   #               175 Ile Asp Phe Leu Ala Leu Met Gly Asp Ser Se #r Asp Asn Ile Pro Gly             180       #           185       #           190 Val Pro Gly Val Gly Glu Lys Thr Ala Gln Al #a Leu Leu Gln Gly Leu         195           #       200           #       205 Gly Gly Leu Asp Thr Leu Tyr Ala Glu Pro Gl #u Lys Ile Ala Gly Leu     210               #   215               #   220 Ser Phe Arg Gly Ala Lys Thr Met Ala Ala Ly #s Leu Glu Gln Asn Lys 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Glu Val Ala Tyr Leu Ser Tyr Gln Leu Ala Th #r Ile Lys Thr Asp Val                 245   #               250   #               255 Glu Leu Glu Leu Thr Cys Glu Gln Leu Glu Va #l Gln Gln Pro Ala Ala             260       #           265       #           270 Glu Glu Leu Leu Gly Leu Phe Lys Lys Tyr Gl #u Phe Lys Arg Trp Thr         275           #       280           #       285 Ala Asp Val Glu Ala Gly Lys Trp Leu Gln Al #a Lys     290               #   295               #   300 <210> SEQ ID NO 42 <211> LENGTH: 300 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Thermus aquaticaus <400> SEQUENCE: 42 Met Arg Gly Met Leu Pro Leu Phe Glu Pro Ly #s Gly Arg Val Leu Leu  1               5   #                10   #                15 Val Asp Gly His His Leu Ala Tyr Arg Thr Ph #e His Ala Leu Lys Gly             20       #            25       #            30 Leu Thr Thr Ser Arg Gly Glu Pro Val Gln Al #a Val Tyr Gly Phe Ala         35           #        40           #        45 Lys Ser Leu Leu Lys Ala Leu Lys Glu Asp Gl #y Asp Ala Val Ile Val     50               #    55               #    60 Val Phe Asp Ala Lys Ala Pro Ser Phe Arg Hi #s Glu Ala Tyr Gly Gly 65                   #70                   #75                   #80 Tyr Lys Ala Gly Arg Ala Pro Thr Pro Glu As #p Phe Pro Arg Gln Leu                 85   #                90   #                95 Ala Leu Ile Lys Glu Leu Val Asp Leu Leu Gl #y Leu Ala Arg Leu Glu             100       #           105       #           110 Val Pro Gly Tyr Glu Ala Asp Asp Val Leu Al #a Ser Leu Ala Lys Lys         115           #       120           #       125 Ala Glu Lys Glu Gly Tyr Glu Val Arg Ile Le #u Thr Ala Asp Lys Asp     130               #   135               #   140 Leu Tyr Gln Leu Leu Ser Asp Arg Ile His Va #l Leu His Pro Glu Gly 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Tyr Leu Ile Thr Pro Ala Trp Leu Trp Glu Ly #s Tyr Gly Leu Arg Pro                 165   #               170   #               175 Asp Gln Trp Ala Asp Tyr Arg Ala Leu Thr Gl #y Asp Glu Ser Asp Asn             180       #           185       #           190 Leu Pro Gly Val Lys Gly Ile Gly Glu Lys Th #r Ala Arg Lys Leu Leu         195           #       200           #       205 Glu Glu Trp Gly Ser Leu Glu Ala Leu Leu Ly #s Asn Leu Asp Arg Leu     210               #   215               #   220 Lys Pro Ala Ile Arg Glu Lys Ile Leu Ala Hi #s Met Asp Asp Leu Lys 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Leu Ser Trp Asp Leu Ala Lys Val Arg Thr As #p Leu Pro Leu Glu Val                 245   #               250   #               255 Asp Phe Ala Lys Arg Arg Glu Pro Asp Arg Gl #u Arg Leu Arg Ala Phe             260       #           265       #           270 Leu Glu Arg Leu Glu Phe Gly Ser Leu Leu Hi #s Glu Phe Gly Leu Leu         275           #       280           #       285 Glu Ser Pro Lys Ala Leu Glu Glu Ala Pro Tr #p Pro     290               #   295               #   300 <210> SEQ ID NO 43 <211> LENGTH: 318 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Bacteriophage RM378 <400> SEQUENCE: 43 Met Lys Arg Leu Arg Asn Met Val Asn Leu Il #e Asp Leu Lys Asn Gln  1               5   #                10   #                15 Tyr Tyr Ala Tyr Ser Phe Lys Phe Phe Asp Se #r Tyr Gln Ile Ser Trp             20       #            25       #            30 Asp Asn Tyr Pro His Leu Lys Glu Phe Val Il #e Glu Asn Tyr Pro Gly         35           #        40           #        45 Thr Tyr Phe Ser Cys Tyr Ala Pro Gly Ile Le #u Tyr Lys Leu Phe Leu     50               #    55               #    60 Lys Trp Lys Arg Gly Met Ile Ile Asp Asp Ty #r Asp Arg His Pro Leu 65                   #70                   #75                   #80 Arg Lys Lys Leu Leu Pro Gln Tyr Lys Glu Hi #s Arg Tyr Glu Tyr Ile                 85   #                90   #                95 Glu Gly Lys Tyr Gly Val Val Pro Phe Pro Gl #y Phe Leu Lys Tyr Leu             100       #           105       #           110 Lys Phe His Phe Glu Asp Leu Arg Phe Lys Me #t Arg Asp Leu Gly Ile         115           #       120           #       125 Thr Asp Phe Lys Tyr Ala Leu Ala Ile Ser Le #u Phe Tyr Asn Arg Val     130               #   135               #   140 Met Leu Arg Asp Phe Leu Lys Asn Phe Thr Cy #s Tyr Tyr Ile Ala Glu 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Tyr Glu Ala Asp Asp Val Ile Ala His Leu Al #a Arg Glu Ile Ala Arg                 165   #               170   #               175 Ser Asn Ile Asp Val Asn Ile Val Ser Thr As #p Lys Asp Tyr Tyr Gln             180       #           185       #           190 Leu Trp Asp Glu Glu Asp Ile Arg Glu Arg Va #l Tyr Ile Asn Ser Leu         195           #       200           #       205 Ser Cys Ser Asp Val Lys Thr Pro Arg Tyr Gl #y Phe Leu Thr Ile Lys     210               #   215               #   220 Ala Leu Leu Gly Asp Lys Ser Asp Asn Ile Pr #o Lys Ser Leu Glu Lys 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Gly Lys Gly Glu Lys Tyr Leu Glu Lys Lys Gl #y Phe Ala Glu Glu Asp                 245   #               250   #               255 Tyr Asp Lys Glu Leu Phe Glu Asn Asn Leu Ly #s Val Ile Arg Phe Gly             260       #           265       #           270 Asp Glu Tyr Leu Gly Glu Arg Asp Lys Ser Ph #e Ile Glu Asn Phe Ser         275           #       280           #       285 Thr Gly Asp Thr Leu Trp Asn Phe Tyr Glu Ph #e Phe Tyr Tyr Asp Pro     290               #   295               #   300 Leu His Glu Leu Phe Leu Arg Asn Ile Arg Ly #s Arg Arg Leu 305                 3 #10                 3 #15 <210> SEQ ID NO 44 <211> LENGTH: 305 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Bacteriophage T4 <400> SEQUENCE: 44 Met Asp Leu Glu Met Met Leu Asp Glu Asp Ty #r Lys Glu Gly Ile Cys  1               5   #                10   #                15 Leu Ile Asp Phe Ser Gln Ile Ala Leu Ser Th #r Ala Leu Val Asn Phe             20       #            25       #            30 Pro Asp Lys Glu Lys Ile Asn Leu Ser Met Va #l Arg His Leu Ile Leu         35           #        40           #        45 Asn Ser Ile Lys Phe Asn Val Lys Lys Ala Ly #s Thr Leu Gly Tyr Thr     50               #    55               #    60 Lys Ile Val Leu Cys Ile Asp Asn Ala Lys Se #r Gly Tyr Trp Arg Arg 65                   #70                   #75                   #80 Asp Phe Ala Tyr Tyr Tyr Lys Lys Asn Arg Gl #y Lys Ala Arg Glu Glu                 85   #                90   #                95 Ser Thr Trp Asp Trp Glu Gly Tyr Phe Glu Se #r Ser His Lys Val Ile             100       #           105       #           110 Asp Glu Leu Lys Ala Tyr Met Pro Tyr Ile Va #l Met Asp Ile Asp Lys         115           #       120           #       125 Tyr Glu Ala Asp Asp His Ile Ala Val Leu Va #l Lys Lys Phe Ser Leu     130               #   135               #   140 Glu Gly His Lys Ile Leu Ile Ile Ser Ser As #p Gly Asp Phe Thr Gln 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Leu His Lys Tyr Pro Asn Val Lys Gln Trp Se #r Pro Met His Lys Lys                 165   #               170   #               175 Trp Val Lys Ile Lys Ser Gly Ser Ala Glu Il #e Asp Cys Met Thr Lys             180       #           185       #           190 Ile Leu Lys Gly Asp Lys Lys Asp Asn Val Al #a Ser Val Lys Val Arg         195           #       200           #       205 Ser Asp Phe Trp Phe Thr Arg Val Glu Gly Gl #u Arg Thr Pro Ser Met     210               #   215               #   220 Lys Thr Ser Ile Val Glu Ala Ile Ala Asn As #p Arg Glu Gln Ala Lys 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Val Leu Leu Thr Glu Ser Glu Tyr Asn Arg Ty #r Lys Glu Asn Leu Val                 245   #               250   #               255 Leu Ile Asp Phe Asp Tyr Ile Pro Asp Asn Il #e Ala Ser Asn Ile Val             260       #           265       #           270 Asn Tyr Tyr Asn Ser Tyr Lys Leu Pro Pro Ar #g Gly Lys Ile Tyr Ser         275           #       280           #       285 Tyr Phe Val Lys Ala Gly Leu Ser Lys Leu Th #r Asn Ser Ile Asn Glu     290               #   295               #   300 Phe 305 <210> SEQ ID NO 45 <211> LENGTH: 300 <212> TYPE: PRT 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        115           #       120           #       125 Arg Glu Pro Met Leu Glu Gly Asp Asp Val Me #t Gly Val Ile Ala Ser     130               #   135               #   140 Asn Pro Ser Ala Phe Gly Ala Arg Lys Ala Va #l Ile Ile Ser Cys Asp 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Lys Asp Phe Lys Thr Ile Pro Asn Cys Asp Ph #e Leu Trp Cys Thr Thr                 165   #               170   #               175 Gly Asn Ile Leu Thr Gln Thr Glu Glu Ser Al #a Asp Trp Trp His Leu             180       #           185       #           190 Phe Gln Thr Ile Lys Gly Asp Ile Thr Asp Gl #y Tyr Ser Gly Ile Ala         195           #       200           #       205 Gly Trp Gly Asp Thr Ala Glu Asp Phe Leu As #n Asn Pro Phe Ile Thr     210               #   215               #   220 Glu Pro Lys Thr Ser Val Leu Lys Ser Gly Ly #s Asn Lys Gly Gln Glu 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Val Thr Lys Trp Val Lys Arg Asp Pro Glu Pr #o His Glu Thr Leu Trp                 245   #               250   #               255 Asp Cys Ile Lys Ser Ile Gly Ala Lys Ala Gl #y Met Thr Glu Glu Asp             260       #           265       #           270 Ile Ile Lys Gln Gly Gln Met Ala Arg Ile Le #u Arg Phe Asn Glu Tyr         275           #       280           #       285 Asn Phe Ile Asp Lys Glu Ile Tyr Leu Trp Ar #g Pro     290               #   295               #   300 <210> SEQ ID NO 46 <211> LENGTH: 287 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Escherichia coli <400> SEQUENCE: 46 Val Leu Asp Ala Thr Val Ala Arg Ile Glu Gl #n Leu Phe Gln Gln Pro  1               5   #                10   #                15 His Asp Gly Val Thr Gly Val Asn Thr Gly Ty #r Asp Asp Leu Asn Lys             20       #            25       #            30 Lys Thr Ala Gly Leu Gln Pro Ser Asp Leu Il #e Ile Val Ala Ala Arg         35           #        40           #        45 Pro Ser Met Gly Lys Thr Thr Phe Ala Met As #n Leu Val Glu Asn Ala     50               #    55               #    60 Ala Met Leu Gln Asp Lys Pro Val Leu Ile Ph #e Ser Leu Glu Met Pro 65                   #70                   #75                   #80 Ser Glu Gln Ile Met Met Arg Ser Leu Ala Se #r Leu Ser Arg Val Asp                 85   #                90   #                95 Gln Thr Lys Ile Arg Thr Gly Gln Leu Asp As #p Glu Asp Trp Ala Arg             100       #           105       #           110 Ile Ser Gly Thr Met Gly Ile Leu Leu Glu Ly #s Arg Asn Ile Tyr Ile         115           #       120           #       125 Asp Asp Ser Ser Gly Leu Thr Pro Thr Glu Va #l Arg Ser Arg Ala Arg     130               #   135               #   140 Arg Ile Ala Arg Glu His Gly Gly Ile Gly Le #u Ile Met Ile Asp Tyr 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Leu Gln Leu Met Arg Val Pro Ala Leu Ser As #p Asn Arg Thr Leu Glu                 165   #               170   #               175 Ile Ala Glu Ile Ser Arg Ser Leu Lys Ala Le #u Ala Lys Glu Leu Asn             180       #           185       #           190 Val Pro Val Val Ala Leu Ser Gln Leu Asn Ar #g Ser Leu Glu Gln Arg         195           #       200           #       205 Ala Asp Lys Arg Pro Val Asn Ser Asp Leu Ar #g Glu Ser Gly Ser Ile     210               #   215               #   220 Glu Gln Asp Ala Asp Leu Ile Met Phe Ile Ty #r Arg Asp Glu Val Tyr 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 His Glu Asn Ser Asp Leu Lys Gly Ile Ala Gl #u Ile Ile Ile Gly Lys                 245   #               250   #               255 Gln Arg Asn Gly Pro Ile Gly Thr Val Arg Le #u Thr Phe Asn Gly Gln             260       #           265       #           270 Trp Ser Arg Phe Asp Asn Tyr Ala Gly Pro Gl #n Tyr Asp Asp Glu         275           #       280           #       285 <210> SEQ ID NO 47 <211> LENGTH: 291 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Haemophilus influenza <400> SEQUENCE: 47 Val Leu Glu Ser Thr Ile Glu Lys Ile Asp Il #e Leu Ser Lys Leu Glu  1               5   #                10   #                15 Asn His Ser Gly Val Thr Gly Val Thr Thr Gl #y Phe Thr Asp Leu Asp             20       #            25       #            30 Lys Lys Thr Ala Gly Leu Gln Pro Ser Asp Le #u Ile Ile Val Ala Ala         35           #        40           #        45 Arg Pro Ser Met Gly Lys Thr Thr Phe Ala Me #t Asn Leu Cys Glu Asn     50               #    55               #    60 Ala Ala Met Ala Ser Glu Lys Pro Val Leu Va #l Phe Ser Leu Glu Met 65                   #70                   #75                   #80 Pro Ala Glu Gln Ile Met Met Arg Met Ile Al #a Ser Leu Ala Arg Val                 85   #                90   #                95 Asp Gln Thr Lys Ile Arg Thr Gly Gln Asn Le #u Asp Glu Ile Glu Trp             100       #           105       #           110 Asn Lys Ile Ala Ser Val Val Gly Met Phe Ly #s Gln Lys Asn Asn Leu         115           #       120           #       125 Phe Ile Asp Asp Ser Ser Gly Leu Thr Pro Th #r Asp Val Arg Ser Arg     130               #   135               #   140 Ala Arg Arg Val Tyr Arg Glu Asn Gly Gly Le #u Ser Met Ile Met Val 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Asp Tyr Leu Gln Leu Met Arg Ala Pro Ala Ph #e Ser Asp Asn Arg Thr                 165   #               170   #               175 Leu Glu Ile Ala Glu Ile Ser Arg Ser Leu Ly #s Ala Leu Ala Lys Glu             180       #           185       #           190 Leu Gln Val Pro Val Val Ala Leu Ser Gln Le #u Asn Arg Thr Leu Glu         195           #       200           #       205 Gln Arg Gly Asp Lys Arg Pro Val Asn Ser As #p Leu Arg Glu Ser Gly     210               #   215               #   220 Ser Ile Glu Gln Asp Ala Asp Leu Ile Met Ph #e Ile Tyr Arg Asp Glu 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Val Tyr Asn Asp Asn Ser Glu Asp Lys Gly Va #l Ala Glu Ile Ile Ile                 245   #               250   #               255 Gly Lys Gln Arg Asn Gly Pro Ile Gly Arg Va #l Arg Leu Lys Phe Asn             260       #           265       #           270 Gly Gln Phe Ser Arg Phe Asp Asn Leu Ala Gl #u Gln Arg Glu Tyr Arg         275           #       280           #       285 Asp Asp Tyr     290 <210> SEQ ID NO 48 <211> LENGTH: 287 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Chlamydomonas trachomatis <400> SEQUENCE: 48 Ala Leu Gln Glu Arg Gln Glu Ala Phe Gln Al #a Ser Ala His Asp Ser  1               5   #                10   #                15 Ser Ser Pro Met Leu Ser Gly Phe Pro Thr Hi #s Phe Leu Asp Leu Asp             20       #            25       #            30 Lys Met Ile Ser Gly Phe Ser Pro Ser Asn Le #u Ile Ile Leu Ala Ala         35           #        40           #        45 Arg Pro Ala Met Gly Lys Thr Ala Leu Ala Le #u Asn Ile Val Glu Asn     50               #    55               #    60 Phe Cys Phe Asp Ser Arg Leu Pro Val Gly Il #e Phe Ser Leu Glu Met 65                   #70                   #75                   #80 Thr Val Asp Gln Leu Ile His Arg Ile Ile Cy #s Ser Arg Ser Glu Val                 85   #                90   #                95 Glu Ala Lys Lys Ile Ser Val Gly Asp Ile Se #r Gly Arg Asp Phe Gln             100       #           105       #           110 Arg Val Val Ser Val Val Arg Glu Met Glu Gl #u His Thr Leu Leu Ile         115           #       120           #       125 Asp Asp Tyr Pro Gly Leu Lys Ile Thr Asp Le #u Arg Ala Arg Ala Arg     130               #   135               #   140 Arg Met Lys Glu Ser Tyr Asp Ile Gln Phe Le #u Val Ile Asp Tyr Leu 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Gln Leu Ile Ser Ser Ser Gly Asn Leu Arg As #n Ser Asp Ser Arg Asn                 165   #               170   #               175 Gln Glu Ile Ser Glu Ile Ser Arg Met Leu Ly #s Asn Leu Ala Arg Glu             180       #           185       #           190 Leu Asn Ile Pro Ile Leu Cys Leu Ser Gln Le #u Ser Arg Lys Val Glu         195           #       200           #       205 Asp Arg Ala Asn His Arg Pro Leu Met Ser As #p Leu Arg Glu Ser Gly     210               #   215               #   220 Ser Ile Glu Gln Asp Ala Asp Gln Ile Met Ph #e Leu Leu Arg Arg Glu 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Tyr Tyr Asp Pro Asn Asp Lys Pro Gly Thr Al #a Glu Leu Ile Val Ala                 245   #               250   #               255 Lys Asn Arg His Gly Ser Ile Gly Ser Val Gl #n Leu Val Phe Glu Lys             260       #           265       #           270 Asp Phe Ala Arg Phe Arg Asn Tyr Ala Gly Cy #s Glu Phe Pro Gly         275           #       280           #       285 <210> SEQ ID NO 49 <211> LENGTH: 290 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Bacillus stearothermophilus <400> SEQUENCE: 49 Ile Leu Val Gln Thr Tyr Asp Asn Ile Glu Me #t Leu His Asn Arg Asp  1               5   #                10   #                15 Gly Glu Ile Thr Gly Ile Pro Thr Gly Phe Th #r Glu Leu Asp Arg Met             20       #            25       #            30 Thr Ser Gly Phe Gln Arg Ser Asp Leu Ile Il #e Val Ala Ala Arg Pro         35           #        40           #        45 Ser Val Gly Lys Thr Ala Phe Ala Leu Asn Il #e Ala Gln Asn Val Ala     50               #    55               #    60 Thr Lys Thr Asn Glu Asn Val Ala Ile Phe Se #r Leu Glu Met Ser Ala 65                   #70                   #75                   #80 Gln Gln Leu Val Met Arg Met Leu Cys Ala Gl #u Gly Asn Ile Asn Ala                 85   #                90   #                95 Gln Asn Leu Arg Thr Gly Lys Leu Thr Pro Gl #u Asp Trp Gly Lys Leu             100       #           105       #           110 Thr Met Ala Met Gly Ser Leu Ser Asn Ala Gl #y Ile Tyr Ile Asp Asp         115           #       120           #       125 Thr Pro Ser Ile Arg Val Ser Asp Ile Arg Al #a Lys Cys Arg Arg Leu     130               #   135               #   140 Lys Gln Glu Ser Gly Leu Gly Met Ile Val Il #e Asp Tyr Leu Gln Leu 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Ile Gln Gly Ser Gly Arg Ser Lys Glu Asn Ar #g Gln Gln Glu Val Ser                 165   #               170   #               175 Glu Ile Ser Arg Ser Leu Lys Ala Leu Ala Ar #g Glu Leu Glu Val Pro             180       #           185       #           190 Val Ile Ala Leu Ser Gln Leu Ser Arg Ser Va #l Glu Gln Arg Gln Asp         195           #       200           #       205 Lys Arg Pro Met Met Ser Asp Ile Arg Glu Se #r Gly Ser Ile Glu Gln     210               #   215               #   220 Asp Ala Asp Ile Val Ala Phe Leu Tyr Arg As #p Asp Tyr Tyr Asn Lys 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Asp Ser Glu Asn Lys Asn Ile Ile Glu Ile Il #e Ile Ala Lys Gln Arg                 245   #               250   #               255 Asn Gly Pro Val Gly Thr Val Gln Leu Ala Ph #e Ile Lys Glu Tyr Asn             260       #           265       #           270 Lys Phe Val Asn Leu Glu Arg Arg Phe Asp Gl 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#p Gln Trp Glu Asn Leu             100       #           105       #           110 Ala Lys Cys Phe Asp His Leu Ser Gln Lys Ly #s Leu Phe Phe Tyr Asp         115           #       120           #       125 Lys Ser Tyr Val Arg Ile Glu Gln Ile Arg Le #u Gln Leu Arg Lys Leu     130               #   135               #   140 Lys Ser Gln His Lys Glu Leu Gly Ile Ala Ph #e Ile Asp Tyr Leu Gln 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Leu Met Ser Gly Ser Lys Ala Thr Lys Glu Ar #g His Glu Gln Ile Ala                 165   #               170   #               175 Glu Ile Ser Arg Glu Leu Lys Thr Leu Ala Ar #g Glu Leu Glu Ile Pro             180       #           185       #           190 Ile Ile Ala Leu Val Gln Leu Asn Arg Ser Le #u Glu Asn Arg Asp Asp         195           #       200           #       205 Lys Arg Pro Ile Leu Ser Asp Ile Lys Asp Se #r Gly Gly Ile Glu Gln     210               #   215               #   220 Asp Ala Asp Ile Val Leu Phe Leu Tyr Arg Gl #y Tyr Ile Tyr Gln Met 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Arg Ala Glu Asp Asn Lys Ile Asp Lys Leu Ly #s Lys Glu Gly Lys Ile                 245   #               250   #               255 Glu Glu Ala Gln Glu Leu Tyr Leu Lys Val As #n Glu Glu Arg Arg Ile             260       #           265       #           270 His Lys Gln Asn Gly Ser Ile Glu Glu Ala Gl #u Ile Ile Val Ala Lys         275           #       280           #       285 Asn Arg Asn Gly Ala Thr Gly Thr Val Tyr Th #r Arg Phe Asn Ala Pro     290               #   295               #   300 Phe Thr Arg Tyr Glu Asp Met Pro Ile Asp Se #r His Leu Glu Glu Gly 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Gln Glu Thr Lys Val Asp Tyr Asp Ile Val Th #r Thr                 325   #               330 <210> SEQ ID NO 51 <211> LENGTH: 295 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Mycolplasma genitalium <400> SEQUENCE: 51 Glu Ile Ala Asn Gln Glu Glu Ala Leu Ile Ly #s Lys Val His Arg Gly 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#u Ile Arg Asn Gln Ile     130               #   135               #   140 Thr Glu Val Ser Lys Thr Ser Asn Val Arg Le #u Val Ile Ile Asp Tyr 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Leu Gln Leu Val Asn Ala Leu Lys Asn Asn Ty #r Gly Leu Thr Arg Gln                 165   #               170   #               175 Gln Glu Val Thr Met Ile Ser Gln Ser Leu Ly #s Ala Phe Ala Lys Glu             180       #           185       #           190 Phe Asn Thr Pro Ile Ile Ala Ala Ala Gln Le #u Ser Arg Arg Ile Glu         195           #       200           #       205 Glu Arg Lys Asp Ser Arg Pro Ile Leu Ser As #p Leu Arg Glu Ser Gly     210               #   215               #   220 Ser Ile Glu Gln Asp Ala Asp Met Val Leu Ph #e Ile His Arg Thr Asn 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Asp Asp Lys Lys Glu Gln Glu Glu Glu Asn Th #r Asn Leu Phe Glu Val                 245   #               250   #               255 Glu Leu Ile Leu Glu Lys Asn Arg Asn Gly Pr #o Asn Gly Lys Val Lys             260       #           265       #           270 Leu Asn Phe Arg Ser Asp Thr Ser Ser Phe Il #e Ser Gln Tyr Ser Pro         275           #       280           #       285 Ser Phe Asp Asp Gln Tyr Ser     290               #   295 <210> SEQ ID NO 52 <211> LENGTH: 283 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Borrelia burgdorferi <400> SEQUENCE: 52 Ile Ala Glu Arg Val His Asn Glu Ile Tyr Gl #u Arg Ser Met Lys Lys  1               5   #                10   #                15 Lys Glu Ala Asn Phe Gly Ile Pro Ser Gly Ph #e Arg Lys Val Asp Ser             20       #            25       #            30 Leu Ile Gly Gly Phe Arg Asn Ser Asp Phe Il #e Ile Val Gly Ala Arg         35           #        40           #        45 Pro Ser Ile Gly Lys Thr Ala Phe Ala Leu As #n Ile Ala Ser Tyr Ile     50               #    55               #    60 Ala Leu Arg Lys Glu Glu Lys Lys Lys Val Gl #y Phe Phe Ser Leu Glu 65                   #70                   #75                   #80 Met Thr Ala Asp Ala Leu Ile Lys Arg Ile Il #e Ser Ser Gln Ser Cys                 85   #                90   #                95 Ile Asp Ser Phe Lys Val Gln Asn Ser Ile Le #u Ser Gly Gln Glu Ile             100       #           105       #           110 Lys Ser Leu Asn Asp Ile Ile Asn Glu Ile Se #r Asp Ser Glu Leu Tyr         115           #       120           #       125 Ile Glu Asp Thr Pro Asn Ile Ser Leu Leu Th #r Leu Ala Thr Gln Ala     130               #   135               #   140 Arg Lys Leu Lys Arg Phe Tyr Gly Ile Asp Il #e Ile Phe Val Asp Tyr 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Ile Ser Leu Ile Ser Phe Glu Thr Lys Asn Le #u Pro Arg His Glu Gln                 165   #               170   #               175 Val Ala Ser Ile Ser Lys Ser Leu Lys Glu Le #u Ala Arg Glu Leu Glu             180       #           185       #           190 Ile Pro Ile Val Ala Leu Ser Gln Leu Thr Ar #g Asp Thr Glu Gly Arg         195           #       200           #       205 Glu Pro Asn Leu Ala Ser Leu Arg Glu Ser Gl #y Ala Leu Glu Gln Asp     210               #   215               #   220 Ala Asp Ile Val Ile Leu Leu His Arg Asp Ly #s Asp Phe Lys Phe Glu 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Ser Ser Ala Glu Ile Glu Pro Ile Glu Thr Ly #s Val Ile Val Ala Lys                 245   #               250   #               255 His Arg Asn Gly Pro Thr Gly Arg Ala Asp Il #e Leu Phe Leu Pro His             260       #           265       #           270 Ile Thr Lys Phe Val Asn Lys Asp His Gln Ty #r         275           #       280 <210> SEQ ID NO 53 <211> LENGTH: 327 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Bacteriophage T4 <400> SEQUENCE: 53 Tyr Val Gly His Asp Trp Met Asp Asp Tyr Gl #u Ala Arg Trp Leu Ser  1               5   #                10   #                15 Tyr Met Asn Lys Ala Arg Lys Val Pro Phe Ly #s Leu Arg Ile Leu Asn             20       #            25       #            30 Lys Ile Thr Lys Gly Gly Ala Glu Thr Gly Th #r Leu Asn Val Leu Met         35           #        40           #        45 Ala Gly Val Asn Val Gly Lys Ser Leu Gly Le #u Cys Ser Leu Ala Ala     50               #    55               #    60 Asp Tyr Leu Gln Leu Gly His Asn Val Leu Ty #r Ile Ser Met Glu Met 65                   #70                   #75                   #80 Ala Glu Glu Val Cys Ala Lys Arg Ile Asp Al #a Asn Met Leu Asp Val                 85   #                90   #                95 Ser Leu Asp Asp Ile Asp Asp Gly His Ile Se #r Tyr Ala Glu Tyr Lys             100       #           105       #           110 Gly Lys Met Glu Lys Trp Arg Glu Lys Ser Th #r Leu Gly Arg Leu Ile         115           #       120           #       125 Val Lys Gln Tyr Pro Thr Gly Gly Ala Asp Al #a Asn Thr Phe Arg Ser     130               #   135               #   140 Leu Leu Asn Glu Leu Lys Leu Lys Lys Asn Ph #e Val Pro Thr Ile Ile 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Ile Val Asp Tyr Leu Gly Ile Cys Lys Ser Cy #s Arg Ile Arg Val Tyr                 165   #               170   #               175 Ser Glu Asn Ser Tyr Thr Thr Val Lys Ala Il #e Ala Glu Glu Leu Arg             180       #           185       #           190 Ala Leu Ala Val Glu Thr Glu Thr Val Leu Tr #p Thr Ala Ala Gln Val         195           #       200           #       205 Gly Lys Gln Ala Trp Asp Ser Ser Asp Val As #n Met Ser Asp Ile Ala     210               #   215               #   220 Glu Ser Ala Gly Leu Pro Ala Thr Ala Asp Ph #e Met Leu Ala Val Ile 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Glu Thr Glu Glu Leu Ala Ala Ala Glu Gln Gl #n Leu Ile Lys Gln Ile                 245   #               250   #               255 Lys Ser Arg Tyr Gly Asp Lys Asn Lys Trp As #n Lys Phe Leu Met Gly             260       #           265       #           270 Val Gln Lys Gly Asn Gln Lys Trp Val Glu Il #e Glu Gln Asp Ser Thr         275           #       280           #       285 Pro Thr Glu Val Asn Glu Val Ala Gly Ser Gl #n Gln Ile Gln Ala Glu     290               #   295               #   300 Gln Asn Arg Tyr Gln Arg Asn Glu Ser Thr Ar #g Ala Gln Leu Asp Ala 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Leu Ala Asn Glu Leu Lys Phe                 325 <210> SEQ ID NO 54 <211> LENGTH: 302 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Bacteriophage T7 <400> SEQUENCE: 54 Val Val Ser Ala Leu Ser Leu Arg Glu Arg Il #e Arg Glu His Leu Ser  1               5   #                10   #                15 Ser Glu Glu Ser Val Gly Leu Leu Phe Ser Gl #y Cys Thr Gly Ile Asn             20       #            25       #            30 Asp Lys Thr Leu Gly Ala Arg Gly Gly Glu Va #l Ile Met Val Thr Ser         35           #        40           #        45 Gly Ser Gly Met Gly Lys Ser Thr Phe Val Ar #g Gln Gln Ala Leu Gln     50               #    55               #    60 Trp Gly Thr Ala Met Gly Lys Lys Val Gly Le #u Ala Met Leu Glu Glu 65                   #70                   #75                   #80 Ser Val Glu Glu Thr Ala Glu Asp Leu Ile Gl #y Leu His Asn Arg Val                 85   #                90   #                95 Arg Leu Arg Gln Ser Asp Ser Leu Lys Arg Gl #u Ile Ile Glu Asn Gly             100       #           105       #           110 Lys Phe Asp Gln Trp Phe Asp Glu Leu Phe Gl #y Asn Asp Thr Phe His         115           #       120           #       125 Leu Tyr Asp Ser Phe Ala Glu Ala Glu Thr As #p Arg Leu Leu Ala Lys     130               #   135               #   140 Leu Ala Tyr Met Arg Ser Gly Leu Gly Cys As #p Val Ile Ile Leu Asp 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 His Ile Ser Ile Val Val Ser Ala Ser Gly Gl #u Ser Asp Glu Arg Lys                 165   #               170   #               175 Met Ile Asp Asn Leu Met Thr Lys Leu Lys Gl #y Phe Ala Lys Ser Thr             180       #           185       #           190 Gly Val Val Leu Val Val Ile Cys His Leu Ly #s Asn Pro Asp Lys Gly         195           #       200           #       205 Lys Ala His Glu Glu Gly Arg Pro Val Ser Il #e Thr Asp Leu Arg Gly     210               #   215               #   220 Ser Gly Ala Leu Arg Gln Leu Ser Asp Thr Il #e Ile Ala Leu Glu Arg 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Asn Gln Gln Gly Asp Met Pro Asn Leu Val Le #u Val Arg Ile Leu Lys                 245   #               250   #               255 Cys Arg Phe Thr Gly Asp Thr Gly Ile Ala Gl #y Tyr Met Glu Tyr Asn             260       #           265       #           270 Lys Glu Thr Gly Trp Leu Glu Pro Ser Ser Ty #r Ser Gly Glu Glu Glu         275           #       280           #       285 Ser His Ser Glu Ser Thr Asp Trp Ser Asn As #p Thr Asp Phe     290               #   295               #   300 <210> SEQ ID NO 55 <211> LENGTH: 270 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Bacteriophage RM378 <400> SEQUENCE: 55 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#       125 Ala Met Glu Asp Ile Glu His Tyr Ile Ala Le #u Tyr Asn Pro Asp Val     130               #   135               #   140 Val Leu Ile Asp Tyr Ala Asp Leu Ile Tyr As #p Val Glu Thr Asp Lys 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Glu Lys Asn Tyr Leu Leu Leu Gln Lys Ile Ty #r Arg Lys Leu Arg Leu                 165   #               170   #               175 Ile Ala Lys Val Tyr Asn Thr Ala Val Trp Se #r Ala Ser Gln Leu Asn             180       #           185       #           190 Arg Gly Ser Leu Ser Lys Gln Ala Asp Val As #p Phe Ile Glu Lys Tyr         195           #       200           #       205 Ile Ala Asp Ser Phe Ala Lys Val Val Glu Il #e Asp Phe Gly Met Ala     210               #   215               #   220 Phe Ile Pro Asp Ser Glu Asn Ser Thr Pro As #p Ile His Val Gly Phe 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Gly Lys Ile Phe Lys Asn Arg Met Gly Ala Va #l Arg Lys Leu Glu Tyr                 245   #               250   #               255 Thr Ile Asn Phe Glu Asn Tyr Thr Val Asp Va #l Ala Val Lys             260       #           265       #           270 <210> SEQ ID NO 56 <211> LENGTH: 1197 <212> TYPE: DNA <213> ORGANISM: Bacteriophage RM378 <220> FEATURE: <221> NAME/KEY: CDS <222> LOCATION: (112)...(1158) <400> SEQUENCE: 56 attttctgtt ttttcacagg caagtattcg acatgctcga aacccgcgaa gc #ttattatc     60 agttgcttca atcgttaaac gatttcctcg aagaagacct gaaggagaat t  #atg aag     117                    #                   #                   #   Met Lys                    #                   #                   #    1 atc acg cta agc gca agc gta tac ccc cga tc #g atg aaa att tac gga      165 Ile Thr Leu Ser Ala Ser Val Tyr Pro Arg Se #r Met Lys Ile Tyr Gly          5          #          10         #          15 gtg gag cta atc gag ggg aaa aaa cac tta tt #t caa tca ccc gta ccc      213 Val Glu Leu Ile Glu Gly Lys Lys His Leu Ph #e Gln Ser Pro Val Pro      20              #     25              #     30 cca cat ttg aag cgc atc gct cag cag aat cg #a ggg aag att gag gct      261 Pro His Leu Lys Arg Ile Ala Gln Gln Asn Ar #g Gly Lys Ile Glu Ala  35                  # 40                  # 45                  # 50 gag gct ata tcc tat tac atc aga gaa caa aa #a agc cac atc acg ccg      309 Glu Ala Ile Ser Tyr Tyr Ile Arg Glu Gln Ly #s Ser His Ile Thr Pro                  55  #                 60  #                 65 gaa gct ttg tct cag tgc gtc ttt atc gat at #t gag acg att tcc ccg      357 Glu Ala Leu Ser Gln Cys Val Phe Ile Asp Il #e Glu Thr Ile Ser Pro              70      #             75      #             80 aaa aaa agc ttt ccc gac ccg tgg aga gac cc #a gtt tat tcc att tcc      405 Lys Lys Ser Phe Pro Asp Pro Trp Arg Asp Pr #o Val Tyr Ser Ile Ser          85          #         90          #         95 atc aaa ccg tat gga aaa ccg gtg gtg gta gt #g ctt ctc ctt atc acc      453 Ile Lys Pro Tyr Gly Lys Pro Val Val Val Va #l Leu Leu Leu Ile Thr     100               #   105               #   110 aac ccg gag gct cat atc gat aac ttt aac aa #a ttt acc acc agc gta      501 Asn Pro Glu Ala His Ile Asp Asn Phe Asn Ly #s Phe Thr Thr Ser Val 115                 1 #20                 1 #25                 1 #30 ggg gat aac aca ttt gaa att cat tac aga ac #a ttc ctt tcg gaa aaa      549 Gly Asp Asn Thr Phe Glu Ile His Tyr Arg Th #r Phe Leu Ser Glu Lys                 135   #               140   #               145 aga ttg ctc gag tat ttc tgg aat gtg ctg aa #a cca aaa ttt act ttc      597 Arg Leu Leu Glu Tyr Phe Trp Asn Val Leu Ly #s Pro Lys Phe Thr Phe             150       #           155       #           160 atg ctc gca tgg aac ggt tat cag ttc gat ta #t ccc tac ctg ctc att      645 Met Leu Ala Trp Asn Gly Tyr Gln Phe Asp Ty #r Pro Tyr Leu Leu Ile         165           #       170           #       175 cgt agt cat atc cat gag gtg aat gtc att ag #t gat aag ttg ctt ccg      693 Arg Ser His Ile His Glu Val Asn Val Ile Se #r Asp Lys Leu Leu Pro     180               #   185               #   190 gac tgg aag ctg gtg cgg aaa att tcc gat cg #a aac cta cca ttc tat      741 Asp Trp Lys Leu Val Arg Lys Ile Ser Asp Ar #g Asn Leu Pro Phe Tyr 195                 2 #00                 2 #05                 2 #10 ttc aat ccc cgt acc cct gta gaa ttt gtg tt #t ttt gat tac atg cgg      789 Phe Asn Pro Arg Thr Pro Val Glu Phe Val Ph #e Phe Asp Tyr Met Arg                 215   #               220   #               225 ctt tat cgc tcc ttt gtg gca tac aaa gag tt #g gag tcc tac cgg ctc      837 Leu Tyr Arg Ser Phe Val Ala Tyr Lys Glu Le #u Glu Ser Tyr Arg Leu             230       #           235       #           240 gac tat att gcg cga gag gaa ata gga gaa gg #t aag gtg gat ttc gac      885 Asp Tyr Ile Ala Arg Glu Glu Ile Gly Glu Gl #y Lys Val Asp Phe Asp         245           #       250           #       255 gta aga ttc tat cat gag att cct gtc tac cc #g gat aaa aag ttg gtg      933 Val Arg Phe Tyr His Glu Ile Pro Val Tyr Pr #o Asp Lys Lys Leu Val     260               #   265               #   270 gaa tac aac gcc gta gac gcc att ttg atg ga #a gaa atc gaa aat aaa      981 Glu Tyr Asn Ala Val Asp Ala Ile Leu Met Gl #u Glu Ile Glu Asn Lys 275                 2 #80                 2 #85                 2 #90 aac cat att ctc ccg acg ctg ttt gaa att gc #a aga ctt tca aat ctg     1029 Asn His Ile Leu Pro Thr Leu Phe Glu Ile Al #a Arg Leu Ser Asn Leu                 295   #               300   #               305 act ccc gca ctg gca ttg aac gct tcc aat at #t ctt atc gga aat gtt     1077 Thr Pro Ala Leu Ala Leu Asn Ala Ser Asn Il #e Leu Ile Gly Asn Val             310       #           315       #           320 aca gga aaa ctt ggt gtc aaa ttc gtt gat ta #c atc aag aaa atc gac     1125 Thr Gly Lys Leu Gly Val Lys Phe Val Asp Ty #r Ile Lys Lys Ile Asp         325           #       330           #       335 acc att aat aca atg ttc aaa aaa ata cct ga #g taaactatga atatgcagac   1178 Thr Ile Asn Thr Met Phe Lys Lys Ile Pro Gl #u     340               #   345 cattgacgaa acgctttat              #                   #                 119 #7 <210> SEQ ID NO 57 <211> LENGTH: 349 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Bacteriophage RM378 <400> SEQUENCE: 57 Met Lys Ile Thr Leu Ser Ala Ser Val Tyr Pr #o Arg Ser Met Lys Ile  1               5   #                10   #                15 Tyr Gly Val Glu Leu Ile Glu Gly Lys Lys Hi #s Leu Phe Gln Ser Pro             20       #            25       #            30 Val Pro Pro His Leu Lys Arg Ile Ala Gln Gl #n Asn Arg Gly Lys Ile         35           #        40           #        45 Glu Ala Glu Ala Ile Ser Tyr Tyr Ile Arg Gl #u Gln Lys Ser His Ile     50               #    55               #    60 Thr Pro Glu Ala Leu Ser Gln Cys Val Phe Il #e Asp Ile Glu Thr Ile 65                   #70                   #75                   #80 Ser Pro Lys Lys Ser Phe Pro Asp Pro Trp Ar #g Asp Pro Val Tyr Ser                 85   #                90   #                95 Ile Ser Ile Lys Pro Tyr Gly Lys Pro Val Va #l Val Val Leu Leu Leu             100       #           105       #           110 Ile Thr Asn Pro Glu Ala His Ile Asp Asn Ph #e Asn Lys Phe Thr Thr         115           #       120           #       125 Ser Val Gly Asp Asn Thr Phe Glu Ile His Ty #r Arg Thr Phe Leu Ser     130               #   135               #   140 Glu Lys Arg Leu Leu Glu Tyr Phe Trp Asn Va #l Leu Lys Pro Lys Phe 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Thr Phe Met Leu Ala Trp Asn Gly Tyr Gln Ph #e Asp Tyr Pro Tyr Leu                 165   #               170   #               175 Leu Ile Arg Ser His Ile His Glu Val Asn Va #l Ile Ser Asp Lys Leu             180       #           185       #           190 Leu Pro Asp Trp Lys Leu Val Arg Lys Ile Se #r Asp Arg Asn Leu Pro         195           #       200           #       205 Phe Tyr Phe Asn Pro Arg Thr Pro Val Glu Ph #e Val Phe Phe Asp Tyr     210               #   215               #   220 Met Arg Leu Tyr Arg Ser Phe Val Ala Tyr Ly #s Glu Leu Glu Ser Tyr 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Arg Leu Asp Tyr Ile Ala Arg Glu Glu Ile Gl #y Glu Gly Lys Val Asp                 245   #               250   #               255 Phe Asp Val Arg Phe Tyr His Glu Ile Pro Va #l Tyr Pro Asp Lys Lys             260       #           265       #           270 Leu Val Glu Tyr Asn Ala Val Asp Ala Ile Le #u Met Glu Glu Ile Glu         275           #       280           #       285 Asn Lys Asn His Ile Leu Pro Thr Leu Phe Gl #u Ile Ala Arg Leu Ser     290               #   295               #   300 Asn Leu Thr Pro Ala Leu Ala Leu Asn Ala Se #r Asn Ile Leu Ile Gly 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Asn Val Thr Gly Lys Leu Gly Val Lys Phe Va #l Asp Tyr Ile Lys Lys                 325   #               330   #               335 Ile Asp Thr Ile Asn Thr Met Phe Lys Lys Il #e Pro Glu             340       #           345 <210> SEQ ID NO 58 <211> LENGTH: 1764 <212> TYPE: DNA <213> ORGANISM: Bacteriophage RM378 <220> FEATURE: <221> NAME/KEY: CDS <222> LOCATION: (142)...(1707) <400> SEQUENCE: 58 ctatacggat gaagttttga gaattattga tctttctcca ctcgatggcg ta #ttatacaa     60 atgtgattta aaagacacct accttatcga ggtgaaagat acccattttg at #cccgcaat    120 gtaaaacaaa cgtattctgc t atg aac atc aac aag tat  #cgt tat cgc ggt      171                    #      Met Asn Ile Asn Lys Tyr Arg  #Tyr Arg Gly                    #       1            #    5               #     10 gct tac att gaa ctt acc aac ccc gat att ta #c ttc aac gta ttc gat      219 Ala Tyr Ile Glu Leu Thr Asn Pro Asp Ile Ty #r Phe Asn Val Phe Asp                  15  #                 20  #                 25 ctt gat ttt aca tcg ctg tac ccc tct gta at #c agc aaa ttc aat atc      267 Leu Asp Phe Thr Ser Leu Tyr Pro Ser Val Il #e Ser Lys Phe Asn Ile              30      #             35      #             40 gat ccc gct acg ttc gta acg gag ttt tac gg #g tgt atg cgg gtg gag      315 Asp Pro Ala Thr Phe Val Thr Glu Phe Tyr Gl #y Cys Met Arg Val Glu          45          #         50          #         55 aac aaa gtg att ccg gta gat cag gaa gaa cc #g gaa ttc ggg ttt ccc      363 Asn Lys Val Ile Pro Val Asp Gln Glu Glu Pr #o Glu Phe Gly Phe Pro      60              #     65              #     70 ctc tac atc ttc gat tca ggg atg aac cct tc #t tac cgg agt gaa ccc      411 Leu Tyr Ile Phe Asp Ser Gly Met Asn Pro Se #r Tyr Arg Ser Glu Pro  75                  # 80                  # 85                  # 90 ctc ttt gtc atc aac agc ttt gag gaa ctc cg #g caa ttt tta aaa agt      459 Leu Phe Val Ile Asn Ser Phe Glu Glu Leu Ar #g Gln Phe Leu Lys Ser                  95  #                100  #                105 cga aat atc att atg gtg ccc aac ccg tcg gg #t atc tgc tgg ttt tac      507 Arg Asn Ile Ile Met Val Pro Asn Pro Ser Gl #y Ile Cys Trp Phe Tyr             110       #           115       #           120 agg aaa gag ccg gtt ggc gtg ctt cct tct at #c att cgg gag att ttc      555 Arg Lys Glu Pro Val Gly Val Leu Pro Ser Il #e Ile Arg Glu Ile Phe         125           #       130           #       135 acc cga cgt aag gaa gaa cgt aag ctt ttc aa #a gaa act ggc aac atg      603 Thr Arg Arg Lys Glu Glu Arg Lys Leu Phe Ly #s Glu Thr Gly Asn Met     140               #   145               #   150 gaa cac cat ttc cgt caa tgg gca ctt aaa at #t atg atg aac tcc atg      651 Glu His His Phe Arg Gln Trp Ala Leu Lys Il #e Met Met Asn Ser Met 155                 1 #60                 1 #65                 1 #70 tac ggt atc ttc gga aac cgt tcg gtg tac at #g ggg tgc ctt ccc att      699 Tyr Gly Ile Phe Gly Asn Arg Ser Val Tyr Me #t Gly Cys Leu Pro Ile                 175   #               180   #               185 gcg gaa agt gta acc gcc gcc ggg cgc atg tc #t att cgc tcc gtg att      747 Ala Glu Ser Val Thr Ala Ala Gly Arg Met Se #r Ile Arg Ser Val Ile             190       #           195       #           200 tct cag att cgc gat cgc ttc att tat tcg ca #t acc gac tcc att ttc      795 Ser Gln Ile Arg Asp Arg Phe Ile Tyr Ser Hi #s Thr Asp Ser Ile Phe         205           #       210           #       215 gtc aaa gct ttt acg gat gat ccg gtg gcg ga #a gcc ggt gag ctt caa      843 Val Lys Ala Phe Thr Asp Asp Pro Val Ala Gl #u Ala Gly Glu Leu Gln     220               #   225               #   230 gaa cat ctc aac tct ttt atc aat gac tat at #g gaa aat aac ttt aat      891 Glu His Leu Asn Ser Phe Ile Asn Asp Tyr Me #t Glu Asn Asn Phe Asn 235                 2 #40                 2 #45                 2 #50 gca aga gaa gat ttc aag ctg gag tta aag ca #g gag ttc gtg ttc aaa      939 Ala Arg Glu Asp Phe Lys Leu Glu Leu Lys Gl #n Glu Phe Val Phe Lys                 255   #               260   #               265 tcc att ctt atc aaa gaa atc aac cgc tac tt #t gcg gtt act gta gac      987 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#t gtg gag tat gta gag     1227 Lys Ile Ser Ser Ser Asp Ser Ala Glu Arg Ty #r Val Glu Tyr Val Glu             350       #           355       #           360 gaa gtt atg aag atg aaa aag gag aat gtc cc #a atc tct gag ata ttc     1275 Glu Val Met Lys Met Lys Lys Glu Asn Val Pr #o Ile Ser Glu Ile Phe         365           #       370           #       375 ata aaa atg tat gac cat aca ctt ccc att ca #t tat aag gga gcg ctt     1323 Ile Lys Met Tyr Asp His Thr Leu Pro Ile Hi #s Tyr Lys Gly Ala Leu     380               #   385               #   390 ttc gct tcc att ata gga tgc aaa ccc ccg ca #a atg gga gac aag atc     1371 Phe Ala Ser Ile Ile Gly Cys Lys Pro Pro Gl #n Met Gly Asp Lys Ile 395                 4 #00                 4 #05                 4 #10 tac tgg ttc tac tgc acc atg ctg gat cct tc #c aga acc aat ctc ccg     1419 Tyr Trp Phe Tyr Cys Thr Met Leu Asp Pro Se #r Arg Thr Asn Leu Pro                 415   #               420   #               425 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#               505 ata aaa acc gtt gag gat ctt att cgt ttt ct #t gta gag agt gaa aac     1707 Ile Lys Thr Val Glu Asp Leu Ile Arg Phe Le #u Val Glu Ser Glu Asn             510       #           515       #           520 taaacccatt agcgccatga ttctcaaatt cgacactgaa ggcattgttc gt #atcct      1764 <210> SEQ ID NO 59 <211> LENGTH: 522 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Bacteriophage RM378 <400> SEQUENCE: 59 Met Asn Ile Asn Lys Tyr Arg Tyr Arg Gly Al #a Tyr Ile Glu Leu Thr  1               5   #                10   #                15 Asn Pro Asp Ile Tyr Phe Asn Val Phe Asp Le #u Asp Phe Thr Ser Leu             20       #            25       #            30 Tyr Pro Ser Val Ile Ser Lys Phe Asn Ile As #p Pro Ala Thr Phe Val         35           #        40           #        45 Thr Glu Phe Tyr Gly Cys Met Arg Val Glu As #n Lys Val Ile Pro Val     50               #    55               #    60 Asp Gln Glu Glu Pro Glu Phe Gly Phe Pro Le #u Tyr Ile Phe Asp Ser 65                   #70                   #75                   #80 Gly Met Asn Pro Ser Tyr Arg Ser Glu Pro Le #u Phe Val Ile Asn Ser                 85   #                90   #                95 Phe Glu Glu Leu Arg Gln Phe Leu Lys Ser Ar #g Asn Ile Ile Met Val             100       #           105       #           110 Pro Asn Pro Ser Gly Ile Cys Trp Phe Tyr Ar #g Lys Glu Pro Val Gly         115           #       120           #       125 Val Leu Pro Ser Ile Ile Arg Glu Ile Phe Th #r Arg Arg Lys Glu Glu     130               #   135               #   140 Arg Lys Leu Phe Lys Glu Thr Gly Asn Met Gl #u His His Phe Arg Gln 145                 1 #50                 1 #55                 1 #60 Trp Ala Leu Lys Ile Met Met Asn Ser Met Ty #r Gly Ile Phe Gly Asn                 165   #               170   #               175 Arg Ser Val Tyr Met Gly Cys Leu Pro Ile Al #a Glu Ser Val Thr Ala             180       #           185       #           190 Ala Gly Arg Met Ser Ile Arg Ser Val Ile Se #r Gln Ile Arg Asp Arg         195           #       200           #       205 Phe Ile Tyr Ser His Thr Asp Ser Ile Phe Va #l Lys Ala Phe Thr Asp     210               #   215               #   220 Asp Pro Val Ala Glu Ala Gly Glu Leu Gln Gl #u His Leu Asn Ser Phe 225                 2 #30                 2 #35                 2 #40 Ile Asn Asp Tyr Met Glu Asn Asn Phe Asn Al #a Arg Glu Asp Phe Lys                 245   #               250   #               255 Leu Glu Leu Lys Gln Glu Phe Val Phe Lys Se #r Ile Leu Ile Lys Glu             260       #           265       #           270 Ile Asn Arg Tyr Phe Ala Val Thr Val Asp Gl #y Lys Glu Glu Met Lys         275           #       280           #       285 Gly Ile Glu Val Ile Asn Ser Ser Val Pro Gl #u Ile Val Lys Lys Tyr     290               #   295               #   300 Phe Arg Gly Tyr Leu Lys Tyr Ile Ser Gln Pr #o Asp Ile Asp Val Ile 305                 3 #10                 3 #15                 3 #20 Ser Ala Thr Ile Ala Phe Tyr Asn Asn Phe Va #l Ser Gln Lys Asn Phe                 325   #               330   #               335 Trp Ser Ile Glu Asp Leu Tyr His Lys Met Ly #s Ile Ser Ser Ser Asp             340       #           345       #           350 Ser Ala Glu Arg Tyr Val Glu Tyr Val Glu Gl #u Val Met Lys Met Lys         355           #       360           #       365 Lys Glu Asn Val Pro Ile Ser Glu Ile Phe Il #e Lys Met Tyr Asp His     370               #   375               #   380 Thr Leu Pro Ile His Tyr Lys Gly Ala Leu Ph #e Ala Ser Ile Ile Gly 385                 3 #90                 3 #95                 4 #00 Cys Lys Pro Pro Gln Met Gly Asp Lys Ile Ty #r Trp Phe Tyr Cys Thr                 405   #               410   #               415 Met Leu Asp Pro Ser Arg Thr Asn Leu Pro Le #u Ser Leu Glu Glu Val             420       #           425       #           430 Asn Pro Glu His Gly Ser Gly Val Trp Asp Il #e Leu Lys Ala Gly Lys         435           #       440           #       445 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cgtaaaatac ccggttgagt accttatcga acacctgaac tcttttgagt ct #ccggaagt    300 agccgtcgaa tcccttcgca aggaggggat tatgtgcaaa aaccggggtg at #ctatacat    360 gttcaaatat caccttggtt gtaagtttga taagatatat caccttgcct gt #cgcggggc    420 gattctccgc aaaacggata gtggttggaa agttctgtct tatccctttg ac #aaattttt    480 caactggggg gaagaactcc agccggaaat cgtaaactat tatcagacgc tt #cgttacgc    540 gtctcccctg aatgaaaagc gcaaagccgg tttcatgttc aaacttccca tg #aaactggt    600 tgaaaagctg gatggtactt gtgtggtttt atattatgat gaagggtgga aa #attcacac    660 tcttgggagt attgacgcaa atggatccat tgtcaaaaac ggaatggtta cc #actcatat    720 ggataaaaca tatcgagaat tgttctggga aacctttgaa aagaaatatc cg #ccttacct    780 tctctatcat ttgaactcct catactgtta catatttgaa atggttcatc cg #gacgcgcg    840 agtggtggtt ccttatgagg agccaaatat cattctgatc ggtgtgcgtt cg #gtggatcc    900 ggagaaggga tatttcgagg tgggtccctc cgaagaagcc gtacgcattt tc #aacgaaag    960 tggcggaaaa ataaatctta agctaccggc tgttctgtct caagagcaaa ac #tatactct   1020 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#cgatccct    120 ctttctggat cgtagggata ttcccccggc tcgatgaaaa gcaggagttt ta #tcttatcg    180 atcaggagtt ttaccgggtc atcaggaaat ctgaaattcg gtgcagtgtc gt #tcagatag    240 aacatttcat ttttgtttaa ataaatcctc gaggaatctt caaataaaga gg #ggcgttaa    300 tggatgaaaa gactgaggaa tatggtcaat cttatcgatc tcaaaaatca gt #attatgct    360 tactctttca agtttttcga ctcctatcag atcagctggg ataattaccc gc #atcttaaa    420 gagttcgtca ttgaaaacta tcccggcact tatttttcat gctacgctcc gg #ggattctg    480 tacaagcttt tcctcaaatg gaagcggggt atgatcattg acgactatga cc #gacacccg    540 ctccgaaaga agttacttcc tcagtacaaa gagcaccgct atgaatacat tg #agggaaaa    600 tacggtgtgg ttcctttccc cgggtttctg aaatatctga agttccactt tg #aggacttg    660 cggtttaaaa tgcgcgatct tggaatcacc gatttcaaat atgcacttgc ca #tttctctt    720 ttttacaacc gggtaatgct cagagatttt ctgaaaaact ttacctgtta tt #acattgcc    780 gaatatgaag ctgacgatgt aatcgcacat ctggcgcgtg agattgcacg aa #gcaatatc    840 gacgtaaaca tcgtctcaac ggataaagat tattaccagc tatgggatga ag #aggatata    900 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#gagatgac    180 ggaacccccc cagaacattt ccgattcggt taaaagcggg tttatctatc tt #atcgaaaa    240 gtctcatttc cttgaaaaga aaaacttcct taaaatcata tcgaacatgg ac #ccccgccg    300 catttccaat ccggaggtgc gcgtggtggc ggagtacata tatgattatt tc #aaaagtca    360 tagtaatttc ccttctaaaa gaaatctttg ccatcacttt gagtggagcg aa #gatctgga    420 aggagacccc gccgattatc agcgtatcat tcagtatctc aaatcttctt ac #attcgatc    480 ctctataaca aaaacgcttt catatcttga gaaggatgac ctttccgcgt tg #aaagaaat    540 tgtcagagcc attcgggtgg tggaggatag tggggtgtcg ctggtggagg aa #ttcgatct    600 tgcaaccagc gagtttaatg aactttttgt taaagaagaa cgcattccca cc #ccctggga    660 gagtgtaaac aaaaatatgg cgggcggtct tggtcgggga gagcttggaa tc #gttatgct    720 tccttcgggg tggggtaagt catggttcct tgtttcactt ggtcttcatg cc #tttcgaac    780 gggtaagcgc gtgatttatt tcactctgga gcttgaccaa aaatatgtga tg #aagcggtt    840 tttaaagatg tttgcacctt attgcaaagg acgcgcttct tcctatcgcg ac #gtttatca    900 aataatgaaa gagcttatgt tttctcagga taatcttttg ragattgttt tc #tgtaatgc    960 gatggaagat attgagcact atattgcgct gtataacccc gacgttgtgc tg #attgacta   1020 tgccgatctt atttatgatg tggaaaccga caaagagaaa aattatctgc tt #ttgcaaaa   1080 aatttatagg aaacttcgtc tcattgcaaa ggtatataat acagcagtat gg #agcgcctc   1140 tcagcttaat cgcggttccc tttcaaagca agccgacgtc gatttcattg ag #aaatacat   1200 tgccgattca tttgcaaaag ttkttgaaat cgacttcggg atggcgttta tt #ccggatag   1260 cgagaactca acccccgata ttcacgtcgg attcggtaaa atcttcaaaa ac #cgtatggg   1320 tgcggtaaga aagctggaat atacaattaa ctttgaaaac tatacggtag ac #gttgctgt   1380 taaatgacac aagttaagac aaaagggctt aaagacatca gaataggtag aa #aggagggt   1440 aagttcacac atgtaaatac aacaaagaaa ggaaagaata agaaatattt ca #gggcggaa   1500 catgaacg                 #                   #                   #        1508 <210> SEQ ID NO 63 <211> LENGTH: 8 <212> TYPE: PRT <213> ORGANISM: Artificial Sequence <220> FEATURE: <223> OTHER INFORMATION: Peptide <220> FEATURE: <221> NAME/KEY: VARIANT <222> LOCATION: (0)...(0) <223> OTHER INFORMATION: Xaa = Any amino aci #d <400> SEQUENCE: 63 Asp Xaa Xaa Ser Leu Tyr Pro Ser  1               5 <210> SEQ ID NO 64 <211> LENGTH: 33 <212> TYPE: DNA <213> ORGANISM: Artificial Sequence <220> FEATURE: <223> OTHER INFORMATION: Nucleic acid <400> SEQUENCE: 64 cacgagctca tgaagatcac gctaagcgca agc        #                   #         33 <210> SEQ ID NO 65 <211> LENGTH: 33 <212> TYPE: DNA <213> ORGANISM: Artificial Sequence <220> FEATURE: <223> OTHER INFORMATION: Nucleic acid <400> SEQUENCE: 65 acaggtacct tactcaggta tttttttgaa cat        #                   #         33 <210> SEQ ID NO 66 <211> LENGTH: 33 <212> TYPE: DNA <213> ORGANISM: Artificial Sequence <220> FEATURE: <223> OTHER INFORMATION: Nucleic acid <400> SEQUENCE: 66 cacgagctca tgaacatcaa caagtatcgt tat        #                   #         33 <210> SEQ ID NO 67 <211> LENGTH: 30 <212> TYPE: DNA <213> ORGANISM: Artificial Sequence <220> FEATURE: <223> OTHER INFORMATION: Nucleic acid <400> SEQUENCE: 67 acaggtacct tagttttcac tctctacaag          #                   #           30 <210> SEQ ID NO 68 <211> LENGTH: 28 <212> TYPE: DNA <213> ORGANISM: Artificial Sequence <220> FEATURE: <223> OTHER INFORMATION: Nucleic acid <400> SEQUENCE: 68 gggaattctt atgaacgtaa aatacccg          #                   #             28 <210> SEQ ID NO 69 <211> LENGTH: 28 <212> TYPE: DNA <213> ORGANISM: Artificial Sequence <220> FEATURE: <223> OTHER INFORMATION: Nucleic acid <400> SEQUENCE: 69 ggagatctta tttaaataac cccttttc          #                   #             28 <210> SEQ ID NO 70 <211> LENGTH: 30 <212> TYPE: DNA <213> ORGANISM: Artificial Sequence <220> FEATURE: <223> OTHER INFORMATION: Nucleic acid <400> SEQUENCE: 70 gggaattctt atgaaaagac tgaggaatat          #                   #           30 <210> SEQ ID NO 71 <211> LENGTH: 26 <212> TYPE: DNA <213> ORGANISM: Artificial Sequence <220> FEATURE: <223> OTHER INFORMATION: Nucleic acid <400> SEQUENCE: 71 ggagatctca tagtctcctc tttctt           #                   #              26 <210> SEQ ID NO 72 <211> LENGTH: 31 <212> TYPE: DNA <213> ORGANISM: Artificial Sequence <220> FEATURE: <223> OTHER INFORMATION: Nucleic acid <400> SEQUENCE: 72 gggcaattgt tatggaaacg attgtaattt c         #                   #          31 <210> SEQ ID NO 73 <211> LENGTH: 26 <212> TYPE: DNA <213> ORGANISM: Artificial Sequence <220> FEATURE: <223> OTHER INFORMATION: Nucleic acid <400> SEQUENCE: 73 cgggatcctc atttaacagc aacgtc           #                   #              26 

What is claimed is:
 1. An isolated polypeptide encoded by a nucleic acid molecule comprising a nucleotide sequence of an open reading of the nucleotide sequence; wherein the open reading frame is ORF 739f (locus GP63) as set forth in FIG. 2 (SEQ ID NO:1) and encodes an RNA ligase.
 2. An isolated polypeptide or a fragment thereof; wherein the polypeptide or fragment thereof is an RNA ligase obtainable from Rhodothermus marinus strain ITI378 infected with bacteriophage RM378, which is deposited in the Deutsche Sammlung Von Microorganismen and Zellkulturen GmbH (DSMZ), accession number DSM
 12831. 